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1、,南方医图书馆系列讲座课件下载地址http:/http:/,用于检索外文期刊论文的摘要型数据库,SMU图书馆 文献采编部许四洋2013-10-21,Outline:,1 数据库介绍（生物医学领域外文期刊论文）2 不同数据库之间在收录文献方面的对比3 在PubMed中 如何检索一个课题的相关文献？4 对PubMed检出文献的分析？,1 数据库介绍（生物医学领域外文期刊论文）,摘要型数据库(bibliographic database)PubMed（MEDLINE）BIOSIS Preview(生物学文摘)EMBASE.com Science Citation Index(Web of Scien
2、ce)Engineering Index(Engineering Village)Chemical Abstract(化学文摘)SciFINDER,PubMed与MEDLINE,更细分专业的数据库,护理 The British Nursing Index(BNI)心理 PsycLIT药学 International Pharmaceutical Abstract。,数据库介绍（药学领域外文论文）,Derwent Drug FileInternational Pharmaceutical AbstractDrug Information Fulltext,1 数据库介绍（生物医学领域外文期刊论文
3、）,摘要型数据库(bibliographic database)PubMed free online BIOSIS Preview 学校图书馆已经购买,1 数据库介绍（生物医学领域外文期刊论文）,摘要型数据库(bibliographic database)EMBASE.com Science Citation Index(Web of Science)Engineering Index(Engineering Village)。,1 数据库介绍（生物医学领域外文期刊论文）,摘要型数据库(bibliographic database)Chemical Abstract(化学文摘)SciFINDE
4、R 只能到中大或华工等图书馆使用,2 不同数据库之间在收录文献方面的对比,1999年英国循证医学中心和MCDONALD对有关“PSYCHIATRY AND NEUROLOGY”学科方面的4个生物医学数据库收录期刊进行了比较，收录相关专业期刊多寡顺序为：PsycLIT(73)EMBASE(67)MEDLINE(47)BIOSIS(48),75%,91%,美国休斯顿Baylor医学院的Mafia分别用MEDLINE和EMBASE检索了1988和1994年有关rheumatoid arthritis(RA)，osteoporosis(OP)和low back pain(LBP)临床对照试验(cont
5、rolled clinical trims)方面的英文文献，EMBASE 检出率90，MEDLINE检出率77，不重合部分32。,2 不同数据库之间在收录文献方面的对比,BP and MEDLINE and EMBASE,Biosis Previews and EMBASE,BP and MEDLINE(PubMed),跨库检索的平台,EMBASE.com EMBASE MEDLINEWeb of Knowledge MEDLINE,BP,SCI,PubMed ScienceDirect SMU读者可用 PubMed 开放获取期刊,3 在PubMed中 如何检索一个课题的相关文献？,基本检索功
6、能 利用不同字段，高效完成检索 利用MeSH，进一步提高检索效率 针对临床的两个检索工具 clinical query topic-specific query,PubMed简介,National Library of Medicine管理下的 National Center for Biotechnology Information(NCBI)建立的生物医学文献数据库，使用NCBI的Entrez检索平台。,NCBI 数据库系统,生物信息学资源推荐,华中农业大学 生物信息学 http:/http:/http:/http:/,PubMed简介(contd),检索生物医学期刊论文的摘要数据库；收录
7、文献的时间范围：1800？-Update everyday(Tuesday-Saturday),外文文献起始：PubMed,摘要型数据库,全文数据库,ScieneDirectSpringerLinkEbscoOvid LWWScience onlineWiley,最老的？,最新的！,PubMed简介(contd),来源期刊 5376 English 4806（约占85%)Chinese 69 French Japanese Italy Germany,期刊论文发表时所用的语言,PubMed检索,基本检索功能 利用不同字段，高效完成检索 利用MeSH，进一步提高检索效率 针对临床的两个检索工具
8、clinical query topic-specific query,Gene targeting,Gene targeting,你的检索词被处理后，变成这样的检索式,PubMed检索,Automatic Term Mapping 对于用户在检索框中输入的检索词或词组，系统将依次到MeSH词转换表、短语表（Phrase list）、作者索引、期刊名称索引中进行词语匹配查找。,Automatic Term Mapping的基础PubMed使用的词表：2013版的MeSH词表收录有26 853个主题词（Medical Subject Heading）213 000个入口词(entry term)
9、,PubMed检索,PubMed检索,有关高频心电图的自动分析的文献 high frequency electrocardiography AND automatic analysis,这样一个检索式，会被处理成什么样？,(AutomaticAll Fields AND(analysisSubheading OR AnalysisText Word)AND(HighAll Fields AND(epidemiologySubheading OR(epidemiologyTIAB NOT MedlineSB)OR epidemiologyMeSH Terms OR FrequencyText W
10、ord)AND(electrocardiographyTIAB NOT MedlineSB)OR electrocardiographyMeSH Terms OR ElectrocardiogramText Word),提高检索的效率：词组检索,在词组的首尾加“”在词组最后一个词的末尾加*在词组后限定检索字段，如TI,如何实现词组检索,gene targeting,Gene targeting*,Gene targeting*,Gene targetingTIAB,Gene targetingTI,PubMed高级检索,PubMed 常用字段,检索有关粘脂质累积症的相关文献,mucolipid
