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1、现代生物学实验技术生物信息与数据处理,毛理凯,本课件在安装微软雅黑字体后有最好效果【详细说明见jiaoan.htm】,2,机房注意事项,不得做课堂以外的事情，一经发现，立刻驱逐并记录通报。严禁随意设置、升级系统。将自己产生的垃圾带走；爱护机房设备。有问题通报老师。部分鼠标不好使，下面垫张白纸就可以了。注意脚不要踢到下面的线。仔细阅读教案，提问前先在本教案上找答案。,3,电脑操作相关事项,登录开机自动进入Ubuntu系统（Linux的一个版本）后，输入用户名owner和密码buxudong!登录。复制教案(可选)点击菜单栏上的“Places/Home Folder”打开文件查看器（File Br
2、owser;相当于Windows的资源管理器），如果没有看到jiaoan.ppt（或jiaoan.htm)文件，按照下列步骤复制。,4,如何复制教案(可选),打开终端窗口（双击桌面上的或单击菜单栏上的黑色Terminal按钮）。在终端窗口输入“scp 192.168.0.1:/home/owner/jiaoan.htm.”后回车（注意最后有个点号），将拷贝教案文件（如有提示则按要求输入密码）。注意：在终端窗口输入密码不会有任何显示！（实际上密码已经输入，输完后回车即可）。回到文件查看器，找到并双击jiaoan.htm即可打开教案（或者先打开Firefox浏览器，从File/File Open菜
3、单中找到该文件再打开）。,5,本课目录,生物数据查询分子进化与系统分析,6,一、生物数据查询,7,网上查资料,Google(“谷歌”)http:/,8,Google查询结果,9,查中文生物文献,10,查英文生物文献,PubMed(),可编程,11,关键词的选择,不是特殊情况，尽量使用名词原形，不使用复数、所有格等尽量使用专业用语，不使用the,of,and,research等常用词作为关键词为了减少遗漏，使用尽可能少而精的关键词,12,PubMed查询结果(1)所有文章,13,PubMed查询结果(2)综述文章,保存搜索结果,查看该文摘要,14,增加搜索选项,15,精确使用PubMed查找（高
4、级搜索）,标签(tag),字段(field),关键词(keyword),操作符(operator),检索条件(search terms),16,查找帮助(1),17,查找帮助(2),18,NCBI,美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information)前身是NIH所属的一个研究所的计算生物学研究室,1988年独立为NCBI,形式上属于国家医学图书馆(National Library of Medicine/NLM)管理着许多著名数据库,如GenBank、Medline、dbSNP、COG、OMIM等提供Entrez、BLAST等服
5、务,19,国际核苷酸序列数据库联盟,International Nucleotide Sequence Database Collaboration(INSDC)包括GenBank美 EMBL欧 DDBJ日 每天这三个数据库作数据同步操作在任何一个数据库操作(查找、投递数据等)是等效的,20,GenBank主页,可编程,21,GenBank结构,GenBank包括三个子数据库CoreNucleotidedbESTdbGSS其中CoreNucleotide还分为更小的BLAST数据库nrhtgswgsenv_nt,22,GenBank查询(1),已知收录号(accession number)的情
6、况,选数据库,输入收录号,查询结果摘要,点击查看详细结果,不知收录号时，如要搜索人体中的解旋酶，可以在下拉框中选择“Nucleotide”后，输入“helicase AND humanorgn”（不要输入引号）,23,作业,【作业一般性的要求参见附录一，本作业具体的要求见下。】题目用PubMed搜索你感兴趣的课题相关的 序列 或 综述文献(review)。要求将搜到的文献/序列的基本信息（文献包括标题、杂志名、卷、期、页码、时间、作者，注意不要摘要；序列只要简单注释）上交。文献总篇数/序列总条数限制在20以内。如果超过20不列出超出的部分，只列出实际的总数。在步骤中说明你选择 关键词 和 限制
7、条件 的理由。,24,二、分子进化与系统分析,25,FASTA序列格式,也叫Pearson格式简单使用最多例子(单序列),Name of the sequencectgcgagNcgcgcgatgatagMMM-NNNnnnnatgancgcggcgagcatgtagcatgctagctgtcgcgagcactUUUURRRrrrrrrrcggccgagatcaggcgatgcatgcgcagggagcagcgagcgacgagcacagcatgctagctagatgcatgctaVvvvcgtaggcagccgcc,“-”表示间隔,26,多序列FASTA,sequence1,E.colict
