生物技术在作物育种中的利用 分子标记辅助选择育种ppt课件.ppt

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1、第十四章 分子标记与作物育种,绪,分子标记辅助选择(MAS)的主要进展 1.基因聚合(gene pyramiding)2.基因转移(gene transfer)3.数量性状的 MAS,第一节.分子标记的类型和作用原理,遗传标记(genetic marker):指可追踪染色体、染色体某一节段、某个基因座在家系中传递的任何一种遗传特性。它具有两个基本特征,即可遗传性和可识别性;因此生物的任何有差异表型的基因突变型均可作为遗传标记。,遗传标记的类型,形态学标记(morphological marker)细胞学标记(cytological marker)生化标记(biochemical marker)

2、分子标记(molecular marker):DNA分子遗传标记,或DNA标记。,即植物的外部形态特征。主要包括肉眼可见的外部特征,如:矮秆、紫鞘、卷叶等;也包括色素、生理特性、生殖特性、抗病虫性等有关的一些特性。优点:形态标记简单直观、经济方便;缺点:(1)数量在多数植物中是很有限的;(2)且多态性较差,表现易受环境影响,(3)有一些标记与不良性状连锁。(4)形态标记的获得需要通过诱变、分离纯合的过程,周期较长。因此形态标记在作物遗传育种中的作用是有限的。,形态标记,即植物细胞染色体的变异:包括染色体核型(染色体数目、结构、随体有无、着丝粒位置等)和带型(C带、N带、G带等)的变化。与形态标

3、记相比,细胞学标记的优点是能进行一些重要基因的染色体或染色体区域定位。但细胞学标记材料需要花费较大的人力和较长时间来培育,难度很大;同时某些物种对染色体变异反应敏感;还有些变异难以用细胞学方法进行检测。因此到目前为止,真正应用于作物遗传育种研究中的细胞学标记还很少。,细胞学标记,主要包括同工酶和等位酶标记。同工酶是:指结构不同、功能相似的酶,也即具有同一底物专一性的不同分子形式的酶。属于一个以上基因座位编码的酶的不同形式;而等位酶是指由一个基因座位的不同等位基因编码的酶的不同分子形式。分析方法是从植物组织的蛋白粗提物中通过电泳和组织化学染色法将酶的多种形式转变成肉眼可辩的酶谱带型。,生化标记,

4、与形态标记、细胞学标记相比,生化标记具两个方面的优点:一是表现近中性,对植物经济性状一般没有大的不良影响;二是直接反映了基因产物差异,受环境影响较小。但目前可使用的生化标记数量还相当有限,且有些酶的染色方法和电泳技术有一定难度,因此其实际应用受到一定限制。,一、分子标记标记的类型和特点,目前的分子标记类型,第一类是以分子杂交为核心的分子标记技术,包括RFLP、DNA指纹技术(DNA Fingerprinting)等;第二类是以PCR为核心的分子标记技术,包括RAPD、简单序列重复标记SSR、序标位STS、序列特征化扩增区域SCAR等;第三类是一些新型的分子标记,如:SNP标记、表达序列标签ES

5、T标记等。,分子标记的特点:(1)直接以DNA的形式表现,表现稳定(2)数量多(3)多态性高(4)表现为中性,不影响目标性状的表达;(5)许多标记表现为共显性的特点,能区别 纯合体和杂合体。(6)成本不太高,二、分子标记的原理和遗传特性,(一)RFLP标记1.RFLP标记的原理 植物基因组DNA上的碱基替换、插入、缺失或重复等,造成某种限制性内切酶酶切位点的增加或丧失,从而产生限制性片断长度多态性。,基本步骤,用DNA限制性内切酶消化,Southern杂交,放射性自显影或酶学检测,DNA提取,凝胶电泳分离,转移到滤膜上,2)特点A 无表型效应,RFLP标记的检测不受环境条件和发育阶段的影响。B

6、 RFLP标记在等位基因之间是共显性的,因此在配制杂交组合时不受杂交方式的影响。C 在非等位的RFLP标记之间不存在上位效应,因而互不干扰D RFLP标记起源于基因组DNA的自身变异,在数量上几乎不受限制E DNA需要量大,检测技术繁杂,难以用于大规模的育种实践中。在植物分子标记辅助育种中需要将RFLP转换成以PCR为基础的标记。,PCR-based markers,PCR:polymerase chain reaction(多聚酶链式反应)amplification of tracts of DNA definedby border sequences that hybridize tose

