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1、文献调研、阅读、开题报告,第一部分：文献调研,文献调研的意义 文献调研的误区 文献调研的原则 文献调研的关键 文献调研的步骤,文献调研的意义,文献调研-为了进行某项科学研究、论文写作而进行的信息检索和信息利用活动。文献调研-提高研究起点 提供研究思路 节约研究时间 学术创新的基础 遵循学术规范最基本的要求 研究生开题 科研立项 撰写文献综述 撰写学术（学位）论文,目的不够明确信息源不了解调研途径单一学术思想不够,文献调研的误区,文献调研-获取信息资源,信息意识,信息能力,文献调研的原则,新颖性完整性经济性连续性多样性,新颖性,选择更新速度快、内容新颖的调研信息源利用先进的信息技术获取信息,信息
2、源:选择来源广、文献来源级别高的数据库和检索工具检索:制定科学合理的检索策略,提高查全率、查准率（查准率要求更多些）,完整性,经济性,就近检索数字资源网络资源免费资源,连续性,世界科技进展信息源变化经常调研更新信息储备,文献调研的关键,查全：全面、合理地选择数据库-文献类型、出版时限、地域范围（语种）、概念范围 查准：准确、规范的检索词及其逻辑关系-准确的专业术语正确的逻辑关系,文献类型,理工科期刊论文会议论文专利科技报告（科技成果）标准学位论文专著,人文社科专著期刊论文会议论文学位论文 人文类工具（书）,文献调研的步骤,确定检索词（以专业需求）选择数据库（先全文后两次类数据库）制定检索策略（
3、逻辑算符等）调整检索策略（多次检索完成目标）阅读分析检索结果（根据信息资源形式多种方式阅读精华部分）提取调研结论,确定检索词,选最有代表性、最能说明问题、通用的、规范的、具体的检索词。试查相关专业数据库，进行初步检索，优化检索策略。使用主题词进行检索。依据数据库检索词表选择检索词（EI、EBSCO）（维普数据库同义词、近义词选择）。在GOOGLE中选择外文检索词。,选择数据库,专业数据库是科技文献调研的首选具有严谨性、规范性和连续性，具有较高的学术价值数据库检索功能强大，检索结果准确、可靠了解本学科相关数据库,数据库选择顺序 先国内后国外，先中文后外文，先期刊文献后会议文献、报告 利用文摘数据
4、库（两次文献库）,选择数据库,3.制定检索策略与检索策略的调整,检索策略（见上次讲座）。对检索策略进行调整：就是根据具体检索反馈的检索结果，对检索式进行调整，直到相对满意的检索结果检索结果较少，可以扩检-将检索词的上位类词、近义词等补充进去-调整逻辑算符，如改“and”为“or”-使用截词算符？/通配算符*，精确检索改“模糊检索”-取消或放宽检索限定，如检索年限，检索期刊等-增加或修改检索入口，如增加文摘、全文、全字段检索等检索结果过多-缩检，方法与扩检相反。-结果中检索（精炼、两次检索）,应用Web of Knowledge、EI、CNKI数据库的分析功能-作者：了解国内外同行信息-机构名称
5、：了解同行竞争机构-出版年：了解研究发展趋势-来源出版物：了解本领域重要或顶级期刊-学科类别：了解交叉学科/领域的发展应用-文献类型：快速查找期刊文献、综述、会议文摘和会 议论文,独特数据,通过以上数据库的检索和文献的阅读，基本可以了解国内外研究的动态，可以阐明项目的科学依据和理论基础，从而确定所选项目的研究内容、研究方法、技术路线，并最终突出项目的创新性。,第二部分：文献阅读,找一些本研究领域的文献综述（review、Summary）主要是了解研究领域的框架熟悉研究重点和焦点掌握研究领域的大方向了解研究的创新所在检索相关文献 根据综述的作者、所引用的文献以及被引用的情况进行展开搜索。其实，引
6、用与被引用的关注，也是一种文献的阅读。期刊文章或博硕士毕业论文的绪论部分、摘要、结论。,检索综述类文献阅读,(1)先看关键词、摘要略读 关键词是全文的主题思想，必须阅读。完整的读一下摘要，看看是否跟自己的研究方向相关。（特别是国外数据库）(2)再看引言概读 看看引言中是怎么阐述其研究思路的，研究的问题是什么、怎么得出要做所做研究的想法的。(4)注重论文的结论精读 有些论文每个章（节）都有结论分析、讨论。(3)阅读全文精读 觉得以上几点都比较的合乎自己的研究方向，那么就开始全面的仔细的阅读全文。,如何阅读一篇文献（总体）,对于刚刚开始接手一个课题方向什么也不知道的情况下，所查到的头几篇文献都是作
