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1、用户手册1引言1.1编写目的本文档是为了用户使用方便编写的，并且本文档为此系统开发小组人员进行 系统的进一步优化提供一定的理论依据。1.2背景说明： 此系统名称为本地文档管理软件； 软件系统开发项目是由指导老师提出的，用户主要是对是普通的电脑用 户，用户可以进行一系列的文件管理和文件分类排序，可以实现对电脑 中的文件进行有机的管理。 本软件的开发者是文档管理软件小组全体成员。1.3定义列出本文件中用到的专门术语的定义和外文首字母组词的原词组。1.4参考资料本地文档管理软件需求说明书本地文档管理软件设计说明书本地文档管理软件概要设计说明书本地文档管理软件详细设计说明书本地文档管理软件测试计划用户
2、手册GB856T88标准（手册国标）2用途2.1功能该软件可以实现对本地文件的基本管理和文件的搜索、分类、统计；文件管 理主要是对文件进行重命名、复制、移动、属性修改和打印；用户可以按照自己 的意愿对文件进行一些基本的操作。用户可以搜索文件本进行分类和统计（生成 统计图）。2.2性能2.2.1精度intchrNum, intsp_id, intcell_id, intp_id, int rank, String chip_chid, int start int end String strand, intregion_leng仇 double maxM_P, intposition_of_ma
3、xM_P, double FDR ,double local_FDR, double maxFC, intposition_of_maxFC, doublesumM_Pintno_of_goodprobes, double sumM_P_FDR, doublesumM_P_local_FDR ,intlibrary_id, String group_name 为各种数据类型的 数据，所以应该满足其数据类型的范围。2.2.2时间特性对于文件的搜索，分类，分类统计，以及文件管理的复制、粘贴、删除、打 开、预览、属性、移动等都要求在最短的时间内完成。2.2.3灵活性本软件是基于纯java编写的本地软
4、件，具有极好的可移植性。可以在任何 平台上运行（安装了 jdk的平台）。而且因为java具有极好的特性本软件也不会 浪费内存和占用资源是一个非常好的本地软件。2.3安全保密本系统不涉及网络而且外部网络程序无法读取程序的内部数据因此本软件 具有极好的安全性。3运行环境3.1硬件设备要求一般的计算机（配置一般的处理器和内存，输入输出设备）即可，存储器容 量 10G3.2支持软件操作系统：Windows 2000 / XP / Vista / 7jdk-6u30-windows-i586。4使用过程4.1安装与初始化本系统需要安装jdk和eclipseo eclipse只要将其.exe文件拷到硬盘中
5、，然后 点开它按照提示一步一步进行即可，无难度。Jdk的安装需要配置环境变量具体（见环境配置）。4.2输入严格按照界面提示的参量的类型和顺序输入且在数据库中必须有数据的信息.比 如物种id（s-id）只能输入整形数据1或2，细胞id（c-id）只能输入整形数据 1,2,3,4；人的染色体有23对，应输入的id号（ch-id）为字符串chr1,chr2,chr3创建用户时用户名和密码只能是数字或字母或者二者的组合。4.2.1输入数据的现实背景说明输入数据的现实背景，主要是a. 情况一一出现数据变迁，数据溢出;b. 情况出现的频度随机的；c. 输入媒体键盘，鼠标；d. 限制类型，顺序；4.2.2输
6、入格式登录用户信息时输入框输入为英文字母和数字的组合，长度则根据不同用户信息的不同格式而有所区别；密码输入框输入为英文字母或数字；用户名输入框输入格式为全英文；输入查询，插入，更新或者删除应按照数据类型及不同用户的不同权限;rank数字position_of_maxM_PIntgroup_name字符串（不 超过4个）Chip_Chid字符串（不超过6个）sumM_P双精度数据s_id数字ChIP pidI数字FDR双精度数据c_id数字start数字local_FDR双精度数据p_id数字end数字SumM_P_FDR双精度数据c_name字符串（不超过12个）region_length数字
7、maxFC(log2)双精度ch_name字符串（不数据超过12 个）strand字符串（只 能1个）position_of_maxFC数字p_name字符串（不超过12个）maxM_P双精度数 据no_of_goodprobes数字Library_id数字sumM_P_local_FDR双精度数据4.2.3输入举例1. 登录，注册例如用户名：root密码：1232. 修改密码例如用户名：test原密码：123新密码：4563. 查询1. 查询一个特定细胞的一条染色体和特定的蛋白质的chip数据需要染色体ch_id和蛋白质p_id例如染色体id： chr1蛋白质id：12. 查询细胞染色体信息
8、（ch_id，ch_name）,需要细胞（c_id）;例如细胞id： 13. 查询数据库中某个指定细胞（c_id）和蛋白质（p_id）的ChIP数据例如细胞id： 1 蛋白质id： 14. 查询一个细胞与哪种蛋白质存在chip数据（查询蛋白质），需要细胞 （c_id）；例如细胞id： 15. 查询细胞信息（c_name,c_sid）,需要细胞（c_id）；例如细胞id： 16. 查询一个物种的细胞信息（c_id,c_name），需要物种（s_id）；例如物种id： 17. 查询物种所有的染色体信息（id ,ch_name,ch_cid），需要物种（s_id）；例如物种id：18. 查询一个物种
