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1、如何判断序列的正反向,NCBI里的序列，mRNA，CDS序列等等，都标注的很清楚，只是有的基因序列给的是反向互补的序列，需要大家在primer5等软件里转换一下。具体看是不是反向互补的序列，办法就是看在第一个CDS区的前三个碱基是不是ATG，如果是ATG，那么这个序列就是你要的了，如果不是，那八成就是你要得序列的反向互补序列了。,目的：寻找promoter区域预测核心启动子区,寻找promoter区域,用NCBI：http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/用UCSC：http:/www.genome.ucsc.edu/用Ensembl：http:/www.ensembl.org/i
2、ndex.html用公司信息（只包含公司拥有promoter clones的信息）：http:/（*种类比较少）用SIB-EPD:http:/www.epd.isb-sib.ch/(可直接提供TSS，但是库容较小，很多基因查不到)预测核心启动子区,NCBI数据库,寻找promoter区域,NCBI http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/选择Gene,输入ankh,点击search选择第一项，以人类Homo sapiens的ANKH为例；Chromosome 5 location 14704909-14871887,complement(反义链)即-14871887
3、 到-14704909为基因范围此例中选取-14873887 到-14871887 约2000bp核苷酸序列作为启动子区域,选择Ensembl或者HGNC_，进入ensembl分析,寻找promoter区域,寻找promoter区域,图形显示,FASTA格式显示的核苷酸序列,输入序列可以查询染色体位置,ANKH gene在反义链上，所以用负数表示,可以查询具体核苷酸序列,Genomic context 点击Graphics-Tools-Sequece Text View,寻找promoter区域,点击Go To Position,输入-14873887，点击Prev Page找到具体位置复制白
4、底黑色区域即为promoter区域。,白底黑字为启动子区域,紫底黑字为基因区域,粉底黑字为编码区，ATG为启示密码子,寻找promoter区域,在前两张幻灯片中选择FASTA在右边Change region shown输入14871887到14873887Display options选择Show reverse complement可以直接得到FASTA格式的promoter核苷酸序列（似乎有一个bp的差距，可以输入14871887到14873886）,可以选择展示反向互补序列,1.选择基因示意图：1）.向下查看“Genomic regions,transcripts and product
5、s”2）.将鼠标放在Genes的”NR_”示意图上，3）.在弹出的窗口中点击2.点击”FASTA View，序列范围表示NR_的位置。出现该基因的实际序列，第一个序列的位置表示“起始位置”3.调整显示位置：将起始位点先前排1000bp，向后排1000bp。更改后的位置认为是启动子区。,UCSC数据库,寻找promoter区域,UCSC http:/www.genome.ucsc.edu/选择左侧边栏的“Table Browser”在clade选择Mammal，genome选择Human，assmebly选择最新的数据库，在position后面的搜索框内写入待查的基因名称，如actin。点击ge
6、t output。,方法一,寻找promoter区域,出现一系列候选序列。当搜索用词不特异的时候会出来太多的结果，只显示500条。,寻找promoter区域,点击自己目的基因的结果链接，会出现该基因在染色体上的位置(有时候会直接跳到选择genome，protein，mRNA那一页面，可能是在搜索词比较特异的情况写)，继续 getout put选择 genome,寻找promoter区域,选择Promoter/Upstream by 2000 basesExons in upper case,everything else in lower case：外显子大写，其他小写,寻找promoter区
7、域,小写字母为promoter区域,大写字母为基因区域，与NCBI结果相同,ATG为CDS区起始密码子,寻找promoter区域,promoter/upstream前面的框中打勾，一般的启动子长度大约为2kb左右，这个数字可以修改。为便于观察，可继续修改下面的几个选项。这里选择CDS大写。点击get sequence即可得到结果。,寻找promoter区域,UTR和upstream是分开的，CDS是大写的，可以看到起始码。Copy ATG以前的序列进行启动子分析。PCR以genome为模板。,寻找promoter区域,UCSC http:/www.genome.ucsc.edu/，点击左侧边栏
8、的“Genome Browser”,方法二,寻找promoter区域,以大鼠（rattus orvegicus）的结缔组织生长因子（CTGF）为例，在Organism的下拉菜单中选择Rat，在assembly的下拉菜单中选择最新日期Nov.2004，在position框中键入CTGF，image width选择默认即可，如下图所示：点击 Submit,寻找promoter区域,结果显示该基因的已知序列和相关mRNA序列，点击“Known Gene”中的第一个序列，,寻找promoter区域,出现包含这序列的图解概要为了获得这个区域更清晰的图像，可以点击紧靠zoom out的1.5X按钮，如下图
9、：对于Known Genes（已知基因）和预测的基因路径来说，一般的惯例是以一个高的垂直线或块状表示每个编码外显子，以短的垂直线或块状表示5端和3端非翻译区。起连接作用的内含子以非常细的线条表示。翻译的方向由沿着细线的箭头指示。,寻找promoter区域,本例的搜寻目的来说，默认设置不是理想的设置。按照视图利用页面底部的Track Controls按钮，将一些路径设置为hide模式（即不显示），其他设置为dense模式（所有资料密集在一条直线上）；另一些路径设置为full模式（每个特征有一个分开的线条，最多达300）。,寻找promoter区域,Ensembl基因通过许多方法来预测，包括与已知
10、mRNA和蛋白质进行同源性比较。若查询启动子区域，我们需要将Ensembl Genes选择为dense 或full模式，点击Refresh，即刷新，出现下图：图中多出了Ensembl Genes的预测路径，我们在红框中圈出。点击用于表达该序列的任何方块出现以下页面：,寻找promoter区域,点击红框中的条形深色方块（不是Ensembl Genes文字），,寻找promoter区域,选择并点击Link to sequence中的Genomic Sequence，即显示基因组序列,寻找promoter区域,将promoter改为2000bp，具体多少bp合适，可根据文献资料和实验目的获取，有的基
