《第七章LncRNA数据生物信息学分析ppt课件.ppt》由会员分享，可在线阅读，更多相关《第七章LncRNA数据生物信息学分析ppt课件.ppt（21页珍藏版）》请在三一办公上搜索。
1、LncRNA数据生物信息学分析,主讲人：唐婷婷,第一节 LncRNA的定义及来源,长链非编码RNA（Long non-coding RNA，LncRNA）是一类转录本超过200nt的RNA，它们本身不编码蛋白。近年来LncRNA不断被发现其潜在作用，在多种层面上调控基因的表达水平。,图一： LncRNA与基因组的关系图,编码蛋白质的基因组2%,可能转录成无意义编码RNA（ncRNA）的基因组,转录成关键非编码RNA的基因组,第一节 LncRNA的定义及来源,目前可以明确的是LncRNA与其附近编码基因的关系主要有以下 种:外显子同义重叠(exon sense-overlapping)、内含子同
2、义重叠(intron sense-overlapping)、天然反义(natural antisense)、内含子反义(intron antisense)、基因间(intergenic)和反向(bidirectional)。,图二：LncRNA和附近编码基因的关系,第二节 LncRNA相关信息查找,如果知道一个LncRNA的SeqID便可从网站上查询到LncRNA。下面以SeqID为NR_027983的LncRNA进行详述，首先可以确定的是开头为NR_的LncRNA来源于NCBI的RefSeq数据库。（1）打开NCBI首页http：/www.ncbi.nlm.gow（2）在检索窗口的数据库选择
3、下拉菜单中选择Nucleotide，然后在检索栏中输入,一、通过NCBI查找LncRNA信息,第二节 LncRNA相关信息查找,1、2步的图示：,第二节 LncRNA相关信息查找,(3)执行检索后，检索结果默认以Genbank格式显示,注：通过Display菜单可以选择显示格式，常用的有Genbank和FASTA两种格式。Genbank格式显示较完整的基因序列记录及详细信息。FASTA格式仅包括该序列的简要特征。,第二节 LncRNA相关信息查找,第二节 LncRNA相关信息查找,第二节 LncRNA相关信息查找,第二节 LncRNA相关信息查找,检索结果详解,第二节 LncRNA相关信息查找
4、,二、通过NCBI查找转录该LncRNA的基因相关信息,如果想了解转录该LncRNA基因的信息，可以点击链接GeneID：680254进入以下界面：,第二节 LncRNA相关信息查找,第三节 大鼠LncRNA全序列查找, ,SeqID,source,RefSeq_XRRefSeq_XRmisc_lncRNAmouse_orthologmouse_orthologmouse_orthologmisc_lncRNAmisc_lncRNARefSeq_XRmisc_lncRNAmouse_orthologmisc_lncRNA,第三节 大鼠LncRNA全序列查找, ,mouse_orthologmo
5、use_orthologmisc_lncRNAmisc_lncRNAmisc_lncRNA,第三节 大鼠LncRNA全序列查找,网址为：http:/genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway具体操作方法如图,Source为misc_lncRNA的查询方法,第三节 大鼠LncRNA全序列查找,第三节 大鼠LncRNA全序列查找,第三节 大鼠LncRNA全序列查找,网址为http:/users.soe.ucsc.edu/jill/ultra.htmlSOURCE为UCR的lncRNA序列在人、小鼠、大鼠中同源，序列一样，因此以人为例。,Source为UCR的查询方法,第三节 大鼠LncRNA全序列查找,第三节 大鼠LncRNA全序列查找,网址为http:/ncbi.nlm.nih.gov/，在nucleotide中查找ID名即可,source为RefSeq_XR、RefSeq_NR的查询办法,谢谢听讲,
