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1、Materials Studio入门教程,你将学到：1.生成Projects2.打开并且观察3D 文档3.绘制苯甲酰胺分子4.观察并且处理研究表格文档5.处理分子晶体：尿素6.建造Alpha 石英晶体7.建造多甲基异丁烯酸盐8.保存Project 并结束,Materials Studio 入门教程,1.生成Projects,(1).运行Material studio(2).生成Project,生成Projects,2.打开并且观察3D 文档,(1)调整显示风格在 3D 结构上单击右键并选择Display Style 对话框中的各选项的意义如下Atom栏Line：线状模型Stick：棍状模型Ba
2、ll and stick：球棍模型CPK：球堆砌模型Polyhedron：多面体堆积模型（晶体）Lattice 栏:Display:显示单个晶胞或者元胞Range：显示在X、Y、Z 方向上晶胞的数量Lattice:显示晶胞边界的风格,打开并且观察3D 文档,(2)改变3D 结构的视图Rotate:旋转结构视图。Zoom:向上或者右侧拖动可以增大所选结构的视图；向下或者向左侧拖动会缩小所选结构的视图。Translation:将结构沿着不同的方向平移。Fit to View:根据窗口的尺寸，为3D 结构选择合适的大小。Recenter:将结构放置到窗口中心，结构大小不变。Reset View:将结
3、构放置到窗口中原来的位置，并恢复原有大小,打开并且观察3D 文档,(3).选择对象的各种类型在 3D View 工具栏上选择3D Viewer Selection Mode。通过单击原子、键来选择相应的对象该对象变为黄色表示已经被选中。通过鼠标的托拽操作可以选择一定区域内的所有对象，包括原子和键。在结构中的某个原子或键上双击鼠标可以选择整个结构。,打开并且观察3D 文档,3.绘制苯甲酰胺分子,下面是要建造的苯甲酰胺结构：(1).生成3D 文档在菜单上选择 New，并且选择3D Atomistic Document 后单击OK此时文件名称出现。在左侧的Project Explorer 中，名称为
4、3D Atomistic Document.xsd，在其上单击鼠标右键，选择ReName 进行改名并进行保存。,绘制苯甲酰胺分子,(2).绘制分子环和原子链在 Sketch 菜单上选择Sketch Ring 工具，并移动到文档中绘制环（环的右侧会显示环的尺寸，可以在键盘上按下数字键3-8 来改变环的大小）。现在选择 Sketch Atom 工具，移动到环上，当原子变为绿色后表示可以进行绘制操作。单击原子将键连接到该原子上，然后移动鼠标并在合适位置单击设置另一个原子。要结束绘制，请在最后一个原子上双击鼠标左健或者按下键盘上的 Esc 键。,绘制苯甲酰胺分子,(3).将分子改变为球棍模型在 Dis
5、play Style 对话框中进行详细操作,绘制苯甲酰胺分子,(4).绘制氧原子在 Sketch Atom 的选项箭头下选择氧原子，以相同的方法绘制氧原子。(5).编辑原子类型选中某个原子后，在Modify 菜单下的Modify Element 中选择Oxygen 来改变原子类型。或者可以在Sketch 工具栏中选择Modify Element 按钮来直接改变原子类型。,绘制苯甲酰胺分子,(6).编辑键的类型首先选择两个原子之间的键，然后在 Sketch 工具栏上的Modify Bond Type 按钮来改变。键的类型，同样的选项也可以在Modify 菜单下的Modify Bond Type
6、中找到。如果要选择多个原子或键，请按下 Shift 后再进行选择。如要取消选择，请在结构外单击鼠标左键。,绘制苯甲酰胺分子,(7).调整氢原子并进行整理可以通过程序自动加氢而不需要单独的为每个原子加上合适的氢原子。在 Sketch 工具栏上，单击Auto Hydrogen 按钮为结构加入合适的氢原子。按下Clean按钮修正结构的几何，这样结构中的键、键角和扭转角都会变得具有化学合理性。,绘制苯甲酰胺分子,(8).将共轭结构转化为凯库勒式Material Studio可以很轻松的在共轭结构和凯库勒式间进行转化。从 Build 菜单中选择Bond，此选项将进行Bond 计算工作。在 Bonding
7、 Scheme 栏中的选项部分，确定Convert representation to 被选中，并在右侧的。下拉菜单中选择Resonant 或者Kekule，会将其转换为另一种对应结构。同样的选项可以在Atom and Bond 工具栏的Bond 按钮下找到。,绘制苯甲酰胺分子,(9).监控并且调整距离可以在 Material Studio 的Measure/Change 中监控并调整原子间距离、角度和扭转角。在 Measure/Change 下，选择Distance。选择两个原子，则这两个原子之间的距离会显示出来。对于成键原子（或者完全不相关原子），可以通过在窗口中按住鼠标左键进行拖动来。改