7、为精读的，如果能查到一到两篇跟自己所做方向相关的综述文章，肯定要进行精读，力求完全吸收，弄懂这个领域内所涉及到的概念、术语、研究现状和日后的研究方向。,(1)多数文章看摘要，少数文章看全文 文献不在于多，而在于精。大批的文献必须要仔细研读其摘要，经过人为的筛选,选取比较经典及更具价值的文献来进行精读,因为真正有用的全文并不多。(2)集中时间看文献 看文献的时间越分散，浪费时间越多，越容易遗忘。集中时间看更容易联系起来，形成整体印象。(3)做好记录和标记 好文章可能每读一遍就有不同的收获，每次的笔记加上心得最后总结起来就会对自己大有帮助。,如何阅读一篇文献（分述）,(4)准备引用的文章要亲自看过
8、，避免以讹传讹(5)注意文章的参考价值 刊物的影响因子、文章的被引次数能反映文章的参考价值。但要注意引用这篇文章的其它文章是如何评价这篇文章的：支持还是反对，补充还是纠错。(6)搜索近期（最近1至2年，最多3年）相关的会议论文和期刊论文，哪些方面的文章多，说明还是研究热点。但是一些老的经典文献还是要看的，有些基础性的东西需要掌握，才能帮助你进行研究。,如何阅读一篇文献（分述）,开题报告是课题研究的重要组成部分（前期工作）开题报告决定课题研究的深度与广度深度与广度有合适的度在自己研究范围内，不强调“无限”深入与扩展开题报告是研究计划的体现开题报告也是信息收集的开始开题报告，就是当论文选题方向确定
9、之后，在调查研究的基础上撰写的选题计划。它主要说明这个选题应该进行研究，自己有条件进行研究以及准备如何开展研究等问题，也可以说是对选题的论证和设计。开题报告是提高选题质量和水平的重要环节。,第三部分：开题报告,对初涉研究者而言，什么重要？,形成一种科学研究基本理念，养成科学研究的精神、良好的科研习惯（不浮夸、不抄袭，认真、仔细）选好一个课题题目，一般或创新性课题完成一份具体、切实可行的开题报告开题报告可发现存在的问题和改善计划查阅与个人课题相关的2040篇中外文文献、并最好基于此完成一篇综述根据开题报告框架，实施研究撰写论文，投稿发表、提交学位论文,写好开题报告应做的基础性工作,了解别人在这一
10、领域研究的基本情况研究工作最根本的特点就是要有创造性，熟悉了别人在这方面的研究情况，我们才不会在别人已经研究很多、很成熟的情况下，重复别人走过的路，而会站在别人研究的基础上，从事更高层次、更有价值的东西去研究掌握与课题相关的基础理论知识 理论基础扎实，研究工作才能有一个坚实的基础，否则，没有理论基础，你就很难研究深入进去，很难有真正的创造。,1、题目2、作者、指导者、参与者姓名3、前言（引言、问题）4、技术路线5、研究对象与方法、统计分析方法6、时间计划7、预期（可能的）结果8、可行性分析 9、参考文献 10、其他说明：如已有课题、参与谁人课题等,开题报告基本框架,一.立论依据 研究的意义 国
11、内外研究现状，即主要针对研究对象进行综述评论（目前存在问题、可以深化的是什么、各自特点？）介绍 参考文献，所阅读文献的情况：（非综述）研究者的群体国家地区文献种类语种的,开题报告具体内容的填写,开题报告具体内容的填写,二.研究方案1.研究目标和研究内容 研究目标 研究内容 拟解决的关键问题 2.研究方法和可行性分析 拟采取的研究方法 研究程序（技术路线）可行性分析 3.本研究的特色与技术创新之处 4.预期研究进展和成果三.论文大纲,论文题目：功能基因组的复杂逻辑网络及其应用研究一、立论依据（选题的研究意义、国内外研究现状分析）随着基因芯片等高通量数据采集技术的发展，大量生物数据涌现，为系统地从