11、oses,粘脂贮积症(mucolipidoses)又称包涵体细胞病(inclusion cell disease)，简称I-cell病。其临床特征表现为出生时就有明显的临床和X线异常，反应迟钝，皮肤成纤维细胞培养有大量粗大细胞质包涵体。Leroy等(1967)最早发现此病,Spranger(1970)将其分类为黏脂贮积症型.,全！,准？,提高检出文献的相关度（检准率）,特定字段检索（Fields Search）Title 题目MeSH Major Topic 主要医学主题词MeSH 医学主题词Title/Abstract 题目或摘要Text word 文本词或关键词,文献太多，如何保证查全和查
12、准？Mesh(Medical Subject Headings)词表！美国国立医学图书馆编制的权威性主题词表。MeSH在文献检索中的重要作用主要表现在两个方面：准确性（准确标识文献内容的主题）和唯一性。,PubMed检索,为什么要用MeSH主题词检索？,为什么要用MeSH主题词检索？,MeSH term Mucolipidoses,（mucolipidosisTIAB OR mucolipidosesTIAB）OR（mucolipidosisText Word OR mucolipidosesText Word）OR mucolipidosesMeSH,提高检出文献的数量与相关度,PubMed
13、都有些什么数据内容呢？,Publisher Supplied Citations,PreMedline,PubMed,MEDLINE,OLDMEDLINE,PubMed not Medline,MEDLINE-记录中用indexed for MEDLINE 数据来源于1966年始美国和其他70多个国家(包括中国在内)出版的4800余种生物医学期刊，内容涉及医学、护理、健康保健等学科，目前已达1 500万余条，并以年30余万条递增。,OLDMEDLINE-记录中用PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966以早期印刷版美国医学索引（CIM）为主要收集对象，目前收录约200万条195
14、1一1965年间生物医学文献，无文摘、未经主题词标引。,PreMedline-记录中用PubMedin Process 未及加工、标引(尚未规范化处理）的新收文献，这部分文献每日更新一次。,Publisher Supplied Citations-记录中用PubMed-as supplied by publisher。由出版商直接传输的电子型文献，每日都有新加入文献。,PubMed not Medline-记录中用PubMed 部分Medline期刊(如一些科学通论期刊和化学期刊)未收录的文献,全文电子期刊PMC(PubMed Central)上发表的文献。,减肥药的副作用方面的英文文献？（要
15、求涉及的研究对象为19-24岁的年轻女性。）Anti-Obesity Agents/adverse effectsMeshLimits:时间、语言、实验对象、性别,PubMed检索,PubMed检索,请利用PubMed检索2000年以来有关65岁以上老人阿尔茨海默病（Alzheimer Disease）死亡率（mortality）的多元分析(meta analysis)文献。Filters：发表时间；实验对象；,Alzheimer Disease/mortalityMesh,#1 meta-analysisMeSH#2 review literatureMeSH#3 meta analy*TW
16、#4(systematic*AND(review*or overview)#5 meta-analysis PT#6 review PT#7 review TI#8 review literature PT#9#1 OR#2 OR#3 OR#4 OR#5 OR#6 OR#7 OR#8,PubMed检索,检索拉赫散依尔玛兹(Rahsan Yilmaz)的文献 Yilmaz,R zhong sz 利用 author index，结合作者的单位，全面检索一位作者发表的文章。,PubMed检索：辅助检索的功能键,Filters 条件的增、减Detail 检查系统执行的检索式History 检索历史In
17、dex 索引,PubMed检出结果的显示,检出结果的显示格式 summary 填写参考文献的基本信息 abstract 提供全文链接 medline 可以帮助查看MeSH字段 保存、输出到Endnote,Display:Summary,PubMed中的非英文文献,Display:Abstract,Display:MEDLINE,PubMed检出结果的处理,检出结果保存到EndNote或NoteExpress 以MEDLINE格式保存，选择滤镜导入检出结果的全文获取 SMU图书馆已经购买的全文 free fulltext 图书馆的文献传递服务 丁香园文献求助,4 对PubMed 检出文献的分析,
18、（1）提供文献分析功能的平台 http:/ISI Web of Knowledge（2）文献内容分析软件 文本信息分析软件RefViz 全文分析软件Quosa。,http:/,http:/,http:/,GoPubmedGO+MeSH 知识挖掘工具,GoPubMed是德国Transinsight公司和德国德累斯顿大学合作，利用生物信息学相关知识开发的一个可以对PubMed检索结果进行探索、分析的工具。,http:/,Gene Ontology(GO),Controlled vocabulary for the annotation of gene productshttp:/www.geneo
19、ntology.org/19,468 terms.95.3%with definitions 10391 biological_process 1681 cellular_component 7396 molecular_function,利用GoPubMed了解四个“W”,W,What,W,W,W,Who,Where,When,Gene targetingTI,Gene targetingTI,“gene targeting”相关文献的统计分析：不同年代发文趋势不同国家在这方面的文献产出量排名不同城市在这方面的文献产出量排名,“gene targeting”相关文献的统计分析：不同年代发文趋
20、势图形,“gene targeting”相关文献的统计分析：不同期刊发文量的排名,gene targeting相关文献的统计分析：相关文章中高频率出现的热点词汇排名产文量最多的作者排名,gene targeting相关文献的统计分析：产文量最多的作者之间的合作关系,gene targeting相关文献的统计分析：从高频出现的词汇(top terms)和学科(knowledge base)的角度,gene targeting相关文献的统计分析：从学科(knowledge base)的角度挑选出涉及蛋白研究的一批论文,THANK YOU!,CONTACT detail:,办公室：图书馆三楼 文献采编部电 话:020-61648051E-mail:QQ:852832875,