8、变相互之间距离（第一个选中的原子将会被固定）。,绘制苯甲酰胺分子,(9).监控并且调整距离角度和扭转角的操作同上。完成后就可以使用 View|Explorers|Properties Explore 来查看所构造分子的信息了。Properties Explore 可以自动显示所选对象的性质，包括原子、键、分子以及距离、角度和扭转角等。可以在相应条目上双击鼠标左键进行改动，改变后的变化会出现在结构上。,绘制苯甲酰胺分子,4.观察并且处理研究表格文档,Study tables是Material Studio软件中重要的一部分。这些文档(.sdf)都会以电子数据表的形式显示包括数学表达赋值和对已有化
9、学数据的控制。其中每一个单元格都可以包含字符串或者是3D 分子模型。,观察并且处理研究表格文档,(1).打开一个新的研究表格文档从 File 菜单中选择New，当打开对话框时选择Study Table Document 并单击OK。或在常规工具栏上选择New，甚至可以在Project 对话框上单击右键选择New。(2).将分子模型输入到研究表格中从 Edit 菜单中选择Insert From 或者在常规工具栏上选择Insert From 按钮。并选择要输入的相应文件进行输入。,观察并且处理研究表格文档,(3).在研究表格中观察分子模型表格的列 A 中包括了分子的名称和3D 结构文件图标，可以通
10、过简单的双击该图标观察分子结构。在出现的图中会显示其细节信息，可以操纵该结构，例如可以进行旋转、平移和缩放操作，但是不能对其进行编辑。要进行编辑的话需要将分子拷贝到本地的结构文档中，才能进行相应的编辑工作。,观察并且处理研究表格文档,(4).从Project Explorer 中插入分子模型对分子模型修改完成后，可以将其插入到研究表格中。过程如下：在 Project Explorer 中单击研究表格，使其成为当前文档。然后在要插入的文件名上单击右键，选择Insert Into。修改后的结构会插入到表格的最后一行中。,观察并且处理研究表格文档,(5).研究表格支持的其它格式研究表格也支持 3D
11、周期体系，如晶体和无定型晶胞结构。轨迹文件(.xtd)文件也可以输入轨迹文件的每一个桢都会放置到研究表格的一行上。,观察并且处理研究表格文档,(6).计算基本描述符研究表格的细节显示如下：研究表格的顶头一行，包含了列标A、B等，被称为列头。第二行，包含了对该列内容的描述，例如“Structure”,被称为列描述符。当计算完多个模型的性质之后，其值会出现在研究表格中。,观察并且处理研究表格文档,(6).计算基本描述符选择列 A（整个列变成蓝色，表示被选中，任何时候都可以使用Esc 键取消选择），然后单击QSAR Models 工具栏的Model 按钮。在出现的对话框中选择Element Coun
12、t，同时按下Ctrl 键可以选择多种性质。进行Element Count 计算时默认选项为计算分子中碳原子的数量。要改变默认，请双击Element Count 条目，在弹出的对话框中Input 部分选择要计算的元素。,观察并且处理研究表格文档,(7).研究表格观察者选项现在 Study Table Viewer 工具栏上的几个选项变为可用选择列 B，同时选择Study Table Viewer 工具栏上的Filter Selection，则只有列B 被显示其它部分都被去除。此方法适合于表格内数据非常多的情形，使用此方法可以清楚地看到所需要的内容。,观察并且处理研究表格文档,(7).研究表格观察
13、者选项此命令对于某行来说同样有效选择列B，同时选择Study Table Viewer 工具栏上的Sort Ascending 可以将数据按照从大到小或者从小到大的顺序进行排列。同时选择Study Table Viewer 工具栏上的Quick Plot 按钮，可以将相关性质对列数作图返回研究表格。选择工具栏上的Define Function 按钮，可以自定义函数，具体过程类似于微软Excel 中的函数功能。,观察并且处理研究表格文档,5.处理分子晶体：尿素,医药、农药、色素、染料、专用化合物以及爆炸物等在工业制造过程的某些阶段，都是晶体材料。对这些材料进行模拟，可以扩展我们对其的认识，最终帮
14、助我们控制其性质，例如溶解性、模板寿命、形态、生物药效率、颜色、振动强度、气压和密度等。在练习中我们将使用尿素作为一个简单的例子进行分子晶体材料的模拟。,处理分子晶体：尿素,(1).打开分子晶体文档输入 Examples|Documents|3D Model|urea.msi 到Project 中(2).计算氢键从菜单中选择 Build|Hydrogen Bonds该操作会打开氢键计算对话框,处理分子晶体：尿素,(3).调整晶胞显示的范围打开 Display Style 中的Lattice 栏将Display 部分沿X、Y、Z 轴方向的最大晶胞数（Max）改为2.0我们就可以得到一个2x2x2
15、 的尿素晶体在该晶体中，各个原子的分数坐标不变,处理分子晶体：尿素,(4).改变晶胞显示风格在 Lattice 栏中，选择None关闭对话框，将去除晶胞边界线。(5).检测结构中氢键连旋转结构观测氢键网络使用键盘上的上、下、左、右键头将按照 45为单位进行旋转转。,处理分子晶体：尿素,6.建造Alpha 石英晶体,应用领域：异相催化剂的应用沸石催化剂在石油、天然气探测中的矿物采样分析,建造Alpha 石英晶体,(1).建立Alpha 石英晶体在一个新的 3D 文档中从Build 菜单选择Crystal 下的Build Crystal.会打开相关的晶体模建对话框。在Space Group 栏中，
