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1、Chromatin Immunoprecipitation Assay(ChIP),染色质免疫沉淀实验,基因表达:反式因子和顺式作用元件之间相互作用。真核生物的基因组DNA以染色质的形式存在。研究蛋白质与DNA在染色质环境下的相互作用是阐明真核基因表达机制的基本途径。,概述原理方法比较举例,染色质免疫沉淀实验(CHIP),研究体内DNA蛋白质相互作用的重要工具。它不仅可以灵敏地检测目标蛋白与特异DNA 片段的结合情况，还可以用来研究组蛋白与基因表达的关系。,概述原理方法比较举例,CHIP原理,在活细胞状态下固定蛋白质DNA复合物将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段通过免疫学方法沉淀此复合
2、体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段对目的片断的纯化与检测,概述原理方法比较举例,概述原理方法比较举例,操作步骤,一、固定 在活细胞状态下，用甲醛固定蛋白质DNA复合物，然后用化学（微球菌酶）或者机械（超声波）的手段将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段。二、免疫沉淀 利用目的蛋白质的特异抗体通过抗原-抗体反应形成DNA-蛋白质-抗体复合体，然后沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段。三、纯化与检测 经蛋白质与DNA 解偶联，DNA片段纯化等处理后，用PCR等方法检测DNA与蛋白质的结合情况.,概述原理方法比较举例,概述原理方法比较举例,注意事项,超声波破碎条件的选择抗体量
3、的选择PCR反应条件的选择,概述原理方法比较举例,Input对照阳性对照：如组蛋白抗体阴性对照：阴性引物,条件选择,对照设置,比较：蛋白质-DNA相互作用常用方法,凝胶电泳迁移率改变分析（EMSA）DNase足迹法（foot printing）染色质免疫沉淀实验(CHIP),概述原理方法比较举例,概述原理方法比较举例,应用举例,概述原理方法比较举例,Mantovani F,Tocco F,Girardini J,et al.The prolyl isomerase Pin1 orchestrates p53 acetylation and dissociation from the apopt
4、osis inhibitor iASPP.Nat Struct Mol Biol.2007 Oct;14(10):912-920.,概述原理方法比较举例,Saleh A,Alvarez-Venegas R,Avramova Z.An efficient chromatin immunoprecipitation(ChIP)protocol for studying histone modifications in Arabidopsis plants.Nat Protoc.2008;3(6):1018-1025.,扩展应用举例,CHIP-on-chip,概述原理方法比较举例,Chi SW,Zang JB,Mele A,Darnell RB.Argonaute HITS-CLIP decodes microRNA-mRNA interaction maps.Nature.2009 Jul 23;460(7254):479-486.,概述原理方法比较举例,crosslinking immunoprecipitation(CLIP),For microRNAmRNA interaction,Ago-argonaute蛋白,谢 谢！,
