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1、DNAMAN 使用方法,1将待分析序列装入Channel 2以不同形式显示序列3DNA序列的限制性酶切位点分析4DNA序列比对分析5序列同源性分析6.PCR引物设计7质粒模式图绘制,DNAMAN 使用方法,DNAMAN是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大，使用方便，已成为普遍使用的DNA序列分析工具。以DNAMAN 5.2.9 Demo version为例，简单介绍其使用方法。打开DNAMAN，可以看到如下界面：,第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有九个常用主菜单，第二栏为工具栏：第三栏为浏览器栏：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel工具条，DNAMAN提供20个Channe
2、l，点击Channel工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。每个Channel可以装入一个序列。将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel中可以节约存取序列时间，加快分析速度。此版本DNAMAN提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel中。,以具体使用DNAMAN的过程为例来说明如何使用DNAMAN分析序列。1将待分析序列装入Channel（）通过File/Open命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。（）通过Sequence/Load Sequence菜单的子菜单打
3、开文件或将选定的部分序列装入Channel。通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，和要分析的片段等参数。2 以不同形式显示序列 通过Sequence/Display Sequence命令打开对话框，如图所示：,根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。对话框选项说明如下：Sequence&Composition：显示序列和成分 Reverse Complement Sequence：显示待分析序列的反向互补序列 Reverse Sequence：显示待分析
4、序列的反向序列 Complement Sequence：显示待分析序列的互补序列 Double Stranded Sequence：显示待分析序列的双链序列 RNA Sequence：显示待分析序列的对应RNA序列,3DNA序列的限制性酶切位点分析,将待分析的序列装入Channel，点击要分析的Channel，然后通过Restriction/Analysis命令打开对话框，如下所示：,按扭，出现下列对话框：,参数说明如下：Results 分析结果显示 其中包括：Show summary：显示概要，Show sites on sequence：在结果中显示酶切位点 Draw restrictio
5、n map：显示限制性酶切图，Draw restriction pattern：显示限制性酶切模式图 Ignore enzymes with more than：忽略大于某设定值的酶切位点 Ignore enzymes with less than：忽略小于某设定值的酶切位点Target DNA：目标DNA特性 Circular：环型DNA，dam/dcm methylation：dam/dcm甲基化 all DNA in Sequence Channel（选择此项，在Sequence Channel 中的所有序列将被分析，如果选择了Draw restriction pattern，那么当所有
6、的channel中共有两条DNA时，则只能选择两个酶分析，如果共有三个以上DNA时，则只能用一个酶分析。,选择所需的项目，然后按提示操作点击 按扭，出现下列对话框：,Enzyme：代表enzyme data file，点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项，restrict.enz和dnamane.enz，如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文件名。其中restrict.enz数据文件包含180种限制酶，dnamane.enz数据文件包含2524种限制酶。选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被选中，在右边空白框中列出。要自制
7、酶切列表，可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶（例如puc18 multiple cloning sites），然后点击 按钮出现下列对话框：,按钮出现下列对话框：,输入要保存酶列表的文件名，点击 按钮即可保存。自制酶列表可以方便分析特定的酶切位点。Cutter 酶切识别序列长度；End 酶切产生的末端，其中包括，Blunt（平头末端），5Overhang（5突出粘性末端）,3Overhang(3突出粘性末端)，系统根据cutter和end的设定情况,在左边酶列表中显示符合条件的酶。最后，点击 按钮执行操作。,4DNA序列比对分析（Dot Matrix Comparision）,要比较两个序列
8、，可以使用DNAMAN提供的序列比对工具Dot Matrix Comparision（点矩阵比较）通过Sequense/Dot matrix comparision命令打开比对界面，如下图：,点击对比界面左上角的 按钮，出现下列对话框：,4DNA序列比对分析（Dot Matrix Comparision）,参数说明如下：Sequence type 序列类型 Sequence 1 参加比对的第一序列选择框，框内选项说明如下：如果要比对的序列在Channel中，点击下拉箭头，选择相应的Channel，则被选中的Channel中的序列作为参加比对的第一序列；也可以从文件夹中选择参加比对的序列，在Fi
