YMDD突变检测.ppt

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1、沈佐君,乙型肝炎患者抗病毒治疗拉米夫定耐药性突变检测,拉米夫定(Lamivudine),硫代脱氧胞嘧啶(2-deoxy-3-thiacytidine,3TC)核苷类似物口服抗病毒药物英国葛兰素威康制药公司推出的贺普丁(heptodin)在2000年已被国家药品监督管理局批准列入国家基本药物制剂品种目录,1998年被FDA批准用于临床。,拉米夫定的作用,降低HBVDNA的浓度改善肝脏组织的病变可能阻断肝纤维化的进程,终止肝硬化的发展不受人种、病毒感染的模式、野生型或基因组前C区突变的影响口服,副作用小,抗病毒机制,竞争性阻断逆转录酶(依赖RNA的DNA多聚酶)活性,有效地抑制HBV的复制进入细胞

2、的拉米夫定在激酶的作用下可被磷酸化为三磷酸脱氧胞苷,可以与dCTP竞争性掺入延伸的DNA,因它缺乏3羟基而使复制的病毒DNA链终止。,为什么在使用拉米夫定(Lamivudine)要进行YMDD检测?,拉米夫定治疗HBV感染治疗过程与YMDD变异关系,引自J Virol.Metods 1999;83:181-187,YMDD变异的耐药机制,第552位的蛋氨酸(M)被缬氨酸(V)或异亮氨酸(I)替代后,使此侧链缩短,结合位点变大,不再适合拉米夫啶结合而导致耐药。变异株对拉米夫啶的敏感性大大降低。体外实验证实该药物抑制变异株HBV复制的效率可降为对野生株的万分之一。,YMDD突变,Met-ATGYM

3、DDVal-GTGYVDDYVDDIle-ATTYIDD,拉米夫定治疗中的突变发生位点,YMDD编码DNA多聚酶(CODON552),YMDD 野生株:Tyrosine-Methionine-Aspartate-Aspartate(YMDD)(酪氨酸)-(蛋氨酸)-(天门氡氨酸)-(天门氡氨酸)变异株1:Tyrosine-Valine-Aspartate-Aspartate(YVDD)(酪氨酸)-(缬氨酸)-(天门氡氨酸)-(天门氡氨酸)变异株2:Tyrosine-Isole-Aspartate-Aspartate(YIDD)(酪氨酸)-(异亮氨酸)-(天门氡氨酸)-(天门氡氨酸),YMDD变

4、异检测方法有:1、测序:金标准,需昂贵仪器设备,成本高,过程复杂2、基因芯片:技术目前尚未成熟,仍需进一步研究3、限制性片段长度多态性:目前临床用得最多的是RFLP,但由于病毒变异快速,即使有轻微的碱基变化,就会出现RFLP酶切位点的变化,出现新的酶切位点或原有的酶切位点消失,导致检测失败。而且RFLP完全依靠凝胶电泳来判断结果,敏感性较差,假阴性率较高。该法对HBV混合型耐药株感染显得束手无策4、荧光定量real-time PCR:该技术为核酸的检测提供了新的技术手段,YMDD突变检测常见方法,1.基因测序法(标准的参考方法)2.荧光定量PCR方法(实用的方法),基于我国医疗机构实验室开展实

5、时荧光PCR检测十分普遍,这些实验室都拥有荧光定量PCR分析仪。故此,建立了一种新的适应这类设备的实时荧光PCR方法,应该符合中国的国情。,荧光定量PCR检测YMDD,基本原理:确定探针特定的TM值来区 分是否突变。常用方法:覆盖突变位点荧光双探针杂交的方 法检测YMDD。TM值:在核酸加热变性过程中,当双链DNA 解链到一 半时所对应的温度就是该核 酸的TM值,也叫核酸的熔点。每种不 同的核酸有不同的TM值(特征常数)。,影响TM值的主要因素,1.碱基中GC含量,含量越高,TM越大。2.核酸的长度,核酸越长,TM越大。3.完全配对比不完全配对时TM值要大。,溶解曲线分析(Tm),YIDD,Y

6、MDD,YVDD,YMDD+YIDD,加热核酸时荧光强度变化曲线,当荧光陡变为0时所对应的温度就是TM值。,同样的核酸序列不同浓度TM值相同,不同核酸TM值不同,YMDD突变的熔解曲线检测原理,YMDD:TM值显示54.64C,YIDD:TM值显示46.91C,YVDD:TM值显示50.74C,46.91C 54.64C 50.74C,YIDD YMDD YVDD,临床资料,标本 2005年9月-2006年12月来省立医院感染科就诊的慢性乙肝患者187例,接受拉米夫定用药20天-36个月,年龄12-66岁,男性110人,女性77人。其中HBV-DNA103 C0PIES/ML157例,HBV-

7、DNA含量为 2.0103-8.0108 C0PIES/ML,HBV-DNA103 C0PIES/ML 30例。试剂 乙肝病毒核酸荧光PCR检测试剂购置中山大学达安基因股份有限公司,荧光PCR检测通用试剂和HBV-DNA提取试剂由上海复星医学科技发展有限公司提供,引物及探针由上海百曼生物技术有限公司合成。,项目开展情况,ATG:rtM204(正常),GTG:rtM204(V变异),ATT:rtM204(I变异),ATT/GTG:rtM204(I/V双杂合子峰),我们用实时荧光定量PCR方法检测187例临床乙肝患者血清标本,观察HBV的YMDD变异情况,同时用测序法作为金标准比对验证。结果表明,此方法在临床YMDD变异诊断中具有快速、灵敏和特异的特点。,结 论,

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