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1、第二章Interent上生物信息学资源,2006年9月26日星期二,Internet提供了大量生物息学资源在内的多种资源。20世纪90年代以来,由于生物大分子序列和结构测定技术的突破,人类基因组计划初步完成,使不同物种、不同分子序列、结构和功能信息,每天都以惊人的速度增长,大量数据库也涌现，如:基因组数据库、蛋白质序列库、基因图谱库、酶类数据库、生物反应数据库等。,2006年9月26日星期二,人类基因组计划研究已从结构基因组学(Structural Genomics)、序列基因组学(Sequence Genomics)向功能基因组学(Functional Genomics)转变,后基因组学与蛋
2、白质组学时代已经到来。对蛋白质及核酸序列等各种信息的检索、整理、分析、解读是现代生物信息学的重要研究内容。掌握生物信息学资源与数据库的使用已成为生物信息学研究的关键。,2006年9月26日星期二,第一节 生物信息学重要网站,1.1 美国国家生物技术信息中心(NCBI)美国生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI,网址:)是美国国立卫生研究院医学图书馆的一个机构。创建于1988年11月4日,是美国国家分子生物学信息资源中心,也是全球最有影响的生物学网站之一。NCBI开发有Genbank,Medline等公共数据库,提供
3、PubMed、Entrez、BLAST、OMIM、Taxonomy、Structure等工具,可对国际分子数据库和生物医学文献进行检索和分析。,2006年9月26日星期二,美国生物技术信息中心(NCBI)主页：,2006年9月26日星期二,NCBI的主要贡献,NCBI的使命是开发新的信息技术工具,以协助更好地理解和研究影响人类健康疾病的分子与遗传过程。NCBI同时从事计算生物学研究,开发基因组数据分析和生物医学信息方面的软件工具。除了GenBank以外,NCBI还支持许多种医学及科技方面的数据库,包括:孟德尔人类遗传(Online Mendelian Inheritance in Man,OM
4、IM)、三维蛋白质结构的分子模型数据库Molecular Modeling Database,MMDB)、特殊人类基因序列集(Unique Human Gene Sequence Collection,UniGene)、人类基因组草图(Gene Map of the Human Genome)、生物分子浏览器(Taxonomy Browsed）以及与国立癌症研究所合作的癌症基因组解剖学项目(Cancer Genome Anatomy Project,CGAP)。,2006年9月26日星期二,NCBI的集成检索系统:Entrez,Entrez是NCBI的查询检索系统,用户可通过该系统查询、检索的
5、数据有：核酸序列、蛋白质序列、图谱、三维结构；全部基因组汇编、GenBank中的生物分类；孟德尔人类遗传、MEDLINE中的生物医学文献。通过相关链接,Entrez可将这些数据库有机地结合在一起，进行序列、结构及文献数据的相关交叉检索查询。Entrez也提供序列和染色体图的图像浏览。,2006年9月26日星期二,NCBI的集成检索系统:Entrez,2001年起,NCBI在网站上开始提供人类全部基因组草图的检索服务及通过网站对人类全部基因组序列数据进行图像浏览：碱基局部核对查询工具(Basic Local Alignment Search Tool,BlAST)是该中心开发的蛋白质或DNA序列
6、相似性查询程序。用户可通过BLAST将获得的序列数据与基因组或基因产物进行对比。,2006年9月26日星期二,NCBI-Entrez 最新跨库检索系统首页,网址：,2006年9月26日星期二,NCBI的分子模型数据库-MMDB,是NCBI的分子模型数据库(Molecular Modeling Database,MMDB,Http:/Structure/)包括来自于PDB(Protein Data Bank,)由晶体衍射和核磁共振实验研究得到的所有大分子三维结构数据。MMDB还增加了一些附加信息,包括已验证的显性化学图像信息、对二级结构衍生一致性定义,并可与PubMed交叉检索等。从该数据库也可
7、以链接到PDB大分子三维结构数据库网站,网上浏览生物分子的平面或三维立体图像。,2006年9月26日星期二,NCBI的分子模型数据库-MMDB,http:/Structure/,2006年9月26日星期二,PDB-Protein Data Bank,首页,2006年9月26日星期二,PDB的三维结构查询,2006年9月26日星期二,NCBI-新建立的数据库,1)PubMed CentralPMC 它是 NCBI的生命科学数字化期刊论文集。可使得用户在检索文献的同时也可以链接到期刊网站免费检索、阅读文献全文。,NCBI在2001年又开发了几个新的数据库:,2006年9月26日星期二,NCBI-P
8、ubMed Central,2006年9月26日星期二,NCBI-Bookshelf,2)Bookshelf(http:/=Books)Bookshelf是NCBI建立的生物医学图书全文数据库。Bookshelf提供对某一种特定图书或所收录的全部图书的概念检索,也可以对所收录图书进行免费全文阅读。该数据库现包括以下有影响的专业图书:Introduction to Genetic Analysis,7th ed.Griffiths 1999Modern Genetic Analysis,1999Molecular Biology of the Cell,3rd ed,Alberts,1994Mo
9、lecular Cell Biology,4th ed.Lodish2000年 Retroviruses Coffin,1997,2006年9月26日星期二,NCBI-Bookshelf主页与图书列表,2006年9月26日星期二,NCBI提供匿名服务器下载,NCBI提供的所有数据库和程序软件皆可在NCBI的匿名FTP服务器上下载。ftp:/,2006年9月26日星期二,NCBI的匿名FTP服务器内容,2006年9月26日星期二,用LeapFTP工具登陆的NCBI-FTP网站,2006年9月26日星期二,1.2 欧洲分子生物学实验室(EMBL)与欧洲生物信息学研究所(EBI)欧洲分子生物学实验室(European Molecular Biology Laboratory,EMBL）网址:1974年几乎由全部西欧国家及以色列等16个国家资助在德国海德堡建立的国际研究网络,致力于分子生物学研究,分别在德国、英国、法国、意大利设立5个分支机构。1980年建立了世界上第一个核酸序列数据库即EMBL核酸序列数据。,2006年9月26日星期二,欧洲分子生物学实验室(EMBL)主页,2006年9月26日星期二,第一部分结束,
