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1、Bioedit序列比对和Mega制作系统发育树 更新Bioedit程序操作 1、将序列粘贴到记事本中。 每行以“”为行头，后面可写上属种名称、模式菌株编号、序列登录号等等，回车，另起一行粘贴序列。 2、打开Bioedit程序，点击“File”,选择“Open”，在打开的对话框中选择文件类型为“All Files”，打开序列TXT文件，然后点击菜单栏的“Accessory Application”,在弹出菜单中选择“ClustalW Multiple alignment”,点击“Run ClustalW”，开始进行序列比对。比对结束后，中间数据区的序列发生变化，头尾出现长短不一，这时在“mode
2、”框里选择“edit”，然后点击序列上方的标尺，选择前端最短序列处，然后点击菜单栏“Edit”，弹出菜单中选择“Select to Begining”，这时序列前端不整齐的部分被选中，然后按“delete”删除；然后选择后端最短序列处，点击菜单栏“Edit”，弹出菜单中选择“Select to End”，删除，然后保存为Fasta格式文件。 Mega程序操作 1、打开Mega程序，点击“File”，选择“Convert To MEGA Format”，选择上步保存的Fasta格式文件，点击“OK”，完成格式转换，然后点击保存，生成.meg格式文件。 2、然后点击“File”，选择“Open D
3、ata”，打开刚才保存的.meg格式文件，在弹出的对话框中选择“Nucleotide Sequences”，点击“OK”，然后选择“No”，这时比对的序列被打开。然后点击菜单栏的“Phylogeny”，在弹出菜单中选择“Bootstrap Test of Phylogeny”，再选择“Neighbor-Joining”，在弹出的对话框里，点击“Test Phylogeny”标签栏，在“Replication”框里设置测试次数，默认是500，不要设置太高，然后点击左下角的红对勾，保存设置。然后点击“Compute”,开始做树，完成后回自动弹出图。出现两个图，左边标签下是原始图，右边标签下是测试后
4、的图。点击“View”，再点击“Options”可以进行树的形状、宽窄、字体、比例尺等设置的调节。点击“Image”，再点击“Copy To Clipboard”，然后粘贴入幻灯片中，右击图片，选择组合，点击取消组合，这时可对树中属种名进行编辑，比如拉丁名斜体。 3、回到主程序页面，在菜单栏点击“Distances”，选择“Compute Pairwise”，然后点击“Compute”，弹出计算结果，点击“File”，再点击“Export/Print Distances”，然后在对话框中“Output Format”选择Excel格式，点击“Print/Save Matrix”，输出矩阵图。