7、lected DNA polymerase primers,Requires:-target DNA-thermostable DNA polymerase(Taq)-oligonucleotide primer(s)(7-30nt)-dNTPs+Mg+,(二)RAPD标记,1.RAPD标记原理,RAPD标记的主要特点有:(1)不需DNA探针,设计引物也无须知道序列信息;(2)显性遗传(极少数共显性),不能鉴别杂合子和纯合子;(3)技术简便,不涉及分子杂交和放射性自显影等技术;(4)DNA样品需要量少,引物价格便宜,成本较低;(5)实验重复性较差,结果可靠性较低。,(三)AFLP,1.原理,S

8、ILVER-STAINING,Chemiluminescence Labeled,Isotope(P33/P32)Labeled,Fluorescence labeled,SILVER-STAINING,Chemiluminescence Labeled,2.AFLP标记的主要特点有:(1)由于AFLP分析可以采用的限制性内切酶及选择性碱基种类、数目很多,所以该技术所产生的标记数目是无限多的;(2)典型的AFLP分析,每次反应产物的谱带在50-100条之间,所以一次分析可以同时检测到多个座位,且多态性极高;(3)表现共显性,呈典型孟德尔式遗传;(4)分辩率高,结果可靠;(5)目前该技术受专利保

9、护,用于分析的试剂盒昂贵,实验条件要求较高。但也存在假阳性带出现频繁、技术复杂、成本高等缺点。,(四)SSR,1.原理,(四)SSR 1987年Nakamura发现生物基因组内有一种短的重复次数不同的核心序列,它们在生物体内多态性水平极高,一般称为可变数目串联重复序列,简称VNTR(variable number tandem repeat)。VNTR标记包括小卫星(minisatellites)和微卫星(microsatellites)标记两种。,微卫星标记即SSR标记,是一类由1-6个碱基组成的基序(motif)串联重复而成的DNA序列,其长度一般较短,广泛分布于基因组的不同位置。如(CA

10、)n,(AT)n,(GGC)n、(GATA)n等重复,其中n代表重复次数,其大小在10-60之间。这类序列的重复长度具有高度变异性。,对SSR的研究最早始于动物基因组,特别是人类和哺乳动物基因组的研究。目前植物SSR研究也非常活跃。,根据基因数据库检索及基因文库杂交筛选,已明确在植物核基因组中,各种SSR数量从大到小依次为:(AT)n、An、Tn、(AG)n、(CT)n、(AAT)n、(ATT)n、(GTT)n、(AGC)n、(GCT)n、(AAG)n、(CTT)n、(AATT)n、(TTAA)n、(AAAT)n、(ATTT)n、(AC)n、(GT)n等。,1、SSR标记的原理 尽管微卫星DN

11、A分布于整个基因组的不同位置上,但其两端的序列多是相对保守的单拷贝序列。根据微卫星DNA两端的单拷贝序列设计一对特异引物,利用PCR技术,扩增每个位点的微卫星DNA序列,通过电泳分析核心序列的长度多态性。,一般地,同一类微卫星DNA可分布于整个基因组的不同位置上,通过其重复次数的不同以及重叠程度的不完全而造成每个座位的多态性。SSR标记多态性丰富,重复性好,其标记呈共显性,分散分布于基因组中。,建立SSR标记必须克隆足够数量的SSR并进行测序,设计相应的PCR引物。其一般程序如下:,建立基因组DNA的质粒文库;根据欲得到的SSR类型设计并合成寡聚核苷酸探针,通过菌落杂交筛选所需重组克隆。如欲得

12、到(AT)n/(TA)n SSR,则可合成G(AT)n作探针,通过菌落原位杂交从文库中筛选阳性克隆;,对阳性克隆DNA插入序列测序;根据SSR两侧序列设计并合成引物;以待研究的植物DNA为模板,用合成的引物进行PCR扩增反应;高浓度琼脂糖凝胶、非变性或变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测其多态性。,目前,SSR标记技术已被广泛用于遗传图谱构建,品种指纹图谱绘制及品种纯度检测以及目标性状基因标记等领域。特别在人类和哺乳动物的分子连锁图谱中,已成为取代RFLP标记的第二代分子标记。,SSR标记的主要特点有:(1)数量丰富,广泛分布于整个基因(2)具有较多的等位性变异;(3)共显性标记,可鉴别出杂合子和纯合子

