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1、ChromasPro141使用说明ChromasPro 1.41使用说明 1.0 TITLE 使用ChromasPro 1.41版本软件对基因型进行分析 PURPOSE 2.1 ChromasPro是对基因和蛋白质序列进行分析的生物软件。应用生物系统公司基因分析仪和西门子Trugene产生的序列和图谱可以用ChromasPro软件查看、编辑和制图。 2.2 ChromasPro用于基因序列的剪切和编辑和抗病毒药物的耐药监测 2.3 ChromasPro有能力组装成一个连续的重叠共享序列片段。此外，该软件还可以用来识别发现在同一区域的不同片段的序列多态性 EQUIPMENT 3.1 有奔腾处理器
2、的电脑或等同的 3.2 ChromasPro 1.41版本软件 SUPPLIES N/A SPECIAL SAFETY PRECAUTIONS N/A 2.0 3.0 4.0 5.0 6.0 PROCEDURE 6.1 Procedure Limitations and Requirements 6.1.1 确保待分析的序列有最好的质量。如果序列的图谱片段较差，需要重新测序 6.1.2 每次测序需要加入已知序列的阳性质控对照 6.1.3 序列片段小于350个碱基时的准确性是非常好的。 6.1.4 6.2 6.3 序列片段在500个碱基的准确性取决于PCR的产物质量和所使用的测序技术。 Sequ
3、ence Assembly 6.2.1 从file菜单中选择new，在new选sequencing project. 6.2.2 . Choose Settings 在目project项单中选择setting 显示出project setting 对话框。设置序列输入的长度及输入比对序列。 6.2.3 Import Sequence Fragments从project项单中选择add files 把序列片段导入project。多个序列片段可以被导入，已经导入的文件不能再被导入。 6.2.3.1 . For a batch save 如果不止一个样本需要编辑，在保存为一个单独project之前导
4、入多个序列。不要超过32个样本，否则编辑时会降低打开和关闭时的速度。 6.2.4 . Trim out the unwanted sequences using Set/Clear Left and Right Cutoffs 双击序列的名称，窗口将显示序列的图谱。把鼠标指向图谱的任何位置可以对图谱的左边或右边进行截断。按住Shift键并点击鼠标左键向左或向右，如果一个碱基被选中，set cutoff 在eidt 菜单中可供选择。如果截断已经在可供选择的菜单中设置为clear cutoff ，移去cutoff settings。在edit 菜单中选择delete cutoff sequence
5、 ，将截断两边的碱基。 6.2.5 Assemble Project 序列片段截断以后，在project中选择assemble all ，拼接后的序列片段在contigs 中。如果序列片段拼接后不是所期望的，在project中重新调整序列片段的截断。单击contig 可以把contig改写成样本的编号。 Edit Consensus Sequence 6.3.1 在project中双击contig或者样本编号，将显示编辑共识序列。在共识序列中会自动显示第一个可能的错误。这些碱基被标记成黑体直到被编辑。 6.3.2 如果碱基确认是正确的话，按ctrl+M消除黑体。在edit菜单中选择reset
6、all ambiguities 被更正过的碱基可以复原 6.3.3 6.4 如果一个碱基需要被更正，更正确认后将变成小写字母。按ctrl+M消除黑体。第一或第二个人能返回后，进行双编辑和识别那些更正后的碱基。在edit菜单中选择reset all ambiguities 可以是使所有被更正过的碱基可以复原。 6.3.4 . 碱基被编辑后，按ctrl+E以前进到下一个可能的错误。Translation display在options 菜单中可供选择。 6.3.5 当潜在的错误显著时，所有相关的图谱都会被显示和排列。改变图谱的尺度应用，使所有的核苷酸在拼接的contig中排列。 6.3.6 在排列
