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1、生物信息学课堂操作练习一、生物信息学科的发展和研究内容通过下列internet上的自教课程，初步了解不同的数据库和分析工具http:/www.ebi.ac.uk/2canhttp:/www.ncbi.nlm.nih.gov/Education二、 生物数据库1. 熟悉各种数据库。2. 重点了解GenBank和SWISS-PROT所包含的各种功能和适用范围。三、 关键词或词组为基础的数据库检索1. 熟练掌握Entrez检索体系。2. 查找与水稻抗病基因Xa21有关的资料(1) 由多少碱基构成？编码多少个氨基酸？(2) exon和intron的位置？(3) 是否有3D structure数据？1)
2、 由多少碱基构成？编码多少个氨基酸? 4623b.p., 1025A.a.; 2) exon和intron的位置? Exon: 242700,35433943 intron: remaining; 3) 是否有3D structure数据? 没有. 3. 查找C. elegans基因组的资料。(1) chromosome I的测序是否已完成？(2) 已知的chromosome I的序列有多少碱基？序列发表在哪份杂志上？期号和页码？1) chromosome I的测序是否已完成? 完成. 2) 已知的chromosome I的序列有多少碱基? 序列发表在哪份杂志上? 期号和页码? 15.0724
3、Mb.p.(15072421b.p.), Science 1999 Jan 1;283(5398):35.4. 查看人类基因组第1染色体上基因的分布。http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/maps.cgi?ORG=hum&MAPS=ideogr,est,loc&LINKS=ON&VERBOSE=ON&CHR=15. 查看Arabidopsis的系谱树，以及Arabidopsis第1染色体上的序列。比较Arabidopsis基因组的资料提供形式与人类基因组有什么不同 (http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwt
4、ax.cgi?id=3701, http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/maps.cgi?taxid=3702&chr=1) 貌似没什么区别比较Arabidopsis基因组的资料提供形式与人类基因组有什么不同。6. 与retrotransposon有关的文献资料有多少篇？ 5774, (在pubmed中直接查找关键词, 2009328) 与rice retrotransposon有关的文献有多少篇？ 214, (在pubmed中直接查找关键词, 2009328)7 检索我校在2009年1月发表的被PubMed收录的科研论文Huazhong Agricultural
5、 University,297. 熟悉SRS检索体系。8. 熟悉DBGET检索体系。四、 核苷酸和蛋白质序列为基础的数据库检索1. 了解BLAST Frequently Asked Questions的答案。2. 以大麦Mlo基因（Z83834）为查询序列(1) 用Blastn能检索到多少条与Mlo同源的序列？与Mlo同源的序列：共找到63条与Mlo同源的序列(2) 在使用Blastn 检索中，如改变E value的阈值，能检索到多少与Mlo同源的序列？将E value (Expect threshold)由默认的10改为1时，仍有63条同源序列。若将E值改为5e-19时可以找到61条同源序列
6、。(3) 怎样去掉alignment过程中出现的小写字母？ 这里所说的小写字母就是出现重复序列时被算法筛选后出现的n。将Algorithm parameters中的Filters and Masking选项里的Low complexity regions前的勾去掉就可以去掉比对过程中出现的小写的n。(4) 用PSIBLAST检索到的与Mlo蛋白同源的序列与用Blastp检索到的同源序列是否有差别？PSI-BLAST的特色是每次用profile搜索数据库后再利用搜索的结果重新构建 profile，然后用新的profile再次搜索数据库，如此反复直至没有新的结果产生为止。PSI-BLAST先用带空
7、位的BLAST搜索数据库，将 获得的序列通过多序列比对来构建第一个profile。PSI-BLAST自然地拓展了BLAST方法，能寻找蛋白质序列中的隐含模式，有研究表明这种方 法可以有效的找到很多序列差异较大而结构功能相似的相关蛋白，甚至可以与一些结构比对方法，如threading相媲美。PSI-BLAST服务可以在 NCBI的BLAST主页上找到，还可以从NCBI的FTP服务器上下载PSI-BLAST的独立程序。首先得到Mlo的蛋白质序列：CAB06083.1；然后用blastp检索。选中PSI-BLAST。第一次检索得到100个同源序列，再以这些序列为基础，再次检索，得到标有new的序列。