13、;(4)实验重复性好,结果可靠;(5)由于创建新的标记时需知道重复序列两端的序列信息,因此其开发有一定困难,费用也较高。,SNP Markers,几种主要的分子标记,表 主要分子标记产生体系及特点-比较内容 RFLP RAPD AFLP SSR ISSR SCAR STS CAPS-主要原理 限制酶切 随机PCR扩增 限制性酶切 PCR扩增 随机PCR扩增 特异PCR扩增 特异PCR扩增 PCR扩增产物 southern 杂交 结合PCR扩增 限制性酶切-探针或引 特定序列 9-10bp 由核心序列酶切 特异引物 以2-、3-、4-RAPD特征带 RFLP探针序列 特异引物,物来源 DNA探针

14、 随机引物 位点及选择性碱基 核苷酸为基元的 测序设计的 Alu-因子、YAC、组成的特定引物 不同重复次数作为引物 特异引物 Cosmid插入末端 序列设计引物-基因组中丰富度 中等 很高 高 高 高 中等(?)中等 中等(?)多态性水平 中等 较高 非常高 高 高 中等检测基因组区域 单/低 整个 整个 重复 重复序列间隔 整个 单拷贝区 整个 拷贝区 基因组 基因组 序列 的单拷贝区 基因组 基因组-可检测座位数 1-4 1-10 20-100 1-5 0-50或更多 1 1 1可靠性 高 中 高 高 高 高 高 高遗传特性 共显性 显性/共显性 共显性/显性 共显性 显性/共显性 共显

15、性 显性/共显性 共显性DNA质量要求 高5-10g 中10-100 g 很高50-100g 中10-100g 中2-50 g 中5-10 g 高50-100 g 需否序列信息 否 否 否 需 否 需 需 需-放射性 通常是 不是 通常是 不是 不是 不是 不是 不是实际周期 长 短 较长 短 短 短 短 短发展成本 高 低 高 高 低 高 高 高-,分子标记的遗传基础,标记辅助选择的主要方面是对目标基因的选择,有人称之为前景选择(foreground selection)。前景选择的可靠性主要取决于标记与目标基因间连锁的紧密程度。若只用一个标记对目标基因进行选择,则标记与目标基因间的连锁必须

16、非常紧密,才能够达到较高的正确率。,供体,受体,RR Rr rr(1-r)2 2r(1-r)r2,MR,mr,MR,mr,目标基因与DNA标记间的遗传距离位p,亲本中DNA标记的带型,F1杂种中DNA标记的带型,在F2分离群体中分子标记类型即MM,Mm,mm,MM类型的分子标记所代表的目标基因型及其频率,利用MAS的遗传基础(以RFLP为例),M抗性标记 R抗性基因m感病标记 r感病基因,选择的正确率随重组率的增加而迅速下降。重组值越小,其错选率越低。,如果要求至少选到一株目标基因型的概率为P,则必须选择具有标记基因型MM的植株至少为:nlog(1-P)/log(1-p)式中p(1r)2,对基

17、因组中其他部分(即遗传背景)选择,称为背景选择(background selections)。背景选择的对象几乎包括了整个基因组,因此,这里牵涉到一个全基因组选择的问题,在分离群体中,由于在上一代形成配子时同源染色体之间会发生交换,因此每条染色体都可能是由双亲染色体重新组装的杂合体。,分子标记的优越性,1.克服性状表现型鉴定的困难2.允许早期选择3.控制单一性状的多个(等位)基因的利用4.允许同时选择多个性状5.可进行性状非破坏性评价和选择6.从育种进程考虑,可加快育种进程,提高育种效率,三.分子标记辅助选择应具备的主要条件,A:与目标基因紧密连锁的分子标记,B:简便快捷的标记检测方法,How

