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1、近H.中华结核和呼吸杂志发布成人呼吸系统感染性疾病病原学诊断专家意见3旨在规范标本的采集、储存、运输、检测过程，提高对感染性呼吸道标本检测效率和准确率.同时对各种检验方法的结果判读进行归纳总结，为临床治疗方案的选择提供用助。呼吸系统感染性疾病是由细曲、病毒、支原体、真菌和寄生虫等多种微生物引起的雪染性疾病.是临床常见病和多发病,病情严重程度因致病原、礴染部位、被感染人群以及合并基础疾病的情况不PJ而上现各异.呼吸道病原学检测标本的采集方法呼吸道精原学标本的聚集方法见表k表I呼吸道病原学标本类型及采集方法标本类型采集方法痰液自主咳痰,诱导痰拭子口咽汉子，鼻咽成子保护住毛刷经支气管镜引导下采集经人
2、工之道内吸引收集分澄物经人工气道,在负压吸引装置前连接无曲蜴器,操作前应明诊皴液聚集部位，必要时给予体位引流或物凰喉，以增加标本的采集量支线管肺泡灌洗液根据病变部位选择翩叶段，使用生理盐水在肺段飒段进行灌注并回收，通过细胞计数进行灌洗夜质量控制，回收率应在3o%0陶腔积液细的培养标本量应21m1.,夷菌培养W10m1.,分枝杆菌培养10m1.如送检结核崂T细胞检测（T-SPoT）还需注意添加肝素抗凝组织活性标本可选择电视辅助胸腔镜手术，气管一支气管内超声引导下肺组织或淋巴结活检，经气管搐肺活检术，CT或B超引导下经皮肺穿剌活检术.标本的运送,储存和预处理1.标本的运送和储存原则首先标签应准确.
3、信息完整，贴在容器上，而不是容器装上.不同病区体检测标本的采集和转运原则见表2.表2不同就原体检测标本的灰条、收集和转运原则不同类型标本采集及、保存和转运时间见表3.枝3不同时间标本的采集信、保存和转运时间标本类型标本采集品收集装置、保存温度和转运时间E清学标IOm血液或5m血清蠹分聘凝采血管密闭容器，室温，2h内含EDTA采血管，室温，2h内抗原或抗血液、脑脊液、尿液等（根体板测据实验室的具体要求）核酸扩增10m1.血液或5m1.血浆2m1.病毒转运培养基密闭容器，室温，2h内2.针对不同病原体的检测方法标木采集后应及时诳行桢依控制，合格的标本应尽可能短期内送检。某些特殊病原体标本的转运、保
4、存和检测方法见表4,笈4特殊病原体标本的转运、保存条件及检测方法特殊病质体标本转运条件和标本保存条件性酒方法细菌无前宫器,室温.2h4X.24h革兰染色,定量培养努卡的革兰染色.弱抗酸傩,培养军团前培养,核酸检测，抗原检测无曲宕器,室温，2h4X2,24h氢石化钾压片或荧光臼染色,真由培养曲建风氧化神压片或荧光臼染色,真菌培养，半乳甘露系胭（GM）辎肺泡子ES六胺很染色,核酸检测,抗原检测Rif三那汁染色,奥的培养,P3球葡英膨缈施抗原分枝杆菌无曲容器，室温，2h4*C,24h涂片抗鳏色,培养，核酸精测病看病房转运培养衽.室温，2h4.5d核酸检测,抗原检测,分圈培养寄生虫尢苗宫那,室温,2h
5、4*C,24h百ism检,核酸检测,抗原检测病原特殊结构.英腺Hix荚麻染色.1.off1.er多色业甲监Sftfe除毛银盐染色去，位红染色i去芽抱孔雀绿染色法，石碳酸蕾红染色i去呼吸道精原体检测方法的优缺点不同检验方法的优缺点见表5.表5病像体不同检测方法的优法点合HfS反应(M1.接PCR,mPCR,RTPCR.qPCR)尚中,快速.便直.可a三候阳在率高.WST制可6失效，用于诊所常见和篁些特殊爬条体（如肺瓶子的、囱）使R科等）等温(tS)增技术(1.AMP.NASBA%RPAASDA)快递,金感，将异BHWS,11Wff1.弓的可吐处,用干诊断常见皿当WMWW芯片技术（多病原等温Jrt
