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1、药物分子对接软件,元科阳 药物化学张丽燕 有机化学,分子模拟与计算化学课程作业,简介与操作,药物分子与受体结合示意图,药物分子与受体作用力示意图,三个分子对接软件简介,Scripps研究所的Olson实验室开发, AutoGrid 和 AutoDock两个程序组成。其中 AutoGrid 主要负责格点中相关能量的计算，而 AutoDock 则负责构象搜索及评价。,Autodock:,Ledock,Discovery Studio,瑞士苏黎世大学（University of Zurich），Zhao Hongtao博士开发的跨平台(Win,Linux, Mac OS)分子对接软件,主要功能包括：
2、蛋白质的表征（包括蛋白-蛋白相互作用）、同源建模、分子力学计算和分子动力学模拟、基于结构药物设计工具（包括配体-蛋白质相互作用、全新药物设计和分子对接）、基于小分子的药物设计工具（包括定量构效关系、药效团、数据库筛选、ADMET）和组合库的设计与分析等研究。,三种对接方式,1) 刚性对接： 分子构像不发生变化，仅改变分子的空间位置与姿态，简化程度最高，计算量相对较小，适于大分子之间的对接。2) 半柔性对接： 固定大分子的构像，小分子构像发生一定程度的变化，另外小分子构像的调整也可能受到一定程度的限制，如固定某些非关键部位的键长、键角等，半柔性对接方法兼顾计算量与模型的预测能力，是应用比较广泛的
3、对接方法之一。3) 柔性对接： 柔性对接方法在对接过程中允许研究体系的构像发生自由变化，由于变量随着体系的原子数呈几何级数增长，因此柔性对接方法的计算量非常大，消耗计算机时很多，适合精确考察分子间识别情况。,配体与受体的预处理,配体：药物小分子， 加极性氢 加电荷 分子体系能量的优化,受体： 去除水分子 加极性氢 设定可扭转位置,Autodock,conf_2.txtreceptor = /Users/ywtao/Desktop/rec.pdb（指定受体）center_x = 20.031center_y = 46.672center_z = -1.889size_x = 64 （指定对接区域）size_y = 58size_z = 50num_modes = 9#! /bin/bashcd /Users/ywtao/Desktop/inhibitors（指定配体）,Autovina,Ledock,下载地址：http:/,结合位点坐标的获取,结合位点坐标的获取,运行结果,运行结果,运行结果,运行结果,Discovery Studio,蛋白质的表征（包括蛋白-蛋白相互作用）同源建模分子力学计算和分子动力学模拟基于结构药物设计工具（包括配体-蛋白质相互作用基于小分子的药物设计工具（包括定量构效关系ADMET（药物代谢动力学）,Discovery Studio,