9、信息（s_id,s_name,s_chrNum）需要物种（s_id）；例如物种id：19. 查询用户返回用户的名字（name）4删除：1. 删除一条chip记录，需要物种id和蛋白质id染色体id例如物种id： 1 蛋白质id：1染色体id： 12. 删除一个细胞对应一种蛋白质的chip表需要细胞id（c_id），蛋白质 id（p_id）例如细胞id： 1 蛋白质id： 15.插入1. 插入一个chip文件，需要染色体对数(chrNum)，物种id(s_id)，细胞 id(c_id),蛋白质id(p_id),染色体文件路径(chromosome_file),chip表文件路径 (chip_fi
10、le)例如染色体对数：23 细胞id： 1蛋白质id： 1染色体文件路径：C: chip-data2. 插入一条chip记录，需要染色体对数(chrNum)，物种id(s_id),细胞 id(c_id)蛋白质id(p_id),chip表的所有属性例如染色体对数：23 细胞id： 1 蛋白质id： 1 rank： 1 chip_chid： chr12 start : 37302709 End： 37305251 strand： + , region_lengt龙：2543maxM_P: 20.477346 position_of_maxM_P, ： 37304650 FDR : 0.000000
11、 local_FDR： 0.009346 maxFC： 5.614463 position_of_maxFC, ： 37304494 sumM_P： 748.007750 no_of_goodprobes: 71sumM_P_FDR:0.000000 sumM_P_local_FDR: 0.009872 library_id,: 5 group_name: NA。6.更新1.更新一条chip数据需要c_idp_id及chip表的所有数据例如细胞 id： 1 rank： 1 蛋白质 id： 1chip_chid： chr12 start： 37302709 End： 37305251 stran
12、d： + , region_lengt龙：2543maxM_P： 20.477346 position_of_maxM_P,： 37304650 FDR : 0.000000 local_FDR： 0.009346 maxFC： 5.614463 position_of_maxFC： 37304494 sumM_P： 748.007750 no_of_goodprobes: 71sumM_P_FDR： 0.000000sumM_P_local_FDR：0.009872 library_id：5 group_name：NA4.3输出对每项输出作出说明4.3.1输出数据的现实背景说明输出数据的现实
13、背景，主要是：a. 使用研究人员对其进行操作；b. 使用频度一一不知c. 媒体一一打印、CRI显示、磁带、卡片、磁盘，d. 质量管理一一例如关于合理性检验、出错纠正的规定；e. 支配输出数据一般在数据库中保留；4.3.2输出格式4.3.3输出举例萱谓咨表中慕一彖染邑悻51CIJF苦询百由采色时di-_udrlreJxHwJedart:.j.muhl/P卜a ijon.c_ ri mMiP政:-f_ ri uccF CiimUjTERk._JF 口 RruriliT_FE|ErwnHiT_|j：-c _TTi nn-_ah1:lirl21郭乳龄9?73&5251fli-3)巍那雌5U5们4腴37
14、J044bM50077。j UMW7151iS0153346归L54佃35u1邛澎叫S0154CO7S.7K/12N如龄Li XI5.0001.M)益gi:hr 15i72林踮723M3923t-17.51+555723 淳*渤初L63.30W侦颁加0.0U5i1琲括我1J953L7fJJi-1札防1沌E1淞防您诡成1洵jffljsns?22?.257!).01005)5102411血，5剧盹M皿球5卜16 47*15JK2EM7404龄W说浏懈100.0053460.0都311M5眼邱L45050027g1-16-1SM5545IMKI61村冲94明陶巧100.0圈2l1r1叩4冏a15部器
15、1即海：iHP18M3IWSTfiflQ硕睥mi411i1rhx?24421775M219SD3a*K 22%442 1与汕4 55S1S1442I5GI20 G3E300叫颂190293i1du-3S76E23I.6洒方2日；j卜16J1S53J那曰5513J5&2SISTSW渤日241 536EJ100.005*228JOE72ilu50卫打12HF50卫洵砧-1TLO57SESOZfTJS4 3?5M9250项依255.337D5膈0.0QM79j i：2:5iIHG91S59ai-15 94 刑心g4 g/73G91M5361汨并J.0顽渤5网貂4i1细12147SS1US4iq?S1
16、97SUi-15.知沌1寿泓4旃成成M丽miHE39 堆 310100SM-79JU8i1314汨推14Gfi5M33i-15 37311诚5皿胡脉11防6制物扣心也01.00翩5.02厂1Jw1514浏而圳559照戏ui-15 74-153E559&S457洒g；559961典41捆Li (1M必ji：i首5i烦15沁煜33对阳3Bii-35 7J4-5M5LmM05”财叫。357.00162j (10.00M790.05ijdir5i81323SU9V侥绑弟It-15弟河13235S7M4X73711矣3潞BK4.55335j 1)0.00!40.05ldirJ17咐*珈KSWL07n卜J5 41P13I2叫列4 6ISKW冲g所沸T7).01(10 1.CI.O511du-15IS565ZS2056530099i-V I7162236531?(|4 452淘*痈1TT.X370J颁况ao5534.5出错处理和恢复出错时重新运行回到主界面。
