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1、如何分析基因序列中的启动子、外显子和内含子,生命科学学院,启动子:RNA聚合酶特异性和结合的DNA序列。启动子是基因的一个组成部分,控制基因表达的起始时间和表达的程度。外显子:断裂基因中的编码序列。外显子是真核生物基因的一部分,它在剪接后仍会被保存下来,并可在蛋白质生物合成过程中被表达为蛋白质。内含子:断裂基因的非编码区,可被转录,但在mRNA加工过程中被剪切掉,故成熟mRNA上无内含子编码序列。,怎样利用互联网中的网站或软件分析该序列中的外显子、内含子和启动子呢?,现有人基因组中的一段序列GGTATGGGGCCAAGAGATATATCTT.,一、根据一段碱基序列找到其对应的基因名或其序列号,
2、任选浏览器搜索“NCBI”找到后点击进入,出现如上界面点击“BLAST”(Basic Local Alignment Search Tool,BLAST),当出现如上界面时,点击“nucleotide blast”,打开页面后,在检索框中输入需要查找的序列,如图所示,根据索要查询的基因来源,选定需要查询的基因(人类基因)点击“BLAST”打开,出现页面后向下滑动直至出现图1寻找Ident(一致性)最高的一项点击进入,点击进入后见 所查序列名称 以及序列号 据此进行操作,二、已知基因的基因名或序列号找到其启动子、外显子和内含子,1、输入网址进入UCSC网站,2、点击Genome Browser,
3、3、点击进入后可看到以下页面,(1)选择是何种生物的基因(如人类,老鼠等),(2)输入你所需要查询的基因名称,输入完毕,点击SUBMIT,4、可看到以下页面,(1)将Ensembl Genes设置为dense(显示),(2)点击refresh,5、可看到以下页面,找到Ensembl Genes 点击所对应的序列图形,6、可看到以下页面,继续点击所对应的序列图形,7、可看到以下页面,选择Genomic Sequence,8、可看到以下页面,(2)选择表现形式(如外显子大写,其余都小写),(1)根据需要选择所要展现的内容(如外显子、内含子),(3)点击submit,9、可看到以下页面,此为HBB基因的全部序列,第一段大写部分为第一个外显子。第一个外显子前面的所有小写部分为该序列的启动子。大写部分之间夹杂的小写部分为该序列的内含子。,三、检验所得序列是目的序列,1、验证,利用word输入我们所得到序列的第一个外显子的部分序列进行验证,看是否与原题序列匹配,验证完成后,确认匹配后可继续利用上述方法找出原题中的启动子,外显子,内含子。,2、确定,