12、基因水平研究生物学提供了丰富的素材，也发展出许多有效的数据分析方法。但是生物学的研究仍然明显地面对这样的局面：一方面海量的实验数据在日益增长，另一方面却只有少量的蛋白质（或基因）功能机理为人类所知，导致为功能基因组建立机理模型变得困难。意味着传统依赖生物实验方法已难高效率地揭示复杂的生物现象和规律。（以上是存在问题的现状）2004年Bowers系统地建立了对蛋白质系统发生谱数据的逻辑分析方法（logic analysis of phylogenetic profiles，简称LAPP），正在改变这样的局面。（以上提出解决问题的技术方法，以下是该技术解决问题概述）由于对一个复杂系统来说，清楚地了
13、解所有元素（或部件）之间的关系是十分困难的，直接进行机理性建模并不是普遍可行的。,开题报告实例（资料来自网络）,论文题目：功能基因组的复杂逻辑网络及其应用研究一、立论依据（选题的研究意义、国内外研究现状分析）LAPP与通常的机理建模方法不同，它是一种从元素的表达数据出发，通过一系列有效的逻辑分析，发现元素之间的逻辑关联性的方法。这就使得通过数据分析建立逻辑性的机理模型成为可能。在生物学中，随着研究的不断深入，研究者已经不满足于揭示元素（蛋白质、基因）之间简单的相关性，还希望知道两个（或多个）元素之间具有“怎样”的相关性。LAPP方法可以揭示这些元素之间更深入的关系，即逻辑关系，而LAPP方法能
14、够批量地发现这类逻辑关系。这种方法可以帮助生物医学研究者了解一些未知蛋白或基因之间的可能的逻辑功能，从而通过实验发现它们之间新的生物学机理。,开题报告实例（资料来自网络）,论文题目：功能基因组的复杂逻辑网络及其应用研究一、立论依据（选题的研究意义、国内外研究现状分析）自Bowers的开创性工作后的几年来，这个方法在理论、算法和应用上都有了新的发展。（以下是解决问题的新进展）发现的逻辑关系很自然地从一阶、二阶发展到三阶和更高阶的逻辑；并且一些作者还提出新型逻辑：一个原因多个结果的逻辑类型和与取值有关的逻辑类型；除了U值算法可以发现元素之间的逻辑关系之外，还有贝叶斯方法等概率算法和数据挖掘算法，用
15、于发现数据中的逻辑关系。（以下是解决问题后的新应用）,开题报告实例（资料来自网络）,论文题目：功能基因组的复杂逻辑网络及其应用研究一、立论依据（选题的研究意义、国内外研究现状分析）在应用方面，逻辑分析不仅应用在系统发生谱数据上（离散数据）去揭示未知蛋白的功能，还应用在肿瘤的基因表达数据上分析致病机理，给临床治疗提出建议，甚至结合其他形式的数据一起分析各种类蛋白之间的关系。（以下是阐述LAPP存在的不足，同时引出加以研究的可行）同时，LAPP方法也有其缺陷和困难之处，在应用方面也远没有推广。因此，LAPP方法无论在理论、算法和应用上都具有广阔的发展空间。（以下是作者对这个问题研究、发展的思想）,
16、开题报告实例（资料来自网络）,论文题目：功能基因组的复杂逻辑网络及其应用研究一、立论依据（选题的研究意义、国内外研究现状分析）复杂系统是当今科学与工程研究中最常见的对象在系统中，元素之间和子集之间具有一定关联性这些关系及其全体的组合成为系统的结构。用连线、箭头或者加权的边表示，其整体构成网络图（无向、有向、加权等等），因此，复杂系统对应着复杂网络。生物学家经常利用大规模网络来研究复杂的生物学现象，例如生物学中的各种系统（血液、内分泌、解剖、功能基因等）。,开题报告实例（资料来自网络）,论文题目：功能基因组的复杂逻辑网络及其应用研究一、立论依据（选题的研究意义、国内外研究现状分析）更有意义的是，
17、用LAPP方法揭示复杂网络中元素（部件）之间的因果关系或制约关系之后，启发人们对网络的调控发展出更多更有效的方法。在研究和揭示生物学现象的复杂性和规律性中，这种系统的方法显然有相当的价值。因此，LAPP方法也是生成复杂逻辑网络的一个重要方法，可以用于其他领域的复杂系统的研究将LAPP方法应用到构建复杂功能基因组网络中，并对基因网络进行结构分析与调控。目前通过文献检索并未发现有关方面的研究报告。基于此，提出了本文的研究。（从自己思想、调研发现、到可以研究的结论）,开题报告实例（资料来自网络）,论文题目：功能基因组的复杂逻辑网络及其应用研究二、研究方案1研究目标、研究内容和拟解决的关键问题研究目标