16、选择Enter Group，输入P3221，并且按下Tab 键进行确认。也可以从下拉菜单中选择该空间群，如果你知道该空间群的序号，也可以直接输入该序号。在 Lattice Paramenters 栏中，在相应的地方可以输入Alpha 石英的a 和c 晶胞参数为a=4.910 c=5.402。,建造Alpha 石英晶体,(2).加入硅原子和氧原子由于已经定义好了体系的对称性，只需要加入一个硅原子和一个氧原子，那么根据对称操作，会产生整个晶体的相应原子。从 Build 菜单中选择Add Atom。此选项会打开Add Atom 对话框，也可以在Atom and Bond 工具栏上单击相应的按钮。进入
17、 Options 栏，确认Test for bonds as atoms are created 被选中。当该选项被选中的时候，Material Studio 会在晶体建造过程中，自动产生相应的键。Material Studio 也有一个通用的Bond Calculation 工具，可以从Build 菜单中调用，该工具允许你选择、编辑并定义最佳的成健方案。,建造Alpha 石英晶体,(2).加入硅原子和氧原子仍然在 Options 栏中，确认Coordinatie System 是Fractional。进入到Atoms 栏中，从Element 下拉菜单中选择Si，并输入相应的a、b、c 数据。
18、a=0.480781,b=0.480781,c=0.0。Si 原子和其对称原子加入到晶胞内。同样的，我们可以加入氧原子。氧原子的参数为a=0.150179,b=0.414589,c=0.116499。氧原子和其对称原子加入到晶胞内，程序会自动计算并加入相关的键。,建造Alpha 石英晶体,(3).对比两种晶体版本下面我们将对比 Material Studio 数据库中的Alpha 石英晶体和自构造晶体。按下列路径输入 Alpha 石英晶体Examples|Documents|3D Model|quartz_alpha.msi。从Windows 菜单中选择Tile Vertically 将两个结
19、构横向平铺。通过选择每个文档并且使用Reset View 按钮进行同步。使用键盘上的上、下、左、右箭头来观测两个结构在不同取向上的异同。在 Display Style 的Lattice 栏中，在Style 下拉菜单中选择In-Cell，则晶胞外的原子都会被去除，两个结构现在都以同一格式显示。,建造Alpha 石英晶体,7.建造多甲基异丁烯酸盐,多甲基异丁烯酸盐(PMMA)是一种重要的商业热塑性材料，特别是对于上光应用更为广泛典型的生产方式是通过使用过氧化物或者含氮前体的甲基异丁烯酸盐的自由基聚合或者通过热化学/光化学起始反应来生成,建造多甲基异丁烯酸盐,(1).建造等规PMMA选择Build
20、菜单Build Polymers 下的 Homopolymer，均聚物对话框出现在 Polymerize 栏单击Library 下拉菜单，找到acrylates。在Repeat Unit 下拉菜单选择 methyl_methacrylate检查Tacticity 下拉菜单，选择等规立构(Isoactic),建造多甲基异丁烯酸盐,接下来在 Chain Length 中输入20在Advanced 栏中，将Torsion 设定为60在软件中设置好全同PMMA 的全部所需参数单击Build 产生一个新Polymethyl_methacrylate.xsd 文档，其中包括了20 元PMMA 聚合分子。按
21、下Sketch 工具栏上的Clean 按钮，将获得更合理的几何结构。需要更进一步的几何优化，使用 Dicover 模块中的能量最小化功能。,建造多甲基异丁烯酸盐,(2).选择并且标记一个单独的重复单元首先需要改变结构的显示风格，将其设定为线状模型。单击 PMMA 分子上的任意一个原子(需要使用Zoom 功能以方便操作)，选中原子以黄色高亮显示。在 3D 视窗上单击鼠标右键，出现快捷菜单，选中Select Repeat Unit methyl_methacrylate选项。单个的甲基异丁烯酸盐分子以黄色高亮显示在 Display Style 对话框的Atom 栏中，选择Ball and Stic
22、k。单个选中的甲基异丁烯酸盐分子以球棍模型显示,建造多甲基异丁烯酸盐,保持单个甲基异丁烯酸分子在选中状态，在空白区域单击右键，选择 Label，标记对话框打开。在Object Type 下拉菜单中，选择Repeat Unit。在Properties 区域，选择Name。在对话框的Font 部分，将字体的大小改变为24，颜色选为Green，然后单击Apply。重复单元的名称被加入到了所选单元上。,建造多甲基异丁烯酸盐,(3).研究结构取消选择在窗口中使用平移、旋转、缩放来研究结构,建造多甲基异丁烯酸盐,8.保存Project 并结束,现在已经产生了第一个 Project 文件在Project Explorer 中单击某一个文件，该文件会在主窗口上打开。该文件在Windows 菜单中选择不同的排列方式，观察并比较不同的文件。从File 菜单中选择Save Project退出 Material Studio，从File 菜单选择Exit。,保存Project 并结束,谢谢,
