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1、用ClustalX及PHYLIP软件构建系统发生树,进化树（Phylogenetic tree）分析,对于一个完整的进化树分析需要以下几个步骤,1.要对所分析的多序列目标进行排列（To align sequences）。做ALIGNMENT的软件很多，最经常使用的有CLUSTALX和CLUSTALW，前者是在WINDOW下的而后者是在DOS下的。,PHYLIP软件介绍,主要包括五个方面的功能：DNA和蛋白质序列数据的分析软件序列数据转变方面的功能软件，对距离数据分析的软件对基因频率和连续的元素分析的软件把序列的每个碱基/氨基酸独立看待时，对序列进行分析的软件绘制和修改进化树的软件,对进化树进行
2、评估：Bootstraping法,所谓Bootstraping法就是从整个序列的碱基/氨基酸中任意选取一半，剩下的一半序列随机补齐组成一个新的序列。这样，一个序列就可以变成了许多序列。一个多序列组也就可以变成许多个多序列组。根据某种算法（最大简约性法、最大可能性法、除权配对法或邻位相连法）每个多序列组都可以生成一个进化树。将生成的许多进化树进行比较，按照多数规则（majority-rule）我们就会得到一个最“逼真”的进化树。,具体操作流程,一、用clustalX软件对已知DNA序列（如下）做多序列比对。gi|19528653;gi|114556512 gi|73976978;gi|11405
3、2578 gi|40789179;gi|18426825 gi|118094524;gi|47085714 gi|45552646;gi|158295905,操作步骤,1.双击进入ClustalX程序，点击FILE进入Load sequence，打开DNA.seq文件。,2.点击Alignment，在默认alignment parameters下，点击Do complete Alignment。,3.点FILE进入Save sequence as，在format框中选PHYLIP，文件在PHYLIP软件目录下以homol.phy存在，点击OK。,4.将phylip软件目录下的homol.phy
4、文件拷贝到exe文件夹中。,二、用PHYLIP软件推导进化树1.进入EXE文件夹，点击Seqboot软件输入homol.phy文件名，回车后，输入R更改参数，更改重复数字为100。,输入奇异种子为3，程序开始运行，并在exe文件夹中产生outfile。,2.把文件outfile改为infile，点击dnadist程序，输入M更改参数，输入D选择data set。输入100，输入Y确认参数，程序开始运行。,将outfile文件名改为infile，为避免与原先infile文件重复，将原先文件名改为infile1.,3.在exe文件夹中选择通过举例矩阵推测进化树的算法，点击neighbord程序。输
5、入M更改参数，输入D选择data set，输入100,输入奇异种子3,输入Y确认参数。,程序运行结束后，在exe文件夹中产生outfile和outtree两个结果输出。Outtree文件是一个树文件，可以用treeview等软件打开。Outfile是一个分析结果的输出报告，包括了树和其他一些分析报告，可以用记事本直接打开。部分结果如下：,4.将outtree文件名改为intree，点击drawtree程序，输入font1文件名，作为参数。输Y确认参数，程序开始运行，并出现tree preview图。,5.点击drawgram 程序，输入font1文件名，作为参数。输入Y确认参数，程序开始运行，并出现tree preview图。,6.将exe文件夹中的outfile文件名改为outfile1，以避免被新生成的outfile文件覆盖。点击consense程序，输入Y确认设置。Exe文件夹中新生成outfile和outtree。,7.将exe文件夹中的intree文件名改为intree1，将outtree改为intree。点击drawtree程序，输入font1文件名，作为参数，输入Y确认参数。程序开始运行，并出现tree preview图。,8.点击draw个ram程序，输入font1文件名，作为参数，输入Y确认参数。程序运行，并出现tree preview图。,