6、imsus芯片技术、POg）快速，皱昌,特异，河心率低大部分椀婀在夕地前迸行悍本和通提取，XMPCRUiff未完全实现样品的处理自动化肥向通用引物3PCR和一代为序（如16$.rs）能向NGSSSBffiNGS血清学试9（如联免及和免18层析等精测）触MnII恰唠原体培H5府可隹失效.诊断案幺定的*体,簸以区分司对面口休博组“X2滔症Ieea牛物和由（BarHB，遇序文程检复汆，M11rt三JWMWO三5K.价格mISa1.网.有S哭,oj11三可雒检iWWSM河象,疑以区分定怡处桃胸原0生物SSwJiftftSsSoae?SJKffS三三ttat,价格用贵目财（2-3黯郡器廉君客质:需媲鬻紫
7、初冲河势盛以国分定毗第5!我病C源体生物陪化生物I1.1.iS恃祀体检蹲在百室早期可怅望K阴性.包活时血清特片性抗体检谶和需要采集软性嘛廨爱卿份血清送行检嬲站快速比较冷JB.价格便宜.可里伊份,像法免佼跳的会巨长蜴阳性,受一百诊断熟性黑条索影胴也可能会出现KR出站里；沆除检1附#!不受机体免疫状况影娟,但准确甯姣低快速（敷分龄至效小时）,可通过计11分析际本中?5龄ta主常露耀翳黑一及格E.wa*三wJ露比礴豚体采取特殊枭色迸示$新蛭济,标本官易收票,并可培电9度及恃异度低，无法制非培养病暇体，合体外勒峨试验结里为治疗IS妙病原培养十分耗时，荣投病（Ret生物培葬用婚供自用的优良或无大进行体外
8、培并芸建助激光1；析电a飞行时间段道技术WWSft.培养后怆组快速需要痫源体培芥焙里和已吟呼置日8检消方法优点缺点注：PCR：聚合梅桂式反应：KV-PCR：实时逆转录PCR：mPCR：多重PCR：qPCR：实时荧光定家KR:1.AMP：环引物介导的等温犷增：NASBA：核酸序列扩增：RPA：更组聚合物扩增；SDA；链置换扩增：POCT:即时检裟或床旁检测：TS；内部转录间隔区；NGS：二代测序技术病原检测结果的判读及其临床价值病原学核查结果的判读应该综合考虑患者的年龄、基础挨病、免疫状态、临床特点、病情严at程度以及先期的抗感染治疗等情况。I.直接抗原快速检测胶体金法病毒抗原快速检测方法简便、
9、快速、成本低.病毒抗原快速检测的特异性收好.但存在般密度低、假阴性率较高的何虺.当临床高度怀疑为病毒感染，但病毒快速检测结果为阴性时，应加做病毒核酸悔测，以排杳假阴性。2.血清特异性抗体检测适合在门诊、急诊或基层医院用于病原体的能连.但由于早期阳性率较低.需要采集急性期及恢夏期双份血清进行检冽和效果评价，但体液免我缺陷的患齐可呈假阴性.3,涂片所获取的各种标本均应行病原学涂片检杳。在结果判读时，需要结合患者的格床疥状和影像学表现,排除操作过程或环境污染的可能.BA1.F肉心沉淀后行六胺银染色、抗酸染色和革兰染色可分别用来检测肺泡子菌、分枝杆菌和部分细菌等.肺穿刺标本和胸腔枳液涂片发现物原体对确
10、诊具干jH1.要意义，4.培养在进行俄培养前必须确定是合格痰标本,并排除操作不当或环境污染的情况.定量培养有助于区分致病窗和定植苗.5,核酸分子扩增检测和底因芯片检测核酸分子扩增及等词扩增域因芯片检涮等方法可实现快速分子诊断，所需时间短，但现行核酸分子扩增技术也存在一定的局限性,尤其是难以快速检测和确定多药耐药病原菌的耐药基因突变部分.呼吸系统感染性疾病是由细储、病毒、支原体、真画和寄生虫等多种微生物引起的心鎏性疾病，是临床常见病和多发病，病情严重程度因致病原、落染部位、被感染人群以及合并基础疾病的情况不同而表现各异.近年来布干耐药菌逐渐增多、人11老龄化及免疫缺陷人和数瓜的增加,使得感染性疾
11、病患者日益增多,因病原学诊断延误或无法确诊，临床有时难以实现精准治疗，影晌患者的疗效和预后，决或导致未知病原在易那人群中的传播扩散。另外.经般性抗感染治疗相对盲目，易发生抗储药物不合理使用或滥用,诱发病原前出现时药、广泛耐药甚至全耐药,给治疗造成更大的困难.近年来，除了常规的涂片、病爆培养及胶体金法以外，诂如核酸分子扩增、生物芯片、维因测序和宏班因组测序等新的筑康学检测技术和方法逐渐应用F临床，大大提高了致病原（细薄、病毒和真曲）的检出率。这些检测方法具有高通盘、高敏感度、高特异度的特点，但同时也存在一定的假阳性率.并受操作技术和临床因素的影响,需要对其结果进行谨慎解读.为此，本专家意见编写组