8、第三次检索，已经没有含有new的序列，检索结束。(5) 熟悉PHIBLAST 检索方法。(6) 用Mlo基因序列检索蛋白质数据库能找到多少同源序列？使用BLASTX，输入accession number ：Z83834，找到100个同源序列3. 从以Mlo基因的氨基酸序列检索到的同源序列中任取两条序列，用BLAST 2 sequences作分析，看它们之间是否存在同源序列。Mlo基因氨基酸序列号：CAB06083 选取两条为：P93766、AAK94905可以看到具有较高的同源性。Identities = 397/432 (91%), Positives = 412/432 (95%)五、 多
9、序列对位排列分析和系谱分析1.用大麦Mlo基因（Z83834）编码的蛋白质序列在数据库中检索同源序列，找出与 Mlo同源程度最高的另外9条序列。对位排列这10条序列，确定这些同源序列的保守区段；分析这些保守区段是否组成已知结构域（domain）或模体（motif）。 1.在NCBI中的nucleotide数据库中输入Z83834，点击链接到蛋白质序列，用FASTA格式输出，复制该蛋白序列2.进入NCBI的BLAST,选择protein blast,粘贴所复制的蛋白序列，进行blast3.在结果中选中同源度最高的10条结果，点击get selected sequences4.在display中选
10、则FASTA，send to 中选则text，复制有内容。5.在EBI的ClustaW分析网页粘贴序列，点击run2.练习使用各种修饰功能修饰对位排列上述10条序列。 1. Boxshade功能 在多序列对位排列结果网页复制序列排列结果 在“Boxshade”网页（ttp:/www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html）粘贴序列，在“Input sequence format”栏目选择“ALN”，在“Output format”栏目选择“RTF_new” 在结果网页点击“here is your output number 1”，得结果。2. 颜色修饰 功能
11、“ClustalW Results”网页展示多序列对位排列结果点击“Show Colors”用不同颜色的字母展示对位排列结果3.根据系谱分析，上述10条序列中哪两条序列的同源程度最高？ 1. “ClustalW Results”网页展示多序列对位排列结果2. 点击“Show as Phylogram Tree”展示Phylogram Tree，可据此判断同源程度。4.用大麦Mlo基因（Z83834）序列检索数据库，找出与Mlo同源程度最高的另外4条序列。对位排列这5条序列，确定这些同源序列的保守区段；分析这些保守区段是否组成已知结构域（domain）或模体（motif）。 1. 进入NCBI的
12、BLAST, 选择nucleotide blast,粘贴基因序列号Z83834，进行blast2. 在结果中选中同源度最高的5条结果，点击get selected sequences3. 在display中选则FASTA，send to 中选则text，复制所有内容。4. 在EBI的ClustaW分析网页粘贴序列，点击run六、 基因结构分析1. 从核苷酸数据库中选择DNA序列，试用不同的分析工具分析真核生物和原核生物的基因结构，并将分析结果与核苷酸数据库中的结果相比较。2. 掌握GenScan和GeneFinding中的各种分析方法。七、 蛋白质结构分析1. 从数据库中任选一蛋白质的序列作分
13、析对象，熟悉分析蛋白质的一级和二级结构的方法。以猪leptin蛋白为例，在ncbi上查找到其序列，再转至EXPasy 网站http:/www.expasy.ch/ 一级结构 1：PI 、Mw 、氨基酸组成 http:/www.expasy.ch/tools/protparam.html 2：疏水性 http:/www.expasy.ch/tools/protscale.html3：重复序列 http:/www.embl-heidelberg.de/andrade/papers/rep/search.html二级结构 http:/www.cmpharm.ucsf.edu/nomi/nnpredi
14、ct.html（貌似这个网站不能搜） http:/npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html2. 大麦Mlo基因（Z83834）编码的蛋白质是膜镶嵌蛋白质还是膜附着蛋白质？先搜出mlo蛋白的序列，输入http:/bp.nuap.nagoya-u.ac.jp/sosui/sosui_submit.html网站，由图形看出是膜镶嵌蛋白，跨膜六次。3.水稻抗病基因Xa21的产物位于细胞的什么部位？基因Xa21：U37133.1 http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1122442在ncb
