《Materialsstudio简单教程.ppt》由会员分享，可在线阅读，更多相关《Materialsstudio简单教程.ppt（21页珍藏版）》请在三一办公上搜索。
1、计算材料学,materials studio,1、创建CH3F分子模型（1）创建新文件在菜单上选择File/New Project，新建文件，设置文件名为LSTQST后单击OK。此时文件名称出现在左侧的Project Explorer 中。,单击工具栏中的 按钮，选择3D Atomistic 然后点击确定。此时文件名称出现在左侧的Project Explorer 中，名称为3D Atomistic.xsd。,（2）设置球棍模型为默认显示方式 从菜单栏中选择 Modify/Default Atom Style，打开 Default Atom Style 对话框。在Display Style中选择
2、Ball and stick。点击 关闭对话框。这样在本project 中，默认显示方式被设置为 ball and stick。,（3）绘制CH3F分子点击工具栏中的，选择C原子，并绘制单个C原子，然后点击，自动添加H原子，然后点击，并选中任意一个H原子，选择Modify/Modify Element/Periodic Table，选择F元素。这样就把选中的H原子换成了F原子，CH3F分子绘制成功。点击，得到合理的初始配置。,（4）文件重命名选中Project Explorer 中的3D Atomistic.xsd，在其上单击鼠标右键，选择Rename，将名称改为methylfluoride，
3、其文件名变为methylfluoride.xsd。,2、模型几何优化计算点击工具栏中的，选择Calculation，在setup选项中，将Task由Energy设置为Geometry Optimization，Quality由Medium设置为Coarse，Function保留系统默认值：LDA 和PWC，然后点击Run。,3、创建反应物和生成物分子模型 双击打开methylfluoride DMol3 GeomOpt文件夹中的methylfluoride.xsd，利用CTRL+A 和CTRL+C全选并复制所有原子。然后右击文件名，选择New/3D Atomistic Document，创建新
4、文件后，CTRL+V 复制所有原子到该文件，并重命名为SN2reactant.xsd。（1）添加第二个F原子 点击 按钮，选择Periodic Table中的F原子，选中已有C原子，添加一个与已有C-F键位置相对的C-F键。然后点击，选择Distance，选中C原子，左键拖拽新添加的F原子，调节C-F键的键长为3。,（2）删除新C-F键 点击 按钮，按住Ctrl键，选中C-F键和标注的键长，然后按Delete键。选择File/Save Project保存文件，然后选择Window/Close All，关闭所有Project Explorer窗口。,（3）创建生成物 跟前面一样，创建新的文件，取
5、名为SN2Product.xsd，然后复制SN2reactant.xsd的模型到该文件。,4、动画演示反应过程 在菜单栏选择Window/Tile Horizontally，把两个分子模型放在同一窗口，旋转两个分子，使没有键结构的两个F原子一个在左边，一个在右边。,（1）反应物、生成物原子匹配 在菜单栏选择Tools/Reaction Preview，打开Reaction Preview 对话框，分别选SN2reactant.xsd 和SN2product.xsd 作为反应物和生成物。点击Match按钮，将反应物和生成物的六个原子的分别相匹配。,（2）参数设置 将Number of frame
6、s 设置为25，勾选Superimpose structures，点击Preview，预览后关闭窗口。,（3）生成动画 点击 按钮，选择Bounce，然后点击 按钮，播放动画，点击，动画停止播放。,选择菜单栏的Build/Bonds，打开对话框，在键和形式中勾选Monitor bonding。然后关闭对话框。,5、使用LST/QST计算分子的过渡状态 点击，选择Calculation，打开对话框，在Setup选项中，Task选TS Search，Functional为默认值，Charge值设为-1；在Electronic选项中，点击More，进入另一个对话框。,在SCF选项中，勾选Use sm
7、earing；在Orbital Cutoff选项中，勾选Custom，设置Global orbital cutoff的值为5.0。然后点击Assign并关闭窗口。,在计算对话框的Properties选项中勾选Frequency，点击Run，开始计算。得到计算结果。,6、振动分析 打开SN2reactant-SN2product DMol3 TS Search文件夹里的SN2reactant-SN2product.xsd 文件，在菜单栏选择Tools/Vibrational Analysis，打开对话框，点击Calculate，开始计算。,选择频率为负数的一行，点击Animation，关闭窗口。
8、此时播放动画，按，停止。然后保存文件，关闭所有Project Explorer窗口。,打开SN2reactant-SN2product.xtd，然后打开DMol3 Calculation对话框，选择Task选项的TS Confirmation；点开More，打开DMo13 TS Confirmation对话框，选择Path quality选项的Coarse并关闭该窗口；在Properties选项中，取消选择Frequency，最后点击Run。,打开SN2reactant-SN2product DMol3 TSConf文件夹中的SN2reactant-SN2product TSConfirmation.xcd文件，保存并关闭所有窗口。,打开SN2reactant-SN2product.xtd 和SN2reactant-SN2product TSConfirmation.xcd 选择则菜单栏的Window/Tile Vertically，把分子结构和计算结果放在同一窗口。,Thank you,