7、中由于间隙的插入图谱将会被拉长，这可能使确定间隙中是否含有核苷酸变得困难。在这种情况下，关闭按Alt + S或在options菜单切换图谱规模变量线形缩放。此选项的默认设置可以在设置对话框改变。在每个图谱在Y轴的缩放，可以通过点击和滑动在工具栏控件的图谱Y轴的缩放设置。 6.3.7 个别碱基可以通过点击图谱序列碱基的显示或排列进行编辑。只有在碱基没有被编辑时，在共享序列中的相应碱基将会被更新。 6.3.8 . 个别序列片段可以从contig中移除，只要移除后不会使其分裂成两部分。点击需要切除的片段的名称，在eidt菜单中选择remove sequence 即可把序列片段移除。 6.3.8.1
8、注意：如果命令是灰色，选中的序列将不能被移除 6.3.9 我们分析的目标序列是从蛋白酶基因的第1个密码子到逆转录酶基因的第300个密码子。在编辑过程中剪切去除那些引物碱基和非目标碱基的序列。. Guidelines for Identifying Mixtures and Editing the Bases 6.4.1 正反两条序列在同一位置都有高于背景的第二峰值，可能包含混合碱基。在一些情况下，从软件上看混合碱基不能被识别。有时候，第二峰在两个方向上都有出现，但是，是作为背景值的杂峰。由于背景的干扰，可能会出现假的混合碱基。在这种情况下，重复样本。 6.4.2 单条序列中的第二峰高度是主峰值
9、的30%以上，且是背景值的3倍，可能包含混合碱基。需要注意区分染料的污染，可能会导致假的混合碱基。 6.4.3 在极少数情况下，混合碱基与上面的原则不匹配，例如在碱基中有多峰或峰的漂移。 6.4.4 选择不正确的碱基，使用鼠标可以根据需要更改或删除。一旦碱基被选中，通过使用左，右箭头使滚动序列。点击两个碱基之间进行插入。 6.4.5 碱基内可以移动两个相邻碱基之间的空间，用鼠标点击并拖动或按住Ctrl键并使用方向键。 6.4.6 在options菜单中设置对话框 打开时，碱基是不能被拖动的。如果持续编辑options菜单中启用，下一个碱基会自动被选择编辑。 6.5 Reverse Comple
10、ment 6.5.1 点击Reverse Complement按钮。序列和图谱的方向会改变。 6.6 Find Sequence 6.6.1 通过精确的匹配或最理想的排列搜索特定的序列。 6.6.2 点击 find first 找到第一个出现的序列，点击 find previous 找到当前碱基的前一个碱基，点击find next 找到当前碱基的下一个碱基。 6.6.3 : 搜索是不区分大小写的，下面的冗余码能在序列中使用： A=Adenosine R=A or G (purines) C=Cytidine Y=C or T (pyrimidines) G=Guanosine K=G or T
11、 (keto) T=Thymidine M=A or C (amino) B=C,G or T S=G or C (strong-3H bonds) D=A,G, or T W=A or T (weak-2H bonds) H=A,C, or T N=A, G, C, or T (any base) V=A,C, or G I=Inosine U=deoxyuridine 6.6.4 一旦序列中的第一个碱基被选中。同一序列的其它碱基可以通过点击它的窗口和点击find first，find previous 或者find next 进行搜索 Print or Copy Assembled Seq
12、uences or Specific Area of the Sequence 打印或者复制拼接序列或序列特定的部分 6.7.1 大多数的拼接序列打印来说太长。在files 菜单中选择 print selection 把序列中的目的片段打印出来 6.7.2 在analysis 菜单中选择contig map 可以选中整个图表。图表可以复制和粘贴到文字处理器或图形应用程序 6.8 Confirmation of Sequencing Editing 确认编辑的序列 6.8.1 第二个熟悉程序的实验室分析者将检查和确认所有编辑的碱基 6.8.2 序列准备被输出和保存，做进一步分析 6.9 Export Consensus Sequence 输出共享序列 6.9.1 编辑完成序列时，在序列编辑器中打开共享序列，从files 菜单中选择export to editor。此序列可以保存为不同的格式。 6.9.2 为了进一步分析，最终把共享序列保存为fasta 格式 6.7