15、i中输xa21 gene” Oryza sativa”，找到xa21序列。输入http:/wolfpsort.org/得到plas的得分最高，说明该蛋白在细胞膜上4. Xa21基因产物是否糖蛋白？什么类型的糖蛋白？分析是否是糖蛋白在http:/www.cbs.dtu.dk/services/NetOGlyc/和http:/www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/说明是N-连接的糖蛋白5. Xa21蛋白的亲水性和疏水性如何？Grand average of hydropathicity (GRAVY): 0.049亲水性分析http:/www.expasy.ch/too
16、ls/protscale.htmlHydropathicity0 ,疏水强 0, 亲水强。说明xa21蛋白有轻度疏水性八、 农业类数据库的利用1. 熟悉各种农业类基因组数据库，重点以Gramene、GrainGenes和ArkDB数据库为例，掌握各种内容的查询方法。2. 分子标记ARKMKR00050536位于火鸡的第几号染色体？它在这条染色体上的遗传位置？ARKMKR00050536位于火鸡第一号染色体，遗传位置是125.800http:/www.thearkdb.org/arkdb/do/getMarkerDetail?accession=ARKMKR000505363. 水稻的JRGP
17、RFLP 2000分子标记遗传连锁图的3号染色体上定位了多少个分子标记？覆盖了多少遗传距离？有32个分子标记，覆盖166.40CMhttp:/www.gramene.org/db/cmap/viewer?mapMenu=&featureMenu=&corrMenu=&displayMenu=&advancedMenu=&ref_map_accs=jrgp-rflp-2000-3&sub=Draw+Selected+Maps&ref_map_start=&ref_map_stop=&ft_centromere=2&ft_est=2&ft_gene=2&ft_genomic-dna=2&ft_ma
18、rker=2&ft_rapd=2&ft_rflp=2&ft_sts=2&prev_ref_species_acc=rice&prev_ref_map_accs=&ref_map_set_acc=jrgp-rflp-2000&ref_species_acc=rice&data_source=Gramene4. 水稻11号染色体上定位的标记CDO534属于什么类型的分子标记？来源于什么物种？.CDO534属于RFLP分子标记，来源于Avena sativa物种http:/www.gramene.org/db/markers/marker_view?marker_id=215147455. 水稻分子
19、标记RG101所在的染色体位点是否有QTL信息？什么类型的QTL？RG101所在的染色体位点有QTL信息 有多种类型的QTL，例如seed number，spikelet density，plant height，spikelet numberhttp:/www.gramene.org/db/cmap/feature?feature_acc=AQCG0056 水稻5号染色体上定位的标记C1018属于什么类型的分子标记？来源于什么组织？序列是否已知？C1018属于RFLP类型的分子标记, 来源于callus组织. 序列已知。http:/www.gramene.org/db/markers/mar
20、ker_view?marker_id=215121667 水稻分子标记RM172所在的染色体位点是否有QTL信息？什么类型的QTL？有 culm lengthhttp:/www.gramene.org/db/markers/marker_view?marker_id=24986341九、 核酸序列的其他分析方法1. 大麦Mlo基因（Z83834）的CG含量是多少？58.89%2. 如何获得Z83834的反向互补序列？sequence/Nuleic Acid/Reverse Complement3. Mlo基因不包含哪种限制性内切酶位点？4. DNA序列AC004765位于几号染色体的什么位点？
21、5.推测Z83834的ORF和翻译产物。http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/orfig.cgi生物信息学课程考试样卷提示：（1）2小时答题时间；（2）课堂开卷，独立完成；（3）答题简明扼要 1请查询有关OsPK7基因的资料，回答下列问题： 1. OsPK7基因的注册号？它来源于什么物种？ （6分） 2. OsPK7编码的蛋白质包含有多少个氨基酸？是否为跨膜蛋白？该蛋白可能位于细胞的什么部位? （7分） 3、分离克隆OsPK7基因的工作发表在什么杂志上？杂志卷号、页码、年份?（7分） 1. 答题要点：（1）AB011968，来源自水稻。（2）520