12、在充分复习文觥和国内外相关研究进展的基础上，结合我国目前的实际情况，制定本专写意见，旨在现莅标本的采集、储存、运输及检测过程，提高对整染性呼吸道标本的检测效率和准确率,提而临床医生判读相关检测结果的能力.一、呼吸道病原学检测标本的采集方法病原学检测标本的采集方法可分为非侵入性和侵入性,前者创伤小，患者易于接受，但容易受到上呼吸道定掖带群的污染：后者为有创性操作，从生理状态下”相对无函”的部位取材，对诊断意义更大，其中组织活检标本是诊断肺部感染性疾病的金标准,应根据患者的临床情况选择最有效的采集方法,首先选择非侵入性方法（无创或微创检查,在非侵入性方法不能确诊时，在高度疑诊的情况下选择仔创检查方
13、法.应对标本采集者进行培训，并对所采集的标本进行质状控制，以提高标本的质依，减少黄阳性和假阴性结果,呼吸道病原学标本的采集方法见表1.表1呼吸道病原学标本类型及采集方法标本类型采集方法痰液自主咳极，诱导痰拭子口咽拭子，外咽拭子保护性毛利经支气管镜引导下采集经人工气道内吸引收集分泌物经人工气道.在负压吸引奘置前连接无菌集痍5JS操作前应听诊痍液枳聚部位，必要时给予体位引流和物理排痍,以增加标本的采集后支气管肺泡液洗液根据病变部位选择灌洗叶段,使用生理盐水在肺段或北段进行灌注并回收,通过细胞计数进行灌洗液质状控制，回收率应在30%以上胸腔积液细菌培养标本量应21m1.,其菌培养N1.Om1.分枝杆
14、菌培养NIOmI.如送检结核感染T细胞检测（T-SPOT）还需注意添加肝素抗凝组织活检标本可选样电视辅助胸腔镜手术,气管一支气管内超声引V下肺祖织或淋巴结活检.经气管镜肺活检术.CT或B超引导下经皮肺穿刺活检二、标本的运送、储存与预处理1.标本运送和储存原则：（1）标本标签掂确且申谢单信息完整，应将标签贴在容器上，而非容器萩上；（2）严格无曲操作；（3）尽快送检标本,应在采样后2h内送达实验室,样本Jft少的标本应于3（）min内送检，避免标本干涸：（4）对一些特定的桥原体，应选择合适的方法对标本进行保存和运送，井及时迸行检测。不同病阻体桧树标本的采集和转运原则见表2,不同类型标本聚集状、保存
15、和转运时间见表3我2不同病原体检测标本的采集、收集和转运原则病原标标本及采集方法收集装置、保存温度和转运保则需铜的培组织、体液及灌洗液等无菌容器.室温.立即送检养拭子标本（次选：推荐使用植绒尼龙拭子（采样成大，易洗脱，检出率裔）拭子转运管.室温.2h内厌氧曲培组织、体液及濯洗液等无曲厌氧瓶，室温，立即送检养拭子标本（次选）：推荐使用植绒尼龙拭子（采样量大,容易洗脱.检出率高）厌氧拭子状运管，室温，2h内真窗培养组织、体液及灌洗液等无菌容器，室温.2h内拭子标本（次选,仅适用于醒母菌和浅衣郃位MTB博柒）拭子转运管.室温.2h内病毒培养组织、体液及灌洗液等病毒转运培养丛，冷藏保存，立即送检拭子标
16、本：推荐使用植绒尼龙拭子（采样大，容易洗脱，检出率高）病毒拭子转运管，至温，2h内应遵守国家关于此类标本的采集要求（可参考美国疾病预防控制中心网站:疑似生物恐怖病原体标木表3不同类型标本的采集优、保存和转运时间标本美浜I标本采集量收集装置、保存温度和游运时间血清学标本IOin1.血液或5m1.血血血清分离肢促凝采血管，空温，2h内抗原或抗体检测血液、脑脊液、尿液等（根据实脸室的具体要求）密闭容器，室温，2h内核酸扩墙IOmI血液或Srn1.血浆含EDTA采血管，室制.2h内2m1.病毒转运培养基密闭容器，室温，2h内2.针对不同病原体的检测方法：标本采集后应及时进行质破控制，合格的标本应尽可能
17、短期内送检.在临床工作中，除了常规检骁外，还应结合患者的衲史、临床表现、化骁结果和影像学检森，有针对性地选择合道的检溯方法时某”病原体进行检测o当临床预期和检测结果不相符时，应注意排除标本保存不当和检测方法选择倍误等方面的因素.某些特殊病原体标本的转运、保存和检测方法见表4.表4特殊病原体标本的转运、保存条件及检测方法特殊病J体标本转运条件和时间标本保存条件检测方法细菌无菌容器,室4C,24h革兰染色.定量培养奴温2h革兰染色.弱抗酸染色.培养卡徵军培养，核酸检测，抗晚检测团菌真曲无菌容器.室4C,24h乳氧化钾虚片或荧光白染色，典菌培养曲温，2h乳氧化钾11;片或荧光白染色.亮菌培养，苟半乳