9、le选择框上点击即可。通过Length选择参加比对的序列片段。Sequence 2 参加比对的第二序列选择框；选项说明同上 Show Sequence 选择此项，当同源性大于设定值时，将显示同源性；Annotations 是否显示注释,4DNA序列比对分析（Dot Matrix Comparision）,Comparision 比对参数，其中Window代表Window size（单位比对长度），Mismatch代表Mismatch size（单位比对长度中许可的错配值），要快速比对，需将此项设为0。Both stran代表双链比对，选择此项，是指用Sequence 2中的的正链和负链分别和S
10、equence 1 比较，Sequence 2链与Sequence 1 正链比较结果用黑色点表示，与 负链比对结果用红色点表示。Plot box：点阵图表显示参数 Position：起点坐标，Width：宽度值，Height：高度值，Frame size：边框线粗度值，Dot size：点粗度值，Gridline：虚线框数。参数设定好后，点击按钮 执行操作。,5序列同源性分析,（1）两序列同源性分析 通过Sequence/Two Sequence Alignment命令打开对话框，如下所示：,参数说明如下：Alignment method：比对方法，通常可选Quick(快速比对)或Smith&
11、Waterman(最佳比对)，当选择快速比对时，设置较小的k-tuple值，可以提高精确度，当序列较长时，一般要设置较大的k-tuple值（DNA序列：k-tuple值可选范围2-6；蛋白质序列：k-tuple值可选范围1-3）,5序列同源性分析,（2）多序列同源性分析 通过打开Sequence/Multiple Sequence Alignment命令打开对话框，如下所示：,参数说明如下：File：从文件中选择参加比对的序列 Folder：从文件夹中选择参加比对的序列 Channel：从channel中选择参加比对的序列 Dbase：从数据库中选择参加比对的序列 Remove：清除选择的序列
12、Clear：清除全部序列 点击 按钮，出现对话框：,（2）多序列同源性分析,如果在前一对话框选择的是Fast alignment,则在此对话框中选择Quick alignment,否则选择 Dynamic alignment 即可。其它参数不必改变，点击对话框中间的 使其它参数取原始默认值。点击 按钮，出现下列对话框：,（2）多序列同源性分析,点击对话框中间的，然后点击 执行操作。结果如下所示：,（2）多序列同源性分析,点击左上角 按钮，可以从弹出的对话框中选择不同的结果显示特性选项。点击 按钮下的 按钮，出现下列选择项：,（2）多序列同源性分析,可以通过这些选项，绘制同源关系图（例如Tree
13、/homology tree命令）。显示蛋白质二级结构：（Protein Secondary Structure命令），绘制限制性酶切图：（Restriction Analysis命令）等。同源关系图举例如下：（Tree/Homology Tree命令）,（2）多序列同源性分析,6.PCR引物设计,首先，将目标DNA片段装入Channel,并激活Channel。点击主菜单栏中的Primer主菜单，出现下拉菜单，如下所示：,点击Design PCR Primers for DNA命令，出现下列对话框：,6.PCR引物设计,Primer locations on target:引物定位 Produ
14、ct size:扩增目的片段大小 Sense primer:正向引物选择区 Antisense primer:反向引物选择区 Primer:引物特性 包括Length:引物长度，Tm值,GC含量等参数；Reject primer:引物过滤（将符合引物过滤条件的引物过滤掉）3dimer:可形成3端自我互补的碱基数 Hairpin stem:可形成发卡颈环结构的碱基数 PolyN:多聚碱基 3Uique:3端严格配对碱基数 Primer-Primer:含义未知 All matches:引物互补配对百分数 Consentrations:浓度设定 Product for hybridyzat:PCR产
15、物用于Southern Blot 探针杂交,6.PCR引物设计,点击 按钮，出现下列对话框：,选择选项，点击 按钮，出现:,7画质粒模式图,我们常常要用到各种质粒图，无论是制作幻灯片，还是发表文章，常常需要质粒图。DNAMAN 提供强大的绘质粒图功能，能满足我们的需要。通过Restriction/Draw map 命令打开质粒绘图界面：,7画质粒模式图,将鼠标移动到圆圈上，等鼠标变形成“I”时，单击鼠标左键，出现如下菜单：,Position:当前位置 Add Site:添加酶切位点 Add Element:添加要素 Add Text:添加文字 Insert Fragment:插入片断 Copy
16、 Fragment:复制片断 Cut Fragment:剪切片断 Remove Fragment:清除片断 Frame Thickness:边框线粗细调节点击 Add Site 选项，出现如下对话框：,7画质粒模式图,Type:要素类型（共有三种类型，鼠标点击即可切换）（c）olor/Pattern:填充色（共有16种颜色供选择）Name:要素名称 Start/End/Size:要素起点/终点/粗细度 点击Add Text选项，出现如下对话框：,参数说明如下：Name:要添加的酶切位点的名称(例如HindIII)Position:位置（以碱基数表示）点击 Add Element选项，出现如下对话框：,7画质粒模式图,输入要添加的文字，点击Font 按钮设置字体和格式，选择Horizontal(水平显示)或Vertical(垂直显示)，点击 按钮即可。在绘图界面空白处，双击鼠标，出现：,通过此对话框，你可以完成各种添加项目的操作，也可以修改已添加的项目。注意：你可以通过鼠标双击质粒图上的项目来修改已添加的任何项目，可以通过鼠标移动任何项目。你可以通过帮助文件获取更多信息。,7画质粒模式图,示例：,