22、aa；不是跨膜蛋白；可能是位于细胞外的可溶性蛋白。（3）文章发表在Mol. Gen. Genet.；2000年263期359-366页。详细：方法：NCBI主页nucleotide中输入基因名查找注册号（ACCESSION 为AB011968）及来源（ORGANISM为Oryza sativa (rice)）查找其蛋白质注册号即点击protein_id（结果为BAA83689）点击PubMed即可得到发表该基因的文章: (Mol Gen Genet. 2000 Mar;263(2):359-66.)(或在PubMed上面一排的JOURNAL JOURNAL就可以得到发表文章)是否为跨膜蛋白，方
23、法：1、ExPASy 主页 (http:/www.expasy.ch/)选择topology prediction2、在“Topology prediction”栏目选择“SOSUI”分析工具3、在SOSUI主页选择分析“SOSUI”分析软件4、在SOSUI：Submit a protein sequence网页粘贴序列（将display改为fasta格式在复制粘贴，可能有时候粘贴时要不粘第一排）5、分析结果（This amino acid sequence is of a SOLUBLE PROTEIN）蛋白质定位：1、ExPASy 主页选择 topology prediction2、在“T
24、opology prediction”栏目选择“PSORT” 软件分析蛋白质在细胞中的定位3、在PSORT网页选择分析方法，如选择WoLF PSORT4、选择物种，粘贴序列（将display改为fasta格式在复制粘贴，可能有时候粘贴时要不粘第一排）5、分析结果2任选一种分析工具，分析序列AY066019的基因结构及其编码产物的化学性质。请注明分析工具的名称，以及是否采用某一物种的数据作为参照。 1. 根据你所选用的分析方法，这条序列编码多少个基因？编码序列的位点？分析结果与事实是否相符合？（7分） 2. 预测的基因位于哪条DNA链上？（6分） 3. 预测基因之一（请注明是第几个基因）编码的蛋
25、白质的分子量和等电点是多少？该蛋白质中哪一种氨基酸的含量最高？（7分） 2. 答题要点：（1）采用FGENESH分析方法，选择Human参照。该序列包含一个基因，其编码序列是770955 bp，15621607 bp，17951842 bp，21442565 bp；分析结果与事实符合。（2）预测的基因位于正链上。（3）采用ProtParam分析方法，基因编码产物的分子量：25644.4；等电点：6.44；亮氨酸（L）的含量最高。（4）本题也可以采用不同于（1）（3）的分析方法回答。详细：3. C1018是水稻分子标记遗传连锁图（TTU IRIR 2000）上的一个分子标记，请回答下列有关问题：
26、 1. 这个分子标记被定位于水稻第几号染色体？属于什么类型的分子标记？（6分） 2. 与这个分子标记紧密连锁（两侧）的分子标记的名称是什么？ （5分） 3. 这个分子标记的DNA序列是否已知？如果序列已知，它在数据库中的注册号是什么？这条序列来源于什么物种的什么组织？（7分） 3. 答题要点：（1）5号染色体；RFLP标记。（2）R2289和PC17M14。（3）序列已知，注册号：D28215；来源于水稻的愈伤(callus)组织。方法：进入禾本科植物比较基因组数据库主页：Gramene 数据库（http:/www.gramene.org）在species下拉栏中选择RICE在find any
27、thing中选择maker，后面空格中输入C1018，然后搜索在得到的收索结果中选择maker第一条type一栏显示为RFLP，Details 中的source tissue 一栏显示为callus（愈伤组织）点击sequance可以看到序列说明序列已知，并且在序列的最前段可以看到序列号为D28215，来源于水稻。4分析五条DNA序列（X55152、AY888608、X57321、M64087、X66539）的同源性并回答下列问题： 1. 哪两条序列的进化亲缘关系最近？它们之间的同源性是多少？ （10分） 2. 哪一条序列与上述其他四条序列均表现出较低的同源性？（10分） 4答题要点：（1）X
28、55152和X57321的进化亲缘关系最近，它们的同源性是83。（2）M64087与其它四条序列均表现出较低的同源性。5你从实验中获得一条由250个氨基酸组成的蛋白质的序列。你想了解该蛋白质的三维结构是否已知。根据你从“生物信息学”课中学到的知识，该如何寻找答案？（20分） 5. 答题要点：（1）采用BLAST分析方法，用这条DNA序列检索PDB结构数据库。本题也可以采用不同于（1）的分析方法回答。1请查询有关OsPK7基因的资料，回答下列问题： OsPK7基因的注册号？它来源于什么物种？ （6分） OsPK7编码的蛋白质包含有多少个氨基酸？是否为跨膜蛋白？该蛋白可能位于细胞的什么部位? （7