18、甘露蜜期(GM)试验肺六胺银或色，核酸检测，抗原检测胞子菌隐墨汁染色，真菌培养,隐球菌英腰多精抗球原茵分枝杆无阳容器，室4C,24h涂片抗酸染色,培养，核酸检测菌温，2h病毒病毒转运培养4C.5d核酸检测.抗原检测，分禹培养基,室温，2h寄生虫无的容器，空4C,24h直接镜检，核酸检测，抗原检测温，2h病原特殊结构荚I1.iss英原染色，1.OCmCr多色亚甲就染色膜鞭根盐染色法,亚红染色法毛芽孔雀绿染色法，石碳酸蕾红染色法抱三、呼吸道病晚桧测方法的优缺点不同检验方法的优缺点见衣5,在病原体培养和分离之后，时其进行体外药妆试粉有助于进行针对性抗感染治疗.目前测定药物敏感度的方法主要有传统的药敏
19、试验、自动化检测方法和分子生物学方法.传统的药战试验方法是表型体外试验，可直接测显细菌对抗菌药物的敏络度。自动化检测技术是在抗储药物存在的情况下对细苗生长进行光学测定，通依裔，比传统方法更加快速,也可以利用PCR等分子生物学方法宜接对耐药地因进行检测，出于大多数细菌的耐药机制与多种因索相关.其基因型与表R通常并不完全相同.选择抗菌药物需综合分析决策.表5病原体不同检测方法的优缺点检测方法优点缺点聚合的鞋反应简单.快速.便宜,可定量线阳性率高,污染风险高,引物可能直接PCR、mPCR、失效,用于诊断常见和某些特殊病原RT-PCR.qPCR）体（如肺抱子的、非结核分枝杆曲等）等温（恒温）扩增快速,
20、收第.特井线阳性率海，污染风隐诲，引物可能技术（1.AMP、失效，用于诊断常见和某特殊就原NASBA.RPA和体SDA）芯片技术（多病原快速,故感,特异,污染率低,无大部分检测仍相在扩增前进行样本和等温扩增微流控芯需PCR认证速算提取，未完全实现样品前处理自片技术、PoCr等）动化杷向通用引物多重可对病原体按照科、麻、种进引物可能失效,珍断某些特定病原体，KR和一代测序行分类.敏感度高,可定量雄以区分定植微生物和病原微生物.（H6s.ITS）靶测序文阵构建笑条,可诊断某些特定向NGS的病原体，价格品况且耗时，有可能被环境物种污染，难以区分定楂微生物和病原微生物宏基因组NGS不局限于特定病原体,
21、可发现可能存在宿主核酸污染,价格昂贵且新出现的病原体.可茯得整个耗时（2-3d）,仃可能被环境物种污染,她因俎，通过比对有助于发现玳以区分定植微生物和衲晚微生物新型致新病原体血清学试脸（如醉包括耐血清特异性抗体检测血清特异性抗体检测在照染早期可健联免授和免疫层析和快速抗原检测,价格便宜，呈假阴性，需要采集急性期和恢复期等检测）可诊断急性感染双份血清iS行检测和结果评价；体液免疫缺陷会导致假阴性，受一喂因素影响也可能会出现假阳性结果|26）：抗原检测结果不受机体免役状况影响，但掂雨率较低涂片显澈镣检告快速（数分钟至数小时），可敏感度及特异度低，受操作者经会的通过计算分析标本中各种微限制生物的比例
22、.观察有无白细胞吞噬病原微生物的现象,并可依据疑诊病原体采取特殊染色进行诊断病原体培养经济，标本容易收集，并可结敏感度及特异度低，无法检测非培养合体外茹敏试验结果为治疗病原体,某些病原培养十分耗时,某提供有川的信息些病原微生物培养困难或无法进行体外培养携质辅助激光解析敏感股商，培养后检测快速需要病原体培养结果和已知病原体蛋电离-飞行时间质白谱谱技术注：PCR：聚合fi鞋式反应：K1.-PCR:实时逆转录PCR：mPCR：多重PCR：qPCR：实时荧光定fitPCR：1.AMP：环引物介导的等温扩增:NASBA：核酸序列犷增：RPA:联组聚合的技增；SDA：链置换扩增：POCT:即时检验或床旁检