18、 to use a genetic marker for marker-assisted selection,Weaver Carrier Sire,+,W,W,+,+,+,M1,M2,M1,M2,M3,M3,W=Weaver+=Normal,目标基因的标记筛选(gene tagging)是进行分子标记辅助选择(MAS)育种的基础。用于MAS育种的分子标记须具备三个条件:,分子标记与目标基因紧密连锁标记实用性强,重复性好,而且能够经济简便地检测大量个体。不同遗传背景选择有效。,第二节 重要农艺性状基因连锁标记的筛选技术,一、遗传图谱的构建与重要农艺性状基因的标记 遗传作图的原理 其原理是基于染

19、色体的交换与重组。在细胞减数分裂时,非同源染色体上的基因相互独立,自由组合,而位于同源染色体上的连锁基因在减数分裂前期I非姊妹染色单体间的交换而发生基因重组,用重组率来表示基因间的遗传距离。遗传图谱只显示基因间在染色体上的位置,并不反映DNA的实际长度。,构建遗传图谱的主要环节:根据遗传材料之间的多态性确定亲本组合,建立作图群体。对群体中不同植株的标记进行基因型分析。借助计算机程序构建连锁群,构建遗传图谱,首先要选择合适的亲本及分离群体,而且亲本之间的差异不宜过大,否则会降低所建图谱的准确度和适用性。,用于分子标记的遗传作图可分为两类:暂时性分离群体,包括F2群体、BC等 永久性分离群体,包括

20、重组自交系群体、加倍单倍体群体等,自花授粉作物作图群体的构建方法,P1P2,F1,F2,F3,F4,F1,B1:BC1,F1P1,F1P1,F1P1,B2:BC2,DHL,异花授粉作物作图群体的构建方法,ABCDEfG,AbcdEfg,AbCDEfG,aBCdefg,杂合F1,对B、D、G位点来说,相当于F2对A、C、E位点来说,相当于测交F位点不分离,不同作物群体的特点,二、近等基因系的培育与重要农艺性状基因的标记,http:linkage.rockefeller.edu/soft/list/html,三、群体分离分析法与重要农艺性状基因的标记,R/R,r/r,R,r,P:,F2:,F1:,

21、四、数量性状基因的定位,四.影响分子标记辅助选择(MAS)的因素,大量理论和实践研究表明,影响 MAS 选择效率的因素非常复杂,其中标记与基因(QTL)之间的距离、目标性状的遗传率、群体大小和性质、选用分子标记数目以及标记与基因(QTL)的连锁相等是重要因子。,1 标记与连锁基因(QTL)间的连锁程度 前景选择的准确性主要取决于标记与目标基因的连锁强度,标记与基因连锁得愈紧密,依据标记进行选择的可靠性就愈高。此外,重组值r也影响到由该标记位点等位基因分离产生遗传方差的大小r值越小,遗传方差越大,数量性状的选择效率越高。,2 性状的遗传率,性状的遗传率极大地影响MAS选择效率。遗传率较高的性状,

22、根据表型就可较有把握地对其实施选择,此时分子标记提供信息量较少,MAS效率随性状遗传率增加而显著降低。利用MAS技术所选性状的遗传率应在中度(0.30.4)会更好。,3 群体大小和性质,群体大小是制约MAS选择效率的重要因素之一。一般情况下,MAS群体大小不应小于200个。选择效率随着群体增加而加大,特别是在低世代,群体连锁不平衡性越大,MAS效率就越高。由两个自交系杂交产生的F2群体,其连锁不平衡性往往最大,因而其MAS效率也较高。,4 选用分子标记数目和类型,理论上标记数越多,从中筛选出对目标性状有显著效应的标机会就越大,因而应有利于MAS。计算机模拟研究表明当每条染色体上标记数增加到6个

23、以上时效率降低,最优距离为20cM。,沈新莲等用2个RAPD标记和1个SSR标记进行棉花纤维强度QTL辅助选择,比较显性标记和共显性标记之间纯合基因型和杂合基因型之间选择差异后,认为共显性 SSR标记(可有效地剔除杂合基因型)对以加性/隐性为主遗传的QTL进行MAS效果会更好。,5 显性标记的相位,对质量性状的选择,无论目标基因是否显隐性,均需选择到纯合植株,但显性标记无法鉴定纯合与否。Haley等研究菜豆普通花叶病毒隐性抗性基因,两RAPD标记一个相引(M1,1.9cM),另一个相斥连锁(M2,7.1cM)时,用M1选择到纯合抗病、杂合体、纯合感病比例分别是26.3%、72.5%、1.2%,