29、分） 分离克隆OsPK7基因的工作发表在什么杂志上？杂志卷号、页码、年份?（7分）1）AB011968，来源自水稻。（2）520 aa；不是跨膜蛋白；可能是位于细胞外的可溶性蛋白。（3）文章发表在Mol. Gen. Genet.；2000年263期359-366页。 2任选一种分析工具，分析序列AY066019的基因结构及其编码产物的化学性质。请注明分析工具的名称，以及是否采用某一物种的数据作为参照。 根据你所选用的分析方法，这条序列编码多少个基因？编码序列的位点？分析结果与事实是否相符合？（7分） 预测的基因位于哪条DNA链上？（6分） 预测基因之一（请注明是第几个基因）编码的蛋白质的分子量
30、和等电点是多少？该蛋白质中哪一种氨基酸的含量最高？（7分） （1）采用FGENESH分析方法，选择Human参照。该序列包含一个基因，其编码序列是770955 bp，15621607 bp，17951842 bp，21442565 bp；分析结果与事实符合。（2）预测的基因位于正链上。（3）采用ProtParam分析方法，基因编码产物的分子量：25644.4；等电点：6.44；亮氨酸（L）的含量最高。（4）本题也可以采用不同于（1）（3）的分析方法回答。3. C1018是水稻分子标记遗传连锁图（TTU IRIR 2000）上的一个分子标记，请回答下列有关问题： 这个分子标记被定位于水稻第几号染
31、色体？属于什么类型的分子标记？（6分） 与这个分子标记紧密连锁（两侧）的分子标记的名称是什么？ （5分） 这个分子标记的DNA序列是否已知？如果序列已知，它在数据库中的注册号是什么？这条序列来源于什么物种的什么组织？（7分） （1）5号染色体；RFLP标记。（2）R2289和PC17M14。（3）序列已知，注册号：D28215；来源于水稻的愈伤(callus)组织。4分析五条DNA序列（X55152、AY888608、X57321、M64087、X66539）的同源性并回答下列问题： 哪两条序列的进化亲缘关系最近？它们之间的同源性是多少？ （10分） 哪一条序列与上述其他四条序列均表现出较低的
32、同源性？（10分） （1）X55152和X57321的进化亲缘关系最近，它们的同源性是83。（2）M64087与其它四条序列均表现出较低的同源性。5你从实验中获得一条由250个氨基酸组成的蛋白质的序列。你想了解该蛋白质的三维结构是否已知。根据你从“生物信息学”课中学到的知识，该如何寻找答案？（20分）（1）采用BLAST分析方法，用这条DNA序列检索PDB结构数据库。本题也可以采用不同于（1）的分析方法回答。1教学网站 2 Internet http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/Education http:/www.ebi.ac.uk/2can/home.html3 SQL
33、4 GenBank http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/5 dbEST (Database of Expressed Sequence Tags) http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/index.html6 UniGene 数据库 http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/7 dbSTS (Database of Sequence Tagged Sites) http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/index.html8 dbGSS (Database of Genome Survey Seq
34、uences) http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/dbGSS/index.html9 HTG (High-Throughput Genomic Sequences) http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/HTGS/10 基因组数据库http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=genome11 dbSNP单核苷酸多态性数据库http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=snp12 EMBL http:/www.ebi.ac.uk/embl13 DDBJ http:/www.ddb
35、j.nig.ac.jp/Welcome-e.html14 EPD (Eukaryotic Promoter Database) http:/www.epd.isb-sib.ch/15 蛋白质数据库SWISS-PROT http:/www.ebi.ac.uk/swissprot16 TrEMBL (Translation of EMBL) http:/www.uniprot.org17 PIR (Protein Information Resource) http:/pir.georgetown.edu18 PRF (Protein Research Foundation) http:/www.
