《高斯以及GV的基本操作.ppt》由会员分享，可在线阅读，更多相关《高斯以及GV的基本操作.ppt（34页珍藏版）》请在三一办公上搜索。
1、高斯和高斯view的基本操作,Gaussview的使用必须要进行高斯的安装,高斯的安装直接点击安装程序中的SETUP.EXE，按照操作进行，安装过程中按照要求输入PIN.txt文件中的pin码，然后安装GV，操作不走和高斯雷同。,1、前期的准备：结构优化,1、在Chemdraw里面画好分子，然后copy到Chem3D运用mm2进行初步的优化。将静态位阻能相对较低的构型保存为pdb或者mol格式(mol更好)；,2、Gaussview打开mol文件，保存gjf文件；3、用Editplus软件打开gjf，进行修改并写入结构优化命令,其中注意：1、mol文件保存路径（英文）；2、从单晶gif文件里面
2、copy的结构，注意：双键和氢的数目，检查键角的合理性，并手动完善后，然后保存为gjf的格式。如左上图所示。3、Gaussview打开mol文件，保存gjf文件时，将write cartesians 的()去掉。如左下图所示,Editplus修改命令行,如图所示，1、第一行为chk行，也就是计算中对于分子轨道猜测的文件。书写为：%chk=文件名.chk；2、第二行为并行核的设置，8核写8。，4核写4:%nproc=4;3、第三行为内存的设置：一帮情况下结构优化内存设置大约为50MW到200MW，体系大可以适当增加内存：%mem=400MW；结构优化：内存不大光学性质：内存稍微大点,Editpl
3、us修改命令行,4、第四行为命令行，b97d指的是方法，tzvp指的是基组 opt指的是任务关键字，例如opt表示这个任务为结构优化#b97d/tzvp opt；其中：方法选择：具有弱相互作用选：b97d,D3，M06-2X一般情况下，没有金属选：b3lyp基组选择：（用数学的方式描述分子轨道）具有弱相互作用选：tzvp不具有弱相互作用选：6-31g（d）或6-31g*5、第五行和第七行空置6、文件名5、第八行0表示分子带的电荷，1表示自旋多重度自旋多重度：2s+1原则中性分子（0，1）、阴离子自由基（-2,5）、三线态（3）,Editplus修改命令行注意事项,新建立的gjf文件在最后一般都
4、会有一段参数描述，如果保存为Z矩阵模式则需去掉后面的参数，如上图 为去掉参数后的形式；下图为笛卡尔坐标且未去掉参数的形式，分子结构输入完成后要有1-2个空行,过渡金属配合物的优化,%chk=文件名.chk；%nproc=8;%mem=1000MW（不要超过2000mw机器最高线）#p opt b3lyp/gen（自定义基组）pseudo=read 5d。（坐标）空格一行C H O N 0(零)6-31g*（所有C H O N 都为这个基组计算）*M 0（M金属的元素符号，0-零）lanl2dz（所有的M用lanl2dz 计算）*空格M 0lanl2dz空格,2、前期的准备：自己的电脑与工作站的
5、连接 计算机账户与密码,8核艮泰：,root MSOSIAM iam(常用软件以及计算账户)MSOSMSOSgentai gentaijiewei 未知,4核京峰：,root gmsosGMSOSgmsosxie(常用软件以及计算账户)Jf 未知tai qwerty,常用连接软件XSHELL,XFTP,连接上之后，如果想看工作站正在工作的情况，在命令行中输入：top 后回车在PID USER中看cpu的使用情况,3、开始计算：文件传输,通过Xftp软件将，写好的gjf文件传输到工作的计算机上，如上图。然后在工作计算机上建立在sh文件，可以拖到自己电脑上，通过Editplus软件打开修改，格式为
6、：nohup 文件名.gjf 文件名.log&。然后打开上面菜单栏，红色的Xshell，进入命令输入模式，,任务结束的两个判定标准,Normal！,结构优化的任务中前两个yes，后两个最好有2个yes,4、结构优化可以得到的内容,1：前线分子轨道；2：分子能量；3：电荷与静电势分布,1）、建立f.chk文件,2）、在Gaussview中打开fchk文件计算前线分子轨道,3）、a：在Gaussview中打开f.chk文件看分子能量,3）、b：在EditPlus中打开log文件看分子能量,搜索文本中最后一个能量参数:SCF对应的E即为分子能量，单位：Hartree1 Hartree=27.2114