18、使用模拟计算的方法大规模的研究基因表达调控网络，建立一种分析多元基因非线性逻辑关系和基因表达调控网络模型的方法，为分子生物学家提供一种细胞分子通路和基因表达网络分析的方法分析手段和参考模型。（与前述发现可以扩展研究的方面一一对应）,开题报告实例（资料来自网络）,论文题目：功能基因组的复杂逻辑网络及其应用研究二、研究方案1研究目标、研究内容和拟解决的关键问题研究内容生物体本身是一个复杂系统，网络模型是对复杂系统的高度抽象。本文主要研究生物中的基因网络：用LAPP方法建立功能基因组（或蛋白）之间的逻辑关系，由此生成功能基因组的高阶逻辑网络，并对高阶逻辑网络拓扑结构和统计性质进行研究。把研究结果应用
19、到拟南芥和肿瘤（结肠癌和黑素瘤）基因组上，对生物反应机制和致病机理进行模拟调控，从而揭示生物学上的一些规律。（以上要研究解决的具体问题）,开题报告实例（资料来自网络）,论文题目：功能基因组的复杂逻辑网络及其应用研究二、研究方案1研究目标、研究内容和拟解决的关键问题关键问题（以下是对研究问题的深化）逻辑的存在性和不确定性系数的度量；元素之间三值逻辑的存在性判定的计算方法及三值逻辑的分类；复杂高阶逻辑网络的拓扑结构、社区结构和统计学性质；确定元素之间逻辑关系的各种算法之间优劣性比较（信息论的方法、概率统计方法、贝叶斯模型等等）,开题报告实例（资料来自网络）,论文题目：功能基因组的复杂逻辑网络及其应
20、用研究二、研究方案2拟采取的研究方法（技术路线、实验方案）及可行性分析本研究涉及到复杂网络、系统生物学、统计学等领域，需要的大量文献工作和计算模拟，因此，主要的方法是理论推导证明、数据收集整理、计算机计算模拟和文献查找索引。理论推导与证明主要涉及三值逻辑的分类、复杂逻辑网络的统计学性质。时间安排（收集文献、调研、大纲、与导师交流、初步研究、中期修改、导师交流、定稿。如有：还要考虑试验、实验等时间）,开题报告实例（资料来自网络）,论文题目：功能基因组的复杂逻辑网络及其应用研究二、研究方案2拟采取的研究方法（技术路线、实验方案）及可行性分析数据收集与整理拟南芥的数据来自依立诺伊大学生物实验室、肿瘤
21、数据来自网络公开数据。计算机计算和模拟有两个方面：一是指基因之间逻辑关系的不确定性系数U值的计算；二是建立网络之后，用计算机模拟关键基因的调控作用和网络的动力学行为。文献工作是为了检验所得结果是否可靠、是否具有生物学意义，主要指肿瘤方面，拟南芥方面可以咨询专家或进行生物学实验。,开题报告实例（资料来自网络）,论文题目：功能基因组的复杂逻辑网络及其应用研究二、研究方案3本研究的特色与创新之处三值逻辑的U值算法及其推广复杂高阶逻辑网络的建立和调控此外，复杂高阶逻辑网络的相关理论研究（拓扑结构、社区结构、统计量）也是一块新的领域。4.预期成果（论文、产品、软件、著作等等）5.根据开题报告工作，确立研
22、究（论文）大纲（要与导师密切交流）,开题报告实例（资料来自网络）,开题报告常见问题,科学作风问题（错别字、排版不美观、时间计划、研究内容不严谨）语言描述方面(我不打算*、语句不通顺、计量不统一)题目（不够简练、题目不全）参考文献（引用位置要标注、规范、数量、时效、外文文献）（数量一般10-20，中外文兼有）技术难度及工作量方面（显而易见的技术问题被忽略、工作量和难度不能具体分析）课题内容及具体方案方面（课题内容，拟采用的设计方法，技术路线，实验方案的可行性分析。）预期成果问题（不能够明确、或不能实现）整个开题报告篇幅大约有A4纸张，五号宋体，单倍行距，34张即可。,开题报告常见问题,题目太大或不明确、不恰当、不合适问题的提出过于空洞、夸大研究目标设置过多、不具体、泛泛方法描述缺乏具体，过于笼统或缺乏规范结果叙述层次感不强，有时罗列没用的数据，有的过于简略，表述不规范讨论问题较多：不能围绕研究结果展开讨论，空洞泛谈太多，措辞和语句毛病多，提出太多空泛的建议，引用文献不具体结论下得太多，有时多达610个建议，且空洞无物。参考文献格式、字体不规范、错误多、重复的多，英文尤甚。,谢 谢,
