《文库生成软件LGS.ppt》由会员分享,可在线阅读,更多相关《文库生成软件LGS.ppt(15页珍藏版)》请在三一办公上搜索。
1、文库生成软件(LGS),颜淑玮2010,创建步骤评价及修改关于方法,创建步骤(示意图),1.先创建Method,并命名,新Method必须建立在现有库中的Method基础上,保存,2.再建库,新文库的名称需与新Method一致,把将来要比对的菌种名称添加到新库中。,GENUS-SPECIES-SUBSPECIES,3.接下来要将已知的菌种的脂肪酸信息导入到新建菌库的菌种条目下,这样就把分析结果转变为比对模板了。,4.保存操作后,打开新文库,可以查看所有的信息,设定参数,参考相似度及参考标准偏差(质心距离)设定参考偏差(质心距离)为某个值,则参考相似度则为另一个设定值。显示参数分支数(最大显示条
2、目数=分枝3+1个匹配)SI阈值SI阈值因子(最佳匹配阈值因子=显示SI阈值),衡量及改进,可视化评估(Train后可见)1特征图(最后确认),柱状图确认(SD3,距离修改右端,sample list修改需regenerate),衡量及改进,2D-Plot确认(x*y100),衡量及改进,SI值确认(x0.81.0;y0.1;绿线以下),衡量及改进,调整参数 Training Parms特征值加数(默认值2,即阈值为2倍标准差,分类越细设定应越小)最大错配及最大特征标准偏差 no match零特征标准偏差(sample有,entry无)质控阈值(SD/Mean)关联项必须选,衡量及改进,关于方法,可修改选项(自建方法,Root your Method)Sample Control,Calibration Control and Calibration Sequence(根据研究目的)物质命名修改Method与Library的对应关系 1 培养及衍生化方法一致 2 物质命名表一致,