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1、如何运用BLAST 进行序列比对、检验引物特异性提到序列比对，绝大多数人都会想到BLAST，但BLAST 的使用确实又是一个很大的难题，因为他的功能比较强悍，里面涉及到的知识比较多，而且比对结束后输出的结果参数（指标）又很多。如果把BLAST 的使用详细的都讲出来，我想我发帖发到明天也发不完，更何况我自己也不是完全懂得BLAST 的使用。所以我在这里也就“画龙点睛”以比对核酸序列为例来给大家介绍一下BLAST 的使用，也算是BLAST 的入门课程吧。请大家好好体会，如果你用心看，在看帖完毕之后BLAST 的基本使用（包括其他序列的比对）应该没有问题了。1打开BLAST 页面，http:/www
2、.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ 打开后如图所示：对上面这个页面进行一下必要的介绍：BLAST 的这个页面主体部分（左面）包括了三部分：BLAST Assembled Genomes、Basic BLAST、Specialized BLAST。相信大家可以看懂这三个短语的意思，我就不多说了；我要说的是，可以认为这是三种序列比对的方法，或者说是BLAST 的三条途径。第一部分BLAST Assembled Genomes 就是让你选择你要比对的物种，点击相应物种之后即可进入比对页面。第二部分Basic BLAST 包含了5 个常用的BLAST，每一个都附有简短的介绍。第三部分Sp
3、ecialized BLAST 是一些特殊目的的BLAST，如dart、GEO、IgBLAST、SNP 等等，这个时候你就需要在Specialized BLAST 部分做出适当的选择了。总之，这是一个导航页面，它的目的是让你根据自己的比对目的选择相应的BLAST 途径。下面以最基本的核酸序列比对来谈一下BLAST 的使用，期间我也会说一下其他序列比对的方法。2 点击Basic BLAST 部分的nucleotide blast 链接到一个新的页面。打开后如图所示：介绍一下上述页面：Enter Query Sequence 部分是让我们输入序列的，你可以直接把序列粘贴进去，也可以上传序列，还可以
4、选择你要比对的序列的范围（留空就代表要比对你要输入的整个序列）。Job Title 部分还可以为本次工作命一个名字。Choose Search Set 部分是让我们选择要与目的序列比对的物种或序列种类（genome DNA、mRNA 等等）。如果是人或小鼠的话，就可以直接选择了如果是其他物种就要选择“others”了，这时候网页会主动跳出一个下拉对话框和一个输入式对话框，你可以分别选择和输入要跟你的序列比对的序列种类和物种。下面的Entrez Query 可以对比对结果进行适当的限制。Program Selection 部分其实是让我们选择本次比对的精确度，种内种间等等。在BLAST 按钮下面
5、有一个“Algorithm parameters” ，这是参数设置选项，一般用户使用不到此项，所以它比较隐蔽，点击，原网页下方即可增加了Algorithm parameters 的内容。大部分人都用不到更改这里面的选项，我也不多说了，有兴趣的朋友可以自己研究一下。1 依次填写上述网页必须部分，点击BLAST 按钮后，出现如下界面（只截取其中二部分）：出现的这个结果页面信息含量非常大，如果我们用心观察，还是可以发现其中的一些主要指标的。列举上图也是为了给大家展示一下这些评价标准。其中Description 部分推荐大家详细看一下，另外说一下“E value” 这个指标与其他指标不同，它的数值越小相似程度越高，其他几个（如Totle score）都是数值越高相似度越高。注意：除可以比对设计的引物序列，还可以比对蛋白质的氨基酸序列，即从未知蛋白质的氨基酸序列找到相当的蛋白质。输出结果分四部分：1、第一部分：Accession为数据库名称，配对序列存取号，基因位点名称。2、第二部分：Description是对序列的简单文字描叙和定义行。（包括序列来源、类型和一些功能或表型信息）。3、第三部分：序列的比对分值。4、第四部分：期望阈值E（E值越小越好）。