24、而用M2分别是81.8%、18.2%、0。,据此提出相斥相显性RAPD标记不论对显性还是隐性基因均可极大提高选择效率。由此可预见用相斥相的显性SCAR标记跟踪目标基因比相引相应更有效。,6 世代的影响,在早代(BC1)变异方差大,重组个体多,中选机率大,因此背景选择时间应在育种早期世代进行,随着世代的增加,背景选择效率会逐渐下降。在早期世代,分子标记与 QTL 的连锁非平衡性较大,随着世代的增加,效应较大的 QTL 被固定下来,MAS 效率随之降低。,7 控制性状基因(QTL)数目,模拟研究发现随着 QTL 增加,MAS 效率降低。当目标性状由少数几个基因(1-3)控制时,用标记选择对发掘遗传

25、潜力非常有效,然而当目标性状由多个基因控制时,由于需要选择世代较多,加剧了标记与 QTL 位点重组,降低了标记选择效果,在少数 QTL 可解释大部分变异的情况下,MAS效率更高。,8 控制数量性状QTL的划分、定位及其效应分布,QTL 的准确发现和对其效应无偏估计有助于MAS效率提高。QTL精确定位取决于分子连锁图谱的饱和度以及对QTL性状的准确度量,可利用永久分离群体通过反复试验精确定位QTL。,互作大小直接影响着MAS效率。一般在不同年份间不同时期不同地点均能检测到的QTL的效果较好。基因型对QTL检测有较大影响,杂交早代植株基因型是杂合的。随着自交代数增加,许多位点趋于纯合,在早代选择的

26、植株到高代表现会与原先表现不一致,应重新估价和筛选分子标记。同一性状在不同群体间甚至不同群体大小间的QTL不一致,这些因素均影响 QTLs检测并影响MAS的效率。,9 选择强度和QTLs的遗传方式和相位,在高选择强度下,常规选择更易丢失有利基因,MAS效率随着选择强度升高而增加。显性作用随着世代增加而降低,因此显性遗传QTLs的MAS效率高。当对多个QTL进行选择时,相引连锁比相斥连锁MAS效率高。在中等或较低选择强度下,目标基因(QTL)周围染色体区段由较远端标记控制更有效。,第二节 分子标记辅助选择的策略,一、作物MAS育种须具备的条件 分子标记与目标基因共分离或紧密连锁,一般要求两者间的

27、遗传距离小于5cM,最好1cM或更小。具有在大群体中利用分子标记进行筛选的有效手段,主要是应用PCR技术。筛选技术在不同实验室间重复性好,且具有经济、易操作的特点。具有实用化程度高并能协助育种家作出抉择的计算机数据处理软件。,二、MAS育种方法(一)MAS聚合育种(二)回交育种(三)SLS-MAS,受体亲本 供体亲本(不含优质基因)(含优质基因),F1 受体亲本,BC1,目标基因定位,标记辅助选择,中选BC1 受体亲本(含优质基因),BC2,BC3,标记辅助选择,标记辅助选择,中选BC3(含优质基因),新育成的优质品种(受体亲本遗传本背景+优质基因),自交,目标基因的定位与标记辅助回交育种相结

28、合程序图,中选BC1 受体亲本(含优质基因),受体亲本 供体亲本A(无优质基因)(含优质基因A),受体亲本 供体亲本B(无优质基因)(含优质基因B),F1(含优质基因A)F1(含优质基因B),复杂杂种(分离群体),受体亲本 供体亲本C(无优质基因)(含优质基因C),中选杂种个体 F1(含优质基因A和B)(含优质基因C),复杂杂种(分离群体),中选杂种个体 受体亲本(含优质基因A、B和C),新育成的优质品种(受体亲本遗传背景+优质基因A、B和C),回交12代,标记辅助选择,自交,标记辅助选择,标记辅助选择,标记辅助基因聚合,与品质改良相结合程序图,Pyramiding of the three

29、major genes for blast resistance in rice,TAG 2000(100):12111128,C101A51Piz-5,C101LACpi1,C101PKTpita,C101LACpi1,C101A51Piz-5,C101PKTpita,F1,F2-selected by flanking markers,Homozygous plants with Pi1 and Piz-5,Homozygous plants with Pi1 and Pita,F1,F1,F2-selected by flanking markers,F2-selected by fla