11、因可能在其上游戏几百bp就可以了,其他的几个选项分别为5端非编码区，编码区外显子，3端非编码区，内含子（内含子用绿框圈了起来）等。Sequence Formatting Options序列显示方式，选择上图红框里的内容，即外显子大写，其余的小写，也就是说mRNA的外显子大写，其余上下游非编码区以及内含子均为小写。,寻找promoter区域,第一个大写字母以后就是mRNA序列，之前的小写字母序列即为启动子区域了。,第一个大写字母以后就是mRNA序列，但该序列包含外显子和内含子，是未经剪切修饰的mRNA,图中两段大写字母中间的小写字母便为内含了序列。,寻找promoter区域,Ensemble数据
12、库,寻找promoter区域,Ensembl：http:/www.ensembl.org/index.html 选择human 输入 ankh选择Gene，点击 GeneID ENSG00000154122点击左边的Export data,方法一,寻找promoter区域,5 Flanking sequence 输入2000Options for FASTA sequence中Genomic选5 Flanking sequence，deselect all点击Next（不管正反此法都适用）,寻找promoter区域,得到2000 bases 的核苷酸序列,寻找promoter区域,Ensemb
13、l：http:/www.ensembl.org/index.html在“Search Ensembl“标题下search后的下拉框中选中物种名homo sapiens（人），for框中输入基因名ankh，点击Go,方法二,寻找promoter区域,找到所需要的gene，点击出来2个结果。本例中貌似是同一个。点击相应链接进入新页面。,寻找promoter区域,貌似有2个不同的转录本。点击Exon Info。,寻找promoter区域,新页面中即可看到5 upstream sequence。可以在Flanking sequence at either end of transcript后面的框中修
14、改期望显示的序列长度。一般启动子最好选2kb。然后copy所显示的上游序列进行分析。,Genecopoeia公司,寻找promoter区域,http:/product，选择promoter clones，因为没有ANKH的信息，此处输入FIBRONECTIN 选择目的基因,寻找promoter区域,点击click here to view the promoter sequence得到promoter信息,EPD数据库,寻找promoter区域,SIB-EPD 网址：http:/www.epd.isb-sib.ch/具体使用方法大同小异，就是输入物种名、基因名，限定启动子序列区域,预测 核心启
15、动子区,Transcript start site(TSS)附近-60bp到+40bp是核心启动子区，是精确转录必须的最小单元。CpG岛是一段200 bp 或更长的DNA 序列,核苷酸G+C 的含量较高,并且CpG双核苷酸的出现频率占G+C 含量的50%以上。许多脊椎动物的启动子区都与CpG岛的位置重合。,常见的在线预测工具有：真核启动子数据库第85版（The Eukaryotic Promoter Database Current Release 85，EPD，http:/www.epd.isb-sib.ch/）http:/epd.vital-it.ch/转录起始位点数据库：http:/db
16、tss.hgc.jp/该数据库主要包括人，小鼠等常见生物的基因转录起始位点及该基因启动子的可能情况。Promoter scan(http:/bimas.dcrt.nih.gov/molbio/proscan/),Promoter2.0 Prediction Server(http:/www.cbs.dtu.dk/services/promoter/)神经网络启动子预测器 NNPP（http:/www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html）Soft Berry(http:/)Dragon Promoter Finder(http:/research.i2r.a
17、-star.edu.sg/promoter)（好像不能用了？）,FirstEF(http:/rulai.cshl.edu/tools/FirstEF/)UROGENE(http:/www.urogene.org/methprimer/)，可用于位点甲基化的预测CpGPlot/CpGReport/Isochore(http:/www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/)CpGProD(http:/pbil.univ-lyon1.fr/software/cpgprod_query.html)CpG Island Searcher(http:/Prediction(http:/www
18、.ualberta.ca/stothard/jaascript/cpg_islands.html),/,CpG岛预测软件,1、获取目的基因的mRNA序列，并且在NCBI的数据库中查获转录起始点;2、截取转录起始点为中心，上下约各1000bp，若在此范围内出现CDS，可到翻译起始点终止;3、利用在线软件进行分析;PromoterInspectorhttp:/www.genomatix.de/software_services/online_access/free_accounts.htmlPromoterScanhttp:/bimas.dcrt.nih.gov/molbio/proscanPro
19、moter 2.0http:/www.cbs.dtu.dk/services/PromoterNNPPhttp:/www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.htmlEMBOSS Cpgplothttp:/www.ebi.ac.uk/servicestmp/95441066796504.htmlCpG Islands Predictionhttp:/www.ualberta.ca/%7Estothard/javascript/cpg_island.html本人是采取多种软件结合的方法，由于proscan和promoter 2.0的假阳性率较高，仅作为参考，而promoter inspector的特异性较高，结果比较可信。同时，利用CpG岛预测，作为辅助参考4、最后，可以找到小鼠的同源区，进行同源性比较，启动子区域一定是高保守区!5、到此，可以初步预测启动子区域的范围了。,
