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1、基因变异解读的有关指南,单击此处添加副标题,陈白雪,Oct. 31, 2018,CMA,定义,CNV被定义为一段至少1 kb大小DNA的拷贝数，与具有代表性的参考基因组拷贝数不同。需要注意的是CNV并不意味着异常或有临床意义，因此，临床解读结果时有必要加上一个限定词，如致病性CNV或非致病性CNV。,建议,熟悉已知的相邻基因综合征 探究区域内几个单基因以发现大片段的CNV缺失或重复的方法，也许不能揭示该综合征相关的缺失或重复。临床解释芯片检测结果之前，医生有必要对经常出现的和临床典型的缺失/重复综合征、一些低拷贝重复序列以及关键区域，进行仔细的比对确认。以下推荐是有帮助的：OMIM，GeneR
2、eviews，DECIPHER及近期发表的文献数据，但并不局限于此，而且文献积累很快。,建议,CNV大小虽然CNV大小和临床意义之间尚无直接相关性，但非常大的CNV可能是自然存在的良性变异，而非常小的CNV可能是临床上具有显著意义的变异。因此，建议应根据实验室所使用芯片的具体情况及合理样本量的临床随访来确定何种大小的CNV列入临床报告，而不是假设。对此，请各位仔细阅读我们报告单后面附上的方法学限制，里面对何种大小片段列入报告内容规定的非常详细。,建议,考虑CNV涉及区域内的基因 分析CNV涉及区域内的基因是迄今为止在解读CNV中最常考虑的因素。在分析结果时都应该考虑CNV是否包含特异的、富含基
3、因序列或是无意义的重复序列或假基因。CNV区域内涉及基因信息应仔细核对数据库资料和相关的临床资料。,建议,考虑CNV涉及区域内的基因 分析CNV涉及区域内的基因是迄今为止在解读CNV中最常考虑的因素。在分析结果时都应该考虑CNV是否包含特异的、富含基因序列或是无意义的重复序列或假基因。CNV区域内涉及基因信息应仔细核对数据库资料和相关的临床资料。,建议,考虑CNV涉及区域内的基因 有相关文献报道致病突变的基因 无文献报道的致病突变基因相关区域内无基因,建议,与本实验室内部数据库及外部公用数据库CNV数据比较 普通人群中的CNV剂量不平衡非致病性CNV和可疑致病CNV的大小注意患者性别和数据库资
4、料的个体性别出现在普通人群的CNV的有效性“正常”个体的临床特征,推荐的临床报告分类,致病性变异CNV在以往的文献中明确了致病的临床意义，即使是该CNV外显率不同，表型有差异也应报告。这包括大的CNV区域包含了有明确致病的小CNV，尽管这个CNV没有类似的文献报道，也应按致病性CNV报告。虽然整个CNV的致病机制还不明确，但属于致病性变异是确定的。例外的情况是，按以往细胞遗传学的经验属于染色体异态性区域的CNV（可大于35 Mb），如果没有明确的综合征应谨慎做出致病性CNV的解读。,推荐的临床报告分类,不确定临床意义的CNV不确定临床意义的CNV是一个相当宽泛的类别，包括那些后来研究证明是明确
5、致病或明确不致病的CNV。如果在报告时没有足够的证据可以明确检测到的CNV的临床意义或该CNV不符合该实验室内部的报告标准，应报告为不确定临床意义的CNV,推荐的临床报告分类,不确定临床意义的CNV不确定临床意义可能致病 不确定临床意义非致病性变异可能不确定临床意义（未分类）,推荐的临床报告分类,临床意义不明,良性,致病性,临床意义不明可能致病,报告指南,CNV的定位、大小、重复或缺失细胞遗传学的位置（染色体数目和细胞遗传学区带定位）。CNV剂量（例如拷贝数重复或缺失）CNV的大小、线性坐标与指定基因组的构成。特别适用于CNV的基因组成不清楚时，应标注最小和（或）最大坐标位置（起始及终止位置）