7、ev=2625.499 62 kJ/mol=627.509469 kcal/mol,4）、在Gaussview中打开f.chk文件看电荷,5、利用结构优化做其他计算,1：将log文件用GV打开保存为gjf文件2：用Editplus软件打开修改命令行3：td 指进行紫外吸收的计算，td opt指进行激发态优化,6、紫外吸收光谱的计算,一、原理：计算激发吸收，即为紫外吸收光谱二、gjf文件的书写在优化结构的gjf文件基础上修改%chk=文件名#opt geom=connectivity b97d tzvp改为#td（root=1，nstart=15）geom=connectivity b97d t
8、zvp其中重金属：nstart=50计算完的log文件绘图三、绘图 1、用GaussSun.exe 软件打开文件名.log文件，选：Electroic transions,UV-visable,然后点击右边的图标，同时会在log文件所在的文件夹，生成GaussSun2.2的文件夹，记载这个谱图的数据。2、将数据导入orgin 8.0中，归一化,将计算激发态的log文件在Gausssun.exe中打开,同时生成一对应文件夹gausssum2.2中有相关的紫外谱图数据,Energy能量,Wavelength波长,Osc.strength振子强度：在给定的谱线内，和一个原子的吸收作用相等效的谐振子的
9、数目表征原子的吸收或发射的重要物理参数。经典电动力学把辐射或吸收的基本单元看作是谐振子。电磁波的发射或吸收是由谐振子作简谐运动引起的。由此可以计算出一个振子的吸收系数。在确定的谱线内通常把一个原子的吸收作用用等效的振子数表达，这个数就叫作振子强度,常用f来表示。fik表示从分立能级i跃迁到k的振子强度。已知振子强度，就可求出原子吸收系数。,另一文件:UVSpectrum.txt拖入origin 软件，作图，归一化。如果直接不行，就先将数据拷贝到EXECL中，在origin 软件。,7、荧光发射光谱的计算,一、原理：将激发态优化后，在到激发态，即为荧光发射光谱二、gjf文件的书写1、优化激发态在
10、激发态的gjf文件基础上修改#td（root=1，nstart=15）geom=connectivity b97d tzvp改为#空格opt td（root=1，nstart=3）geom=connectivity b97d tzvp2、从优化的激发态跃迁到激发态#空格opt td（root=1，nstart=3）geom=connectivity b97d tzvp改为#td（root=1，nstart=15）geom=connectivity b97d tzvp三、绘图 1、用GaussSun.exe 软件打开文件名.log文件，选：Electroic transions,UV-visab
11、le,然后点击右边的图标，同时会在log文件所在的文件夹，生成GaussSun2.2的文件夹，记载这个谱图的数据。2、将数据导入orgin 8.0中，归一化,8、势能面扫描,一、原理 固定分子中的某个参数：如二面角、键角、键长，沿着旋转的过程中能量的变化，找出最稳结构二、计算过程1、修改坐标打开GaussView，点击出现对话框，点击ADD，之后选择旋转的条件:如图：选择bond选择相应的键长选择scan coordinate，多少step，多少步长。2、点击Submit3、results-scan 出现图Save date4、或者将数据导出用orgin8.0作图拟合：Analysis-fitting-polynomial fit-open dial出现对话框 polyorder2（一般）或者4拟合，找出对应的数学公式,常用的一些口令,Xshell中grep“Normal”*.out(看计算的文件是不是正确的)ls*.fchk(查看所有扩展名为fchk的文件)mv*./section1/serial 3(将section1的数据移到serial 3中)mv*.文件扩展名/serial 3(将文件扩展名的数据移到serial 3中)Ctrl+Z（中断当前指令）kill+PID号（结束当前命令）,
