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用CLUSTAL和MEGA做系统发生树,CLUSTAL能读取的数据格式,把所有的序列放到一个文本文档里，在序列名的前面加上#号,由于测序长短不一，需要选择一个对齐的位点，如上图的62号位点，同样的，末端也需要对齐,684位对齐,在目标序列所在的文件夹会生成两个文件，一个是ALN文件，另一个是dnd文件，以下的步骤我们需要aln文件,打开MEGA 4.1,先将aln文件转化成meg文件，MEGA4才能处理。File Convert To MEGA Format,找到刚才生成的aln文件,有时在转化好的MEGA文件下面会有一些星号，要把这些星号删除掉,保存,我保存到了桌面上,接下来就要做树了，点击左侧的选项,选择蛋白序列还是核酸序列，点击OK,选择是否是蛋白编码序列,选择核酸的类型，点击OK,这个窗口给出了好多这些序列的统计信息。可以看一下，关闭。,如图所示，从上面的选项可以选择自己需要做的树，为什么选择哪种树，要考虑好,双击那些数字就可以编辑，将数字替换成物种的名字,最后将这个图拷贝到剪切板上，可以粘到Word上,粘到Word上的效果图,谢谢！,