23、测：ITS：内部转录间隔区;NGS：二代测序技术四、病原检测结果的判读及其临床价值病原学检查结果时临床治疗策略的选择具有指导意义，阴性结果有助于判断是否停用抗储药物,病Ki学检杳结果的判读应该综合考虑患者的年龄、丛础疾烧、免控状态、临床特点、病情严重程度以及先期的抗感染治疗等情况.（一）直接抗原快速检测胶体金法病毒抗原快速检冽方法简便、快速、成本低，与实时逆转录PCR比较，流当病而抗原快速检测的敏斯5：为48.9%598%,特异度为99.2%99.7%;呼吸道合脆病毒抗原快速检测的敢感度为90%,特异度为98.8%.提示杨意抗原快速检测的特异性较好，似存在敏感度低、假阴性率较高的何起,这与鼻咽
24、拭子标本病毒含量不稳定以及肢体金方法的敏感度较低有关.故当临床高度怀疑为病毒感染,但病毒快速检测结果为阴性时，应加做病毒核酸检测，以排杳假阴性.除病毒外，抗脂快速检测还可用对立曲抗原（1.3-B-D劭聚第试验、半乳甘露鬃制试脸八细菌抗原（,尿腓炎琏球菌抗原）和非典型致病原抗原（尿唔肺军团菌抗原）等的检测.和抗体检测不同，抗原检测不受机体免疫状态的影响,但可能与药物和治疗方案有关，出现假阳性和假阴性结果，在临床工作中应结合弟者的实际情况进行仔细分析。（二）血清特异性抗体检*J某些致病的病原体在培养时所需条件高,生长周期长,阳性检出率低,检测特异性抗体在一定程度上可弥补这些不足.流感病毒、腺病毒、
25、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、唔肺军团像、肺炎支原体、肺炎衣原体和结核分枝杆的等病原体均有商用的抗体检测试剂禽，对新可冠状衲中肺炎患者的枕测也发现.在礴啜腐Sd即UJ馀测到病尚特异性Ig1.,IgGH体滴度在恢更期较急性期有4倍以上升高.检测这些病原抗体具有速度快、特异度较高的特点，适合在门诊、急诊或基层医院用于病原体的筛查.但由于早期阳性率较低,衢要果集急性期及恢发期双份血清进行检测和效果评价，但体液免疫缺陷的患者可呈假阴性。（三）涂片所获取的各种标本均应行病原学涂片检查.非但人性检查获得的标本必球为合格标本.不合格标本常存在上呼吸道定根幽污染.在结果判读时，需要结合患者的临床症状和影像学衣现
26、，排除操作过程或环境污染的可能，BA1.F离心沉淀后行六胺银染色、抗酸染色和革兰染色可分别用来检测肺胞子弟、分枝杆胸和部分细曲等。肺穿剌标本和胸腔枳液涂片发现病原体对确诊具有理要意义.1.细菌：（1合格下呼吸道标本镜检可见典型革兰阳性柳叶刀样双球微，如果好个油镜视野中肿炎链球僧超过IO个府诊断有参考意义：分离到支气管炎博弊特曲、土拉热弗朗西斯曲、鼠疫耶尔森菌、炭疽芽胞杆菌可以作为确诊依据：（2）经，管导管吸引分泌物涂片米兰染色，若每个高倍镜视野检出2%以上白细胞有微生物吞噬现象，财病原学诊断有参考价值，可作为初始羟验性抗憎染治疗的依据；（3）合格卜呼吸遒标本涂片境检与培养结果一致（如肺炎链球曲
27、、流珞嗜血杆阳卡他莫拉曲等）对诊断有重要参考意义：（4）的抗酸染色有助于奴卡衡的快速诊断.2 .分枝杆由：姨涂片氐尼抗酸染色和荧光染色法是诊断开放性肺结核的主要手段，但涂片镀检所见的抗酸杆菌并不能区别结核分枝杆菌和非结核分枝杆菌.荧光涂片饿检的敏感度高于箕-尼染色.3 .真端呼吸道标本涂片发现口曲胞子或茵丝时，应结合患者的临床特征、基础疾病.免疫状态及其他标本病原学检查结果综合判断是定植还是感染.念珠菌是口腔常见的定植菌.涂片发观念珠苗假衡丝和出芽抱广时应排除口腔时部定植或感染.呼吸道标本发现的传读毛奇丝时临床点义较大，合格痰标本、气管内吸引物、BA1.F或刷检标本镜悔发现较为特异的曲丝可作为
28、诊断触曲毒病、毛毒精的微生物学依据，但涂片阳性率远低于培养阳性率,检测肺饱子菌最常用的是六胺根染色和免发荧光染色法,BA1.F或诱导疲情检发现病原体可作为肺泡子曲帏炎的确诊依据.黏蛋白卡红染色可用于发现障球菌,但不能作为隐环菌肺炎的诊断依据.下呼吸道标本涂片相差显微镜镜检是诊断皮炎芽生菌肺炎、祖球他子菌肺炎、新型总理情肺炎及曲霹肺炎的重要手段之一。总之，相对其曲培养而言，涂片检查是对口曲停染的快速、初步.有效的诊断方法4 .寄生虫:涂片镜检发现寄生虫虫体、虫卵、滋养体、包囊或卵囊可作为确诊依据,直接涂片镜检可发现井殖吸虫虫卵、阿米巴原虫滋养体，古姆萨染色可发现刚地弓形虫滋养体或包囊,改良抗酸染