6、。,报告指南,参考基因组版本号,染色体区带,坐标范围（以探针位置为准）,该片段拷贝数,和临床表型无关的不明临床意义CNV报告的特别注意事项,隐性遗传携带者报告迟发性疾病/症状前突变或未发现疾病的报告肿瘤易感风险CNV的报告,注意参照其他家庭成员的CNV数据作重新评估,新发突变的CNV 遗传性CNV 父亲或母亲亦受累父亲母亲未受累家庭成员CNV验证方法的选择,NGS,http:/,突变是指核苷酸序列的永久性改变，而多态性是指频率超过1%的变异。虽然术语“突变”和“多态性”已被广泛使用，但由于这两个术语已经错误地与致病性和良性结果关联了起来，所以往往会造成混淆。因此，建议使用“变异”加以下修饰词替
7、代上述两个术语: 致病性的、可能致病性的、意义不明确的、可能良性的或良性的。虽然这些修饰词不可能适用所有的人类表型，但是正如本指南提出的它包含了孟德尔疾病相关的变异分类五级系统。建议所有致病性(包括可能致病)的结论需要注明疾病及相应的遗传模式(如c.1521_1523delCTT(p.Phe508del)，致病性，囊性纤维化，常染色体隐性遗传)。,术语,突变是指核苷酸序列的永久性改变，而多态性是指频率超过1%的变异。虽然术语“突变”和“多态性”已被广泛使用，但由于这两个术语已经错误地与致病性和良性结果关联了起来，所以往往会造成混淆。因此，建议使用“变异”加以下修饰词替代上述两个术语: 致病性的
8、、可能致病性的、意义不明确的、可能良性的或良性的。虽然这些修饰词不可能适用所有的人类表型，但是正如本指南提出的它包含了孟德尔疾病相关的变异分类五级系统。建议所有致病性(包括可能致病)的结论需要注明疾病及相应的遗传模式(如c.1521_1523delCTT(p.Phe508del)，致病性，囊性纤维化，常染色体隐性遗传)。,术语,突变是指核苷酸序列的永久性改变，而多态性是指频率超过1%的变异。虽然术语“突变”和“多态性”已被广泛使用，但由于这两个术语已经错误地与致病性和良性结果关联了起来，所以往往会造成混淆。因此，建议使用“变异”加以下修饰词替代上述两个术语: 致病性的、可能致病性的、意义不明确
9、的、可能良性的或良性的。虽然这些修饰词不可能适用所有的人类表型，但是正如本指南提出的它包含了孟德尔疾病相关的变异分类五级系统。建议所有致病性(包括可能致病)的结论需要注明疾病及相应的遗传模式(如c.1521_1523delCTT(p.Phe508del)，致病性，囊性纤维化，常染色体隐性遗传)。,术语,一些实验室可能选择其他等级(如意义不明确的变异的子分类，特别是内部使用时)，这种做法不被认为与指南不一致。某种程度上本指南推荐的术语与细胞遗传学基因芯片检测的拷贝数变异分类不同。虽然拷贝数变异分类系统也包括五级分类标准，但是它使用“临床意义不明确-可能致病的”和“临床意义不明确-可能良性的”。由
10、于本指南提出的“可能的”变异分类标准比拷贝数变异分类指南中用到的“可能的”包含更强的证据，合并这两个“可能的”分类会使医务工作者和临床报告接收者产生混淆，因此大多数工作组成员不支持使用“意义不明确的”来修饰“可能致病的”或“可能良性的”。ACMG开放论坛的一项调查建议“可能的”这一术语具有更广泛的适用性。认识到这一点，建议术语“可能致病的”和“可能良性的”用来说明一个具有大于90%可能引起致病或者可能良性的变异，尽管是人为的界定，但还是给实验室提供了一种共同的定义。,术语,编码命名应该使用翻译起始密码子ATG中的“A”作为位置编号1来描述。在传统命名已被使用的地方，当今命名应该对传统命名进行额
11、外注释。参考序列应该是完整的，并来源于具有版本号的美国生物技术信息参考序列数据库(http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/Refseq/)或LRG数据库(http:/www.lrg-sequence.org)。基因组坐标应根据标准基因组版本(如hg19)或覆盖整个基因(包括5和3非翻译区以及启动子)的基因组参考序列来界定。当描述编码变异时，应该在报告中使用和提供每个基因的一个参考转录本。该转录本应该是最长的已知转录本或者是最具临床相关性的转录本。协会支持的参考转录本通常可以通过LRG数据库(http:/www.lrg-sequence.org)、CDS共识数据库(https:/w
