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1、高通量测序基础学习,目录,高通量测序概念及原理,基因,测序：分析特定DNA片段的碱基序列，即A,T,G,C 的排列方式。,DNA,什么是测序？,High-throughput sequencing 也就是二代测序(Next-generation sequencing),能一次平行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,什么是高通量测序？,不同颜色的荧光标记四种不同的dNTP，当DNA聚合酶合成互补链时，每添加一种dNTP就会释放出不同的荧光，根据捕捉的荧光信号并经过特定的计算机软件处理，从而获得待测DNA的序列信息。,基本原理：边合成边测序,原理,测序类型及仪器平台,主要测序类型,二代测序,
2、测序选择,Roche：454技术（GS FLX）,Illumina：Solexa（Genome Analyzer）,Applied Biosystems：SOLID system,主要测序公司,Illumina 高通量测序平台，主要由HiSeq测序仪和MiSeq测序仪组成。,主要测序平台,Reads 读长测序深度coverage depth（比如10X、30X）测序数据量（比如6G、20M等）覆盖度coverage ratio（比如80%）PE150 双端测序SE50 单端测序,基本参数,测序流程及示例解析,测序流程,1 样本准备及运输,样本收集,示例1,动物及临床标本组织收集和保存运输,示例
3、2,血清样本收集及保存运输,示例3,其他非常规样本,注意事项,质量评价（QC Evaluation）,2 样本质检,质检说明,示例1,2100 bioanalyzer峰图和模拟电泳图,示例2,样本质检报告,（报告一）,（报告二）,3 文库构建-测序,构建方法,质检,文库质检说明,1）Qubit定量：采用特异性染料结合的方式特异性的检测样本浓度来实现精确定量。,2）2100 bioanalyzer检测片段大小：其峰值大小应该是目的片段大小加上接头的序列长度。,示例1,2100 bioanalyzer 检测片段大小,示例2,文库质检报告,4 数据分析,示例1,miRNA数据分析部分结果展示,示例2
4、,全基因组重测序数据分析部分结果展示,高通量测序与芯片的区别,芯片概念,生物芯片（biochip或bioarray），又称DNA芯片或基因芯片。是DNA杂交探针技术与半导体工业技术相结合的结晶。原理：是根据生物分子间的特异相互作用，将大量探针分子固定于支持物上后与带荧光标记的DNA样品分子进行杂交，通过检测每个探针分子的杂交信号强度进而获取样品分子的数量和序列信息从而实现对DNA、RNA、多肽、蛋白质以及其他生物成分的高通量快速检测。探针分子：寡核苷酸、cDNA、genomic DNA、多肽、抗体、抗原等支持物：硅片、玻璃片（珠）、塑料片（珠）、凝胶、尼龙膜等 阵列中每个分子的序列及位置都是已知的，并且是预先设定好的序列点阵。,高通量测序与芯片的区别,高通量测序平台准确性在不断提高，对于检测极低风度转录本或低频SNP具有明显优势，快速发展成一种重要的研究手段。,感谢聆听！欢迎交流学习！,