8、gcgagNcgcgcgatgatagMMM-NNNngnnatgancgcggcgagcatgtagcatgctagctgtcgcgagcactUgaURRRrrrtrrrcggccgagatcaggcgatgcatgcgcagggagcagcgagcgacgagcacagcatgctagctagatgcatgctaVagvcgtaggcagccgccsequence2,B.subtilisctgcgagNcgcgcgatgatagctgactNntnatganncgcggcgagcatgtagcatgctagctgtcgcgagcactUctURRRrrrcrrrcggccgagatcag
9、gcgatgcatgcgcagggagcagcgagcgacgagcacagcatgctagctagatgcatgctaVcgvcgtaggcagccgccsequence3,B.nattoctgcgagNcgcgcgatgatagMcgatcccnatgannncgcggcgagcatgtagcatgctagctgtcgcgagcactUggURRRrrrggrrcggccgagatcaggcgatgcatgcgcagggagcagcgagcgacgagcacagcatgctagctagatgcatgctaVaavcgtaggcagccgcc,27,FASTA序列格式中的核苷酸表示法,28,
10、FASTA序列格式中的氨基酸表示法,29,如何用PubMed找蛋白(BLAST第一步),选Protein,输入关键词,选一个蛋白,30,blastp(1)BLAST主页,点此进入blastp起始页,31,blastp(2)blastp起始页,在这里输入要搜索的蛋白质的收录号(accession number)或序列,点此开始搜索,如果要限制搜索的物种（如水稻），可在Organism处输入Oryza sativa（水稻的拉丁名）,32,点此看结果,blastp(3)提交后页面,33,blastp(4)结果页(1.基本信息),34,blastp(5)结果页(2.比对图),35,blastp(6)结
11、果页(3.高分序列),36,blastp(7)结果页(4.高分序列详细结果),consensus,37,比对(MEGA),38,比对,39,比对,40,建树(MEGA),关闭比对窗口后自动弹出对话框,41,建树,42,作业,【作业一般性的要求参见附录一，本作业具体的要求见下。】搜索你所感兴趣的蛋白及其同源物的序列（序列不超过20条），分析这些序列之间的进化关系，建立系统树。将树输出为（File/Export；相当于另存为）Newick格式，将输出的nwk文件的内容（例子见下）复制在作业正文内（不要贴图）。并对结果进行解释。【Newick树例子】(gi|42673|emb|CAA23618.1|
12、_recA_gene_pr.,gi|86449963|gb|ABC96175.1|_RecA_prote.)0.18,(gi|37362719|gb|AAQ91336.1|_RecA_Esche.,gi|86449965|gb|ABC96176.1|_RecA_prote.)0.21,gi|86449967|gb|ABC96177.1|_RecA_prote.);,43,附录一 作业一般性的要求,请严格按照要求（包括一般性和具体要求）做作业，这些要求将作为打分的重要依据。任选以上作业之一上交。作业要包括详细完成步骤，其中的所有引用或用到的网页/文献请注明网址或出处。作业请在第8周（4月19日）
13、之前在上交。,44,附录二 常见问题集,什么是文件的扩展名？怎样才能看到扩展名？扩展名是文件名末尾点号(.)后面的部分，如文件实验报告.doc的扩展名是doc。缺省情况下，Windows XP会（Linux一般不会）隐藏已知的文件扩展名。要想看到扩展名，打开资源管理器，点击菜单项工具/文件夹选项，选择查看标签，去掉隐藏已知文件类型的扩展名复选框即可。什么是纯文本文件？什么是二进制文件？纯文本文件一般也叫文本文件。一个简单的判断文本文件的方法：用记事本（Windows下）或gedit（Linux下）打开这个文件，能够阅读的为纯文本文件，不能阅读的为二进制文件。另一个方法，由扩展名判断。常见的纯文本文件有：文本文件(txt)、网页文件(htm,html)等；常见的二进制文件有：Word文件(doc)、PowerPoint文件(ppt)、Excel文件(xls)、图形文件(jpg,gif,png,.)、音频文件(wav,mp3,.)、视频文件(avi,wmv,rm,rmvb,mov,.)、可执行文件(exe)等。Linux下如何编辑纯文本文件？在终端窗口输入命令gedit&（不要引号），再回车即可。,45,完,
