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1、1,系统发育分析,贾 斌,2,系统发育分析,突变导致进化发生 核苷酸的替代、插入、缺失通过系统发育方法推断或者评估进化和亲缘关系核苷酸序列/氨基酸序列有统一的性状序列蕴含的信息量大便于构建数学模型可以用于计算进化的速率,系统发育分析,3,4,多序列比对通过序列与数据库比对收集同源基因通过文献收集与目标基因相关的同源基因确定取代模型 计算序列之间的分歧碱基之间相互取代模型,序列中不同位点取代的相对速率 p距离模型J-C单参数模型Kimura双参数模型Tajima-Nei模型Tamura三参数模型Tamura-Nei模型 gamma分布的J-C单参数模型，Kimura双参数模型和Tamura-Ne
2、i模型,系统发育分析,分析步骤,5,分析步骤,构建系统发育树：距离法（UPGMA，Neighbor-joining）最大简约法（Maximum Parsimony methods）最大似然法（Maximum Likelihood methods）,系统发育分析,6,分析步骤,系统树的精确性和统计检验检验法（Bootstrap，Jackknife，permutation）参考Treebase网站:http:/,系统发育分析,7,PHYLIP,PHYLIP是目前广泛使用的系统发育程序http:/Washington大学Joe Felsenstein开发可以在Mac,DOS,Unix,VAX/VMS
3、等平台上运行工具包：核苷酸和蛋白质序列数据的分析序列数据转变成距离数据后，对距离数据分析对基因频率和连续的元素分析把序列的每个碱基/氨基酸独立看待（碱基/氨基酸只有0和1的状态）时，对序列进行分析的软件绘制和修改进化树,系统发育分析,8,PHYLIP对核苷酸和蛋白质序列数据构建系统发育树主要工具列表,系统发育分析,9,TreeView:,10,步骤一 用PHYLIP构建系统发育树,首先使用SEQBOOT.EXE工具输入多序列比对文档lesson7.phy,系统发育分析,11,在Random number seed(must be odd)?题示下输入任何4N+1的数字,如101其他选项设置默认
4、，输入Y，回车运算并生成outfile文件,系统发育分析,12,将outfile更名results1后，双击打开PROTDIST.EXE工具,系统发育分析,13,输入results1选择修改M选项，输入100其他设置默认，输入Y，回车计算生成新的outfile文件,系统发育分析,14,将outfile更名results2后，双击打开NEIGHBOR.EXE工具,系统发育分析,15,输入results2修改O选项，输入23选择修改M选项，输入100其他设置默认，输入Y，回车计算生成outfile和treefile文件,系统发育分析,16,outfile,treefile,系统发育分析,17,将treefile更名results3后，双击打开CONSENSE.EXE工具,系统发育分析,18,输入results3修改O选项，输入18默认R选项，构建无根树其他设置默认，输入Y，回车计算生成outfile和treefile文件,系统发育分析,19,使用TreeView打开treefileTreeView,系统发育分析,20,下面我们结合“新疆主要绵羊品种的系统进化分析”课题讲解如何利用PHYLIP软件进行操作和分析。（在软件上实际操作）。,21,Thanks！,