29、色可发现隐他子虫卵囊.改良三色染色法可发现比氏微饱子虫.g培养在进行疲培养前必须确定是合格族标本，并持除操作不当或环境污染的情况，定域培养有助于区分致病前和定植防。1 .细菌：（I）城定戊培养的细菌浓度5U07cfum1.,经气管内吸取物细衡培养浓度5J05cfum1.,B1.F培养细苗浓度6104CfHnI1.或保护性毛刷标本细南培养浓度IOXfWmI时，较衲雨的Ur能性较大；（2）胸腔积液、肺活检标本培养到病原桶.下呼吸道标本培养出支气管炎博德特菌、士拉热弗朗西斯菌、鼠及耶尔森的、炭疸芽胞杆曲可作为确诊依据，2 .分枝杆由：培养结果可鉴别结核分枝杆曲和非结核分枝杆胸，并有利于体外药敏试脸,
30、但结核分技杆菌培养耗时长、操作夏杂,对实物室生物安全要求较高,应结合核酸检测如GencXpcrt检测结果进行判断.3 .非典型病鼠体:下呼吸道标本分肉培养阳性可以确诊，但耗时长，阳性率偏低，通常通过血清特异性抗体核酸检测等方法诊断.4 .呼吸道病毒：标本进行细胞培养时出现细咆粉变效应或培养细胞表面出现血细胞凝集抗原提示病毒阳性，但因其培养耗时长，阳性率偏低，不建议常规应用，多通过血清特异性抗体、核酸检刈等方法诊断.5,真菌：肺殂织活检标本培养阳性是诊断出的博柒的武要依据，但应注意排除污染的可能，即使是卜呼吸遒分泌物、BA1.F也需除外定植或污染.我培养念珠赭阳性难以区分定植或落染.临床意义有限
31、.即使保护毛刷标本培养阳性也不能作为诊断但袭性肺念珠菌病的依据,但如果痰、送导痰或BA1.F标本镜检时发现大JAH1.芽菌体和包珠衡菌丝,提示念珠函处于快速攀柏期，具有一定的临床指导懑义.痍标木培养连续2次分离到同种西奇及BA1.F单次培养阳性可作为诊断肺曲毒病的微生物学依据。隐球薄培养阳性UJ以作为诊断的重要参考依据，由于新里睨球菌可以寄生于他康人群.应结合临床具体情况判断是否为感染,对人免疫缺陷综合征或其他免投抑制患齐仃参考许伯.目前肺组织胞波菌病确诊标准应为组织学和微生物学检杳同时发现该曲，临床标本分离培养出马尔尼菲音毒是诊断该病的佥标准。（K）核酸分子扩熠拉测和基因芯片检测与传统方法相
32、比较,核酸分子扩增和基因芯片检测具有以下优势：（1）方法简单、快速、高效，敏适度和特异度均较高，能为临床另期诊断提供依据，尤其时一些需要长时间培养（如结核分枝杆菌）或无法体外培养（如病毒的精原体，更适台枭用分子诊断技术进行检测，在新近发生的新型冠状病毒肝炎疫情中，实时荧光RT-PCR检测新型冠状病毒核酸阳性已经作为确诊病例的病原学诊断标准之一.（2）目前的分子诊断技术可以一-次性检测多种病原体,有助于快速筛式病原.（3）目前研发的耐药葩因检测有助于制定临床决策。但分子检测技术也存在不足：（1）多重PCR使用多对弓I物同时扩增时.可能出现引物间相互干扰.影响其敬感度和特弁度,造成假阴性或假阳性：
33、（2）核酸检测阳性结果需结合临床实际怡况，分析究竟是定植的还是致病甫.目前，我国自主研发的环引物介导的等温扩增微流控芯片体系，有机结合了核酸分子扩增和基因芯片技术,应用加样后自动封闭式的独立分隔多重扩增,在提拓诊断率的同时,降低和避免了常规核酸犷增引起污染的可能，现已广泛应用于临床病原的检测.（六）16SrRNA明因测序和宏葩因殂测序与核酸检测相似，16SrRNA泅弃和宏基因抗测序检测呼吸遒感染病原的敢厚度符，其中16SrRNA测序可同时半定量检测样本中所有细菌的16SrRNA基因：宏基因组技术可对样本中所有微生物的全基因序列进行测序，可以更准确地鉴定到细菌、真菌、病毒等各种病原体的种水平，如