36、prf.or.jp/en/os.html19 Prosite http:/www.expasy.org/prosite20 PDB (Protein Data Bank) http:/www.rcsb.org21 SWISS-3D IMAGE http:/www.expasy.ch/sw3d/22 酶和代谢数据库KEGG主页 http:/www.genome.ad.jp/kegg/23 PKR (Protein Kinase Resource) http:/pkr.genomics.purdue.edu/pkr/Welcome.do24 系谱数据库Taxonomy http:/www.ncbi
37、.nlm.nih.gov/Taxonomy/taxonomyhome.html25 文献数据库PubMed http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed26 OMIM http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=OMIM27 美国农部农业图书馆的数据库Agricola http:/agricola.nal.usda.gov/ 28 Entrez检索体系 http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez29 SRS 检索体系 http:/srs.ebi.ac.uk/30 DBGET检索体系 http:/www.ge
38、nome.ad.jp/dbget/31 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 检索 http:/blast.ncbi.nlm.nih.gov/32 Primer-BLAST http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast33 FASTA 检索http:/www.ebi.ac.uk/fasta33/index.html34 Blitz 检索 http:/www.ebi.ac.uk/searches/blitz.html35 BLAST 2 sequences http:/blast.ncbi.nlm.nih
39、.gov/36 ExPASy http:/www.expasy.ch37 多序列比对ClustaW分析网页（http:/www.ebi.ac.uk/clustalw/index.html）38 Boxshade 突出相同或相似位点http:/www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html39 ESPript 多种修饰 功能http:/espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi40 基因预测Gene Finding Softberry (41基因预测GenScan（http:/genes.mit.edu/GENSCAN
40、.html）42 基因预测GeneMark（http:/opal.biology.gatech.edu/GeneMark/）43 Gene Feature Searches （BCM http:/dot.imgen.bcm.tmc.edu）44 比较基因组预测基因Twinscan/N-SCAN (http:/mblab.wustl.edu/software/twinscan/)45 美国农部农业图书馆主页http:/www.nal.usda.gov46 禾本科植物比较基因组数据库http:/www.gramene.org47 SoyBase 主页(http:/soybase.org/)48 G
41、rainGenes (http:/www.graingenes.org)49 RMD数据库（）50家畜、家禽基因组数据库 ArkDB (http:/www.thearkdb.org)51 从美国微生物系的网页（http:/www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html52 ORF finder http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/53 SRS检索主页（http:/srs.ebi.ac.uk）54 Primer3（http:/frodo.wi.mit.edu/）55 electronic PCR（e-PCR）功能定位DN
42、A序列（http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/e-pcr/）56NEBcutter 数据库因特网网址数据库信息发布及其它GenBank Release Notesftp:/ncbi.nlm.nih.gov/genbank/gbrel.txtdbEST summary reporthttp:/www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/dbESTsummarv.htmlEMBL release noteshttp:/www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?emblDDBJ release noteshttp:/www.d
43、dbj.nig.ac.jp/ddbjnew/ddbj relnote.htmlEukaryotic promoter database release noteshttp:/www.genome.ad.jp/dbget/dbget2.htmlSwissProt release noteshttp:/www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?swissprotPIR release noteshttp:/www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pirPRF release noteshttp:/www.genome.ad.jp/dbg
44、et-bin/show man?prfPDBSTR release noteshttp:/www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pdbstrProsite release noteshttp:/www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?prositePDB release noteshttp:/www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pdbKEGG release noteshttp:/www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pathway核苷酸数据库GenBankh
45、ttp:/www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/index.htmldbSTS http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/index.htmldbGSS http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/dbGSS/index.htmlGenome (NCBI)http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=GenomedbSNP http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/HTGShttp:/www.ncbi.nlm.
46、nih.gov/HTGS/UniGenehttp:/www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/EMBL核苷酸数据库http:/www.ebi.ac.uk/emblGenome (EBI)http:/www.ebi.ac.uk/genomes/向EMBL数据库提交序列http:/www.ebi.ac.uk/embl/Submission/webin.htmlDDBJhttp:/www.ddbj.nig.ac.jp/Plant R gene databasehttp:/www.ncgr.org/rgenes启动子数据库Eukaryotic promoter database http:/www.epd.isb-sib.chhttp:/www.genome.ad.jp/dbget/dbget2.html转录因子数据库FRANSFAChttp:/tran