30、nking markers,F1,F2 individual plants with three genes selected using markers,高代回交QTL分析,研究设计(自花授粉作物)Donor parent Recurrent parent F1 Recurrent parent BC1 Recurrent parent Harvest leaves for DNAextraction fromBC2 Selection can be conducted on BC1and BC2 individuals.individuals and construct molecular

31、 map.BC2(200)BC2S1 Data collection for traits of interest on BC2 and BC2S1 generations Replications,高代回交QTL分析,研究设计(杂交组合中自交系的改良)Donor parent Recurrent parent(Inbred line A)F1 Recurrent parent BC1 Recurrent parent Harvest leaves for DNAextraction fromBC2 Selection can be conductedindividuals and const

32、ruct on BC1 individuals.molecular map.BC2(200)Inbred line B BC2F1 Data collection for traits of interest on BC2 and BC2F1 generations,Replications,高代回交QTL分析,优越性由于在BC1和BC2代进行过表型选择,可以减少或去除一些可能在BC2F1家系中影响田间性状或者品质性状的具负面效应的QTL 因为BC2F1家系的基因组比率偏向于回交亲本,是一个偏斜的群体,所以在这类群体中检测到具上位性互作效应的QTL的概率会降低。相反,会大大增加检测具加性效应的

33、QTL的概率,这些具加性效应的QTL转到以轮回亲本为背景的近等基因系中时会继续表达,高代回交QTL分析,优越性3.由于BC2F1家系性状的平均表现偏向于优良亲本,一些微弱的多效性会很容易地被检测到 4.在QTL检测完后,一般只需1代即可获得QTL的近等基因系,通过田间试验进行比较,如果这些近等基因系确实在需改良的性状上要优于轮回亲本,那么QTL-NIL即可直接代替优良亲本用于生产。而用常规的QTL分析法来培育QTL-NIL则需5年以上的时间,Single large-scale marker-assisted selection(SLS-MAS),SchemePhase Elite lines

34、 outstanding for target traits:P1,P2,P3,.,Pn Selected parental lines:P1,P3,P9Phase QTL identification(a)P1 tester P3 tester P9 tester F1 plants Mapping F2 population(hundreds of plants)genetic linkage map,Elite parent line selection Genetic experimental design(diallel/factorial crosses,fingerprintin

35、g),SLS-MAS(b)Crosses between selected lines P1 P9 P1 P3 P3 P9 F1 plants Large segregation populations at early stage of recombination(e.g.F2 or F3;thousands of plants),Backcross MAS studiesPhase,F2/3 familiesphenotypic evaluations under target environments,QTL identificationof line per se for each s

36、elected parental lines,SLS-MAS(PCR-based marker),Selected families(Synthetic population),Pedigree selectionBased on local needs,New elite lines,SLS-MAS 的优缺点,可以通过一次标记辅助选择达到固定少数位点基因型,而在其它位点上尽量保持最大的变异度,以便进一步选择满足不同需要的品种或组合可以同时利用多个亲本中的有利基因工作量较大需以QTL定位的准确性为基础,结论,QTL的定位分析要精确加快基因定位的速度,提供可利用的分子标记降低成本分子标记辅助选择

37、要与育种家密切配合要有好的遗传设计,如AB-QTL,SLS-QTL有利基因的利用要从 栽培种向野生种过渡,三、提高分子标记的筛选效率,(一)多重PCR方法(二)用相斥相分子标记进行育种选择(三)克服连锁累赘(四)降低MAS育种的成本,MAS育种研究范围:1.分子标记与资源评价(度量遗传多样性)2.分子标记与亲本选配3.MAS增强作物抗病性(转移新的抗性基因,抗性基因的累加或聚合)4.MAS提高作物杂种产量,分子标记辅助选择存在的问题,原 因QTL分析与育种常常相脱节(时间、成功率)大多数与育种有关的QTL的研究都局限在优良种质内的一些数量性状的变异(多态性、反复利用)数量性状基因定位的准确性依赖于对田间性状考察的准确性(环境诱导,7/22)用于分析数量性状的遗传群体的性质对分子标记辅助选择的成功具有较大的影响(一因多效)投入于MAS的人力和财力较少,

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