34、对耐药法因、毒力范因的检测可指导临床选择合适的抗赂染药物，同时在外发流行分析和监测、医院序染控制和少见、新病原签定方面具有突出优势，也可用于呼吸道细的群落的多样性及构成分析.从方法学上看，SSrRNA仅可用于检测和鉴定细菌,宏基因组测序虽然可无偿性范靛几乎所有病原体细菌、直苗、病毒、寄生虫等，但仍有一定缺陷，如胞内曲博染（如站核分枝杆曲）因痂原体或其核酸料放到体液中的含法较低，可能存段检测敏呼度偏低；某咚真菌的细胞壁较厚.破壁困难导致敏感度下降：RNA容易降解.RNA转录组测序要求行较鬲的丰度，故RNA病毒检测放学度相对较低，此外，各类呼吸道标本的前处理、测序方法学和生物信息分析与计算尚无统标
35、Hh不同公司之间的测序结果可能存在定的差界，需要审世地解读宏基因组溯序结果，序列数高并不一定是致稠娱，数目低也并非一定不是致病原.受标本中病原体数量、核酸提取址和测序数据加、标本中人源序列丰度等因素的影响，不同的病原体的序列数不同，衢结合标本来源、临床特征和当地流行病学特点综合评估检出病原体的临床意义，判断其是否为致病原。对2019年底发现的新型冠状粉毒，宏茶因组ifI序不但首先提示出新型病毒致痛原的信息，同时作为确诊标准之一,在疾病的诊断中起到了重要的作用,而且通过遗传学特征分析,对阐述病毒的作用机制也有一定意义.综上所述，病原学检测方法中，实验室培养结果时间较长，无法作为初始治疗的药物选样
36、依据,抗原抗体快速检测对病原的敢第度和特异度较差，在临床上多用于衲原体筛汽。核酸分子犷埴及等温扩增是因芯片检测等方法可实现快速分子诊断，所需时间短,但现有核酸分子扩增技术也存在定的局限性尤其是难以快速检测和确定多药耐药病原菌的耐药基因突变部分.如果说讣能铭执行多个单期核酸分子扩增域结合终点微阵列的流体系统，员增强了而通玳，但却以失去实时检测和此化为代价，并增加了耗材和仪器的视杂性和成本，使用；代测序（nex1.gcnera1.ionscqucncing.NGS）签定多耐药病原体，可以全面识别运行数十种病原体的完粘基因组,但因其红杂的工作流程,周期较长（1.2h）.不适合病原体的快速分子诊断.多
37、通道核酸分子旷增和半导体生物芯片能在单个样M中快速扩增、检测和定录数百种病原体的DNA或RNA序列，依测个样本约?52h,对病原体的检测诊断时间，在Smin内的临床价值最高,Ih内的临床价值适中,超过Ih的临床价值则会逐渐降低。因此.在临床工作中吆偌更快速(1.h),更灵敏的检测体系，简单、快速、高敏、特异的高通盘定性或定量检测方法,珞具书广阔的应用前块.附成人呼吸道感染病原诊断核酸检测技术临床应用专家共识近年来分子诊断技术日新月异，呼吸遒感染疾就诊断能力在多种分子检测技术的创新应用下得到大帽提高,尤其后疫情时代,如何应用好现存的分子诊断设备.如何在具体临床场景下正确选择适宜的技术,烝商相应的
38、专家共识指导临床应用.此次发布的成人专家共识对不同分子诊断技术的特点和适用范用，以及该类技术在不同类型成人呼吸道感染疾病中的应用策略给出了明确推荐意见，以期更好地指导临床实践,有效助力百千万工程项目核酸检测能力建设和我国基层诊疗能力的提升.一、专家共识核心意见汇总成人专家共识主体内容主要包括两大部分，包括呼吸道病原体核酸依冽方法与呼吸道心染病原体临床诊断，该共识纳入国内外55篇相关文献并经过多轮撰写修订和讨论，呆终形成了基于核酸检测技术和临床应用场景的15条核心专家意见(表I).aI(AMtaN*tt*uamt*Mt*XiRMrntmtMra*M*nma.IZi1.rn仆大1.9war*MM7
39、E1.7rf1.4fe0*KmBW.&v11aa、rt.“XWtXftttM0.*UA4.*Vw*4war*bmahak.霞博.wtf.MM*MM.MWMKJIOMMW,IVAftaKJIMXHttftBA*.tM*CMavAamttuamtffmMat*(HMMMttK*4nNftSCmtttfttK*nfiNaMMaoM*nftRttM.u*Amvassc*ICM便OfMI奏I/*A夏fmioci，上.#vwdRiBewfIViBiiattH.,*trrVK.GA*MIKMAAX1.1.Swg1.0f1.H氏fTXW.ShUtMftIMuUMWft*ntnnt舄KU,r-3t.仅VH，士.