12、ww.ncbi.nlm.nih.gov/CCDS/CcdsBrowse.cgi)、人类基因突变数据库(http:/www.hgmd.cf.ac.uk)、ClinVar (http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar)或特异基因座数据库来确定。然而，当这些区域发生临床可解释的已知变异时，实验室应该评估该变异对所有临床相关的转录本的影响，包括含有其他外显子或非翻译区延伸的可变剪切转录本。,命名,人群数据库适用于获取某变异在大规模人群中发生频率的相关信息。疾病数据库主要包含病患中发现的变异以及对其致病性的评估。疾病数据库和特定基因的数据库常包含一些分类错误的变异，这些变异在已
13、发表的同行评审的文献中被错误判定，而多数数据库在收录变异相关信息时并未对证据进行基本的审核。因此，在使用疾病数据库时，考虑患者是如何被确诊的尤为重要,文献及数据库使用,各种公共和商业化计算机工具可以辅助解读序列变异。每种工具使用的算法可能有差异，但都会包含序列变异在核苷酸及氨基酸水平上作用影响的判断，包括变异对主要转录本，可变转录本，其他基因组元件影响作用的确认，也包括对蛋白质潜在影响作用的判定。 一类可以预测错义变异是否会破坏蛋白质的功能或结构另一种可以预测是否影响剪接虽然许多不同的分析软件程序使用不同的算法进行预测，但其基本原理是相似的; 因此，在序列解读中，不同软件工具组合的预测结果被视
14、为单一证据而不是相互独立的证据。因为每个软件工具基于他们使用的算法都各有优缺点，所以仍然建议使用多种软件进行序列变异解读; 很多情况下，预测性可能因为基因和蛋白质序列的不同而有差异。无论如何，这些软件分析结果只是预测，他们在序列变异解读中的应用应该慎重。不建议仅使用这些预测结果作为唯一证据来源进行临床判断。,生物信息学计算预测程序,各种公共和商业化计算机工具可以辅助解读序列变异。每种工具使用的算法可能有差异，但都会包含序列变异在核苷酸及氨基酸水平上作用影响的判断，包括变异对主要转录本，可变转录本，其他基因组元件影响作用的确认，也包括对蛋白质潜在影响作用的判定。 一类可以预测错义变异是否会破坏蛋
15、白质的功能或结构另一种可以预测是否影响剪接虽然许多不同的分析软件程序使用不同的算法进行预测，但其基本原理是相似的; 因此，在序列解读中，不同软件工具组合的预测结果被视为单一证据而不是相互独立的证据。因为每个软件工具基于他们使用的算法都各有优缺点，所以仍然建议使用多种软件进行序列变异解读; 很多情况下，预测性可能因为基因和蛋白质序列的不同而有差异。无论如何，这些软件分析结果只是预测，他们在序列变异解读中的应用应该慎重。不建议仅使用这些预测结果作为唯一证据来源进行临床判断。,序列变异解读的拟定标准,打分体系,打分体系,致病1PVS+1PS=2PM1PM+1PP=PP=2PSPS1=3PM2PM+=
16、2PP1PM+=4PP,1PS+3PM+1PP=致病突变,多篇文献报道在患者中检测到该突变，功能研究显示该突变会导致编码蛋白的稳定性下降；ESP6500和千人基因组数据库未见收录,意外发现的处理Recommendations for reporting of secondary findings in clinical exome and genome sequencing, 2016 update (ACMG SF v2.0): a policy statement of the American College of Medical Genetics and Genomics,Thanks.,
