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1、,STR分型原理基础,1,STR分型原理基础1,目 录,01,02,03,04,基本概念,片段分析,等位基因分型,Basic Concepts,Fragment Analysis,Allele Calling,Q&A,2,目 录01020304基本概念片段分析等位基因分型Basi,01,基本概念,Basic Concepts,3,01基本概念Basic Concepts3,01 基本概念,遗传多态性（genetic polymorphism）,遗传亲代传递到子代，稳定,多态性不同个体，群体间存在差异，变化,RFLP,AFLP,VNTR,CNV,STR,SNP,长度多态性,序列多态性,4,01
2、基本概念遗传多态性（genetic polymorph,01 基本概念,微卫星（短串联重复序列，Short Tandom Repeat）（简单序列重复，Simple Sequence Repeat）,重复单元（2-7bp）,Tri-,Tetra-,Penta-,Hexa-,重复次数,基因组中广泛排布，中立DNA片段,mono-,di-,完美型 复合型 复杂型,分类,(GATA)n,(GATA)m（GATG）n,(GATA)3GTCAG（GATA）n,5,01 基本概念微卫星重复单元（2-7bp）Tri-Tetra,01 基本概念,位点/基因座（locus/loci）,SNPrs*,STRD*S
3、*,6,01 基本概念位点/基因座（locus/loci）SNPST,等位基因（allele）,01 基本概念,基因型（genotype）,位于一对同源染色体的相同位置上控制着相对性状的一对基因,广义：同源染色体的相同位置上的编码或者非编码的一段DNA序列,STR具有3个以上的等位基因，这些等位基因的频率在群体中服从正态分布,STR的等位基因往往用核心重复单元的重复次数表示。,广义：同源染色体上一对等位基因的总称,7,等位基因（allele）01 基本概念基因型（genotyp,Polymerase Chain Reaction,01 基本概念,引物/荧光修饰引物 Primer,荧光染料,复合
4、扩增/多重PCR multiplex,荧光标记复合扩增,分子量内标 size standard,等位基因阶梯物 （Allelic Ladder）,扫描时间/扫描次数 （Scan Number）,吸收某一波长的光波后能够发出大于吸收波长的光波的物质,一小段的DNA或者RNA，用来提供DNA复制的起点,同一PCR反应体系里加上二对以上引物，同时扩增出多个核酸片段的PCR反应,一组荧光素标记的双链DNA片段，用作片段分子中的分子量标准物,包含绝大部分常见等位基因片段的混合物，是STR检测试剂盒的重要组成部分，用于STR分型时的标准参照物。,毛细管电泳片段分析的专业术语，用来记录目标DNA片段到达检测
5、窗口所需要的时间,8,Polymerase Chain Reaction01 基本,02,片段分析,Fragment Analysis,9,02片段分析Fragment Analysis9,02 片段分析,DNA分析仪/毛细管电泳仪,3730/XL,3130/XL,3500/XL,工作原理,Laser,Capillary array,Diffractionsystem,CCDcamera,10,02 片段分析DNA分析仪/毛细管电泳仪3730/XL313,02 片段分析,DNA分析仪/毛细管电泳仪可用来做Sanger测序和片段分析,Sanger测序（一代测序）链终止法,11,02 片段分析DN
6、A分析仪/毛细管电泳仪可用来做Sanger,02 片段分析,片段分析是什么，片段分析能做什么？,12,02 片段分析片段分析是什么，片段分析能做什么？12,02 片段分析,片段分析（Fragment analysis, FA）是一种分子生物学技术，这里的片段特指以DNA或者cDNA为模板，由PCR过程所产生的，数目不等的核苷酸构成的大小不等的DNA片段，对这些片段，利用其大小或者标记荧光的差异，进行分析的方法。被广泛的应用于医学、环境、农业研究等领域的基因型分型、DNA指纹分析、突变检测等。,百度百科,SNP片段分析SNaPShot,检测荧光颜色,13,02 片段分析片段分析（Fragment
7、 analysis,02 片段分析,SNP片段分析荧光标记多重ARMS系统,ARMS突变阻滞扩增系统（ARMS, amplification refractory mutation system）,检测荧光标记片段大小,14,02 片段分析SNP片段分析荧光标记多重ARMS系统AR,02 片段分析,STR片段分析,1 singleplexreaction,1 multiplexreaction,1 singleplexreactions,荧光标记检测片段,分子量内标,15,02 片段分析STR片段分析1 singleplex1 mu,02 片段分析,Scan Number,分子量内标标准曲线,
8、16,02 片段分析Scan Number分子量内标标准曲线16,02 片段分析,荧光标记多重PCR产物片段大小分析,17,02 片段分析荧光标记多重PCR产物片段大小分析17,03,等位基因分型,Allele Calling/Typing,18,03等位基因分型Allele Calling/Typing1,03 等位基因分型,DataCollection软件记录了每个检测片段的荧光颜色，扫描时间和荧光强度,19,03 等位基因分型DataCollection软件记录了每个,03 等位基因分型,STR片段大小分析根据分子量标准曲线计算片段大小,20,03 等位基因分型STR片段大小分析根据分子
9、量标准曲线计,03 等位基因分型,对应的panel，bins预置了每个位点以及等位基因的荧光颜色，理论片段大小,panel,bins,21,03 等位基因分型对应的panel，bins预置了每个位点以,根据等位基因ladder计算、校正当次对应的panel，bins，消除不同批次电泳误差,03 等位基因分型,22,根据等位基因ladder计算、校正当次对应的panel，bi,根据校正后的panel，bins，对样本进行等位基因分型,03 等位基因分型,23,根据校正后的panel，bins，对样本进行等位基因分型03,03 等位基因分型,对于新发现等位基因，按照相对片段长度命名等位基因,Allele 16.2：,比Allele 16 大 2bp比Allele 17 小 2bp,16.2,24,03 等位基因分型对于新发现等位基因，按照相对片段长度命名等,03 等位基因分型,对于新发现等位基因，按照相对片段长度命名等位基因,25,03 等位基因分型对于新发现等位基因，按照相对片段长度命名等,http:/strbase.nist.gov/str_D21S11.htm,重复次数,24,26,25,03 等位基因分型,26,http:/strbase.nist.gov/str_D2,04,Q&A,27,04Q&A27,Thank You！,28,Thank You！28,