40、ftNBZWMMA*H*MMKtt11aM.t*MINtt1.B.、*1*KJ1.HttKffBHB力11包SSttMfM*te11a*AMMfirmMitttRAttIiMiMa”4VtUMIMVtIIeMftmnA,曹vh-Wj&v(RsimoemA.KMrVKCSVV1.MtrMHMRtMM0MW*I1.MKhaax*wuiw噩a-mSSHWB1.堂MK7E方仃*!M1.aa*aICKR1.it.“M.01在核心专家意见中.明确了PCR核酸检测方法不同技术方案在不同应川场景的推荐应用.并指出对于急性上呼吸道感染高危人利.尤其是在流感病毒、新型冠状病毒等流行季节及高风险区域，枭用实时荧光P
41、CR、核酸即时检测等技术可以实现发热门诊、门急诊人群的呼吸道病原体的肺杳，有利于精原体的早期诊断，对于存在住院风险的高危人群及社区获得性肺炎患者,可采用多靶标病原体核酸检测技术明确病原.可缩短抗生素使用时间和患者住院时间.:、呼吸道病原体核酸依测方法部分技术部分涉及了实时荧光PCR技术、等温扩增技术、数字PCR技术、核酸即时检测技术.高通量测序技术等多种技术方法,对其临床应用场景、技术特点、性能验证要求等进行了详细介绍，并对我优劣势进行了说明.其中实时荧光PCR技术是通过实时采集荧光伯号对核酸进行定盘的常用试蛤方法，主要适用于门急诊、住院患者和大人群筛食，主要用于毋咽拭子、狭和支气管肺泡淋洗液
42、等样本，己有单靶标和多靶标检测试剂可用，特点是灵敏度和特异度好,但特异性引物探针的成本和对仪器的要求较高.核酸即时检测为POCT技术，将核酸的提取、扩增、检刈均置于一个反应装置中完成，主要以全自动时闭管理系统为主。主要适用于发热门诊、急诊、ICU和某些特定胡区整染如者的福原体快速检测，呼吸道病原体核酸POCT衢要对检测病原的生物安全进行评估。其特点是核酸PoCT的灵敏度和特异度高于免理学PoeT.但通成较低,不适用于大人群筛查.M2JaWSRMMHKftMf应川aMMRtw*tte.太aW“rm：Mh学KR1.In*.MMftn.”M.It-It%g1.tN,30)r4k*MB.9SMVMTA
43、T1Rs1.9k“4,9.#.V。亶MA铮1*.*:IO，石Itft-I1.M.hKy1.TA1.HB.kMWtMM工Me网呼修；at-AtC*M1JB*K4.MICttM.3ra*1.W1nt-34bna.IBn*.M.M1.汉彳aM4,三、呼吸道感杂病原体临床诊断根据临床特定场景涉及了急性上呼吸道路染、气管支气管炎、肺炎、慢性阻塞性肺疾病急性加重、肺结核及结核胺膜炎、免疫功能受损人群的呼吸道感染等多种常见临床呼吸道厚染.对这些病症的临床表现、病原特点、检测指征、标本与技术方法、检测方案策略等进行了详细阐述,强调了各种临床病症血根据具体情况采用最适宜的检测方法从而达到最佳诊断目标。针对急性上呼吸道感染；需根据疾精流行情况、患者病情严重程度、症状持续时间、合并症情况等,决定是否对疑似急性上呼吸道感染的上述患者进行检测.如新型冠状病毒肺炎或流弊大流行期间，快速分子检测有助于预检分诊、缩短就诊时间、减少传桀病传播风险：当患者免疫功能产虫受损，I可时疑似流感样正状时，或者呼吸道病毒检测可能会影响医生抗病毒药物或停用抗生素的决定时，需要对呼吸道病毒进行检测。此外，快速的结果反馈（如2h内即出结
