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1、分子生物网络分析复习题,教 师：崔 颖办公室：外语学馆412室E-mail:,第0章 引言,一、名词解释：网络、网络科学、分子生物网络二、简答题：1.网络科学的子学科包括哪些？2.美国宾夕法尼亚州立大学教授Albert在报告中介绍了在网络科学和系统生物学交叉领域的3个重大研究课题是什么？3.生物网络主要研究的基本性质？4.生物分子网络的分类？,第1章 生物分子网络基础,一、名词解释：复杂网络、直径、平均路径长度、聚类系数、介数、紧密度、拓扑系数、度的分布函数、聚类系数的连通度函数、随机图理论。二、简答题：1.哪些生物分子网络通常是无向网络？2.如何通过网络拓扑属性分析节点在网络中的作用？3.什
2、么是中心（hub)节点？生物分子网络中的中心节点有什么特点？4.网络中的弱连接和强连接都分别有什么作用？5.复杂网络的复杂性主要表现在哪几个方面？6.什么是度分布，通常有几种度分布函数，请举例说明。,第1章 生物分子网络基础,三.计算：1.计算下图D点的拓扑属性2.计算网络的拓扑属性。3.计算图中BD边的介数。4.计算图中点D的介数。5.请指出图中的中心节点。6.给出图的度分布情况。,第2章 网络拓扑基本模型及其性质,一.名词解释1.全局耦合网络；2.最近邻耦合网络；3.星形网络；4.均匀网络；5.无标度网络；6.随机网络；7.鲁棒性；8.脆弱性；9.设计网络；10.演化网络；11.马太效应；
3、12.分形几何；13.适应度；14.模块；15.模体；16.等级网络；17.超家族；18.自相似性；,第2章 网络拓扑基本模型及其性质,二.简答题1.规则网络的分几种类型？每种类型网络的平均路径长度、聚类系数，度分布都有哪些特点？2.随机网络图具有的性质？随机网络模型的拓扑特点？3.典型的小世界网络模型有哪些？并比较它们之间的网络拓扑属性的异同？4.无标度网络的拓扑属性？5.比较无标度网络与随机网络模型。6.Barabsi和Albert提出了一个无标度网络模型，现在称为BA模型考虑到实际网络的两个重要特征。7.BA无标度网络的构造算法？,第2章 网络拓扑基本模型及其性质,8.BA模型存在两点不
4、明确的缺点是什么？9.适应度模型的构造算法？10.局域世界演化网络模型的构造算法？11.模块迭代方法？12.WS小世界模型构造算法？13.NW小世界模型构造算法？14.如何判断网络子图为模体？15.等级网络构造算法16.自相似性的特点？17.什么是盒子计数法？18.什么是重整化过程？,第2章 网络拓扑基本模型及其性质,三.计算题1.初始网络含有4个节点，一条边，经过9步,构造BA模型，即m0=4,m=3,t=9.2.某随机网络含有节点数N=10，P值分别为：0，0.1，0.2，0.4请给出随机化演示过程。3.用WS小世界模型构造一个网络，其网络含有10个节点，P=0.25.4.计算超家族中的子
5、图性质。5.构造等级网络.6.盒计数法求维数。7.盒计数法推广算法求网络分割。8.重整化网络计算。四.专业英语,第3章 生物网络特征及分类,简答题：1.发现生物网络并应用网络图的典型案例.2.生物学面临的新挑战是什么？3.人类基因组计划为分子网络的发展带来了新的机遇，促进了哪些网络的快速发展？4.分子生物网络的基本特征是什么？5.如何理解分子生物网络的度的负相关性？6.如何理解分子生物网络的超小世界性？7.生物分子网络大致上分成哪四个层次？8.分子生物网络的构建方法有哪几种？,第4章 基因调控网络及其模型,一.名词解释：1.基因调控网络、2.正向工程、逆向工程、3.布尔网络模型、4.系统生物学
6、、5.点吸引子，动态吸引子、6.有向图模型、有向超图模型、7.线性组合模型、8.加权矩阵模型、9.互信息关联模型、10.基序、11.模块、12.前馈环、13.反馈环,第4章 基因调控网络及其模型,二.简答题：1.基因调控网络的研究内容是什么?2.传统遗传学假说?3.基因调控网络的组成？4.基因的表达是可控制及多层次的，主要有哪4个调控层次。5.从生物网络的观点来看，GRN包括哪6种控制节点，并绘制基因调控网络控制节点图。6.基因调控网络的节点包括哪些？7.目前常见的基因调控网络包括哪些模型？8.生物网络的研究主要分为哪两类，研究内容都是什么？9.布尔网络的稳定状态分为哪些，布尔网络模型有哪些优
7、点和缺点？10.布尔网络在基因调控网络中的主要应用体现在哪几个方面？11.布尔网络模型具有哪4个特点？,第4章 基因调控网络及其模型,12.请详细介绍有向图模型。13.连续网络模型评估主要依据哪些标准？14.基因调控网络的调控机制有哪些？15.顺式调控-顺式作用元件包括哪些，分别是如何定义的？16.反式调控-反式作用元件：包括哪些，分别是如何定义的？17.目前研究较多的网络模体主要有哪些，请给出相应的图示。18.大肠杆菌网络中最常出现的基序有三种？19.大肠杆菌网络中出现的前馈环可能有几种？哪些是相干的前馈环，哪些是不相干的前馈环？请给出图示。20.请给出常用生物网络分析和可视化软件，并介绍其
8、主要功能。21.基因调控网络常用数据库有哪些，分别是包括哪些物种。22.请给出基序和模块的区别？,第4章 基因调控网络及其模型,三.论述题1.从UCSC上获取九个转录因子靶向的启动子，及共有19,253个基因转录起始位点，上游约8kb，下游约2kb的序列信息，以及相应的基因靶点数据，包括靶向基因及靶向位置，请结合以上数据，论述如何构建及分析基因转录调控网络。,第4章 基因调控网络及其模型,四.计算题1.布尔网络模型,第5章 蛋白质相互作用网络,一.名词解释：1.蛋白质相互作用2.蛋白质相互作用网络3.蛋白质组4.蛋白质组学,第5章 蛋白质相互作用网络,二.简答题：1.蛋白质有以下几种最基本的生
9、理功能？2.蛋白质组学的研究目的、研究内容和意义？3.为什么蛋白质之间的相互作用是非常重要的生物学功能。4.研究PPIN的计算方法中面临着哪些挑战性问题。5.蛋白质互作检测技术有哪些？6.蛋白质互作数据库有哪些？7.举例说明蛋白质相互作用网络中的模体和模块及其特点。,第5章 蛋白质相互作用网络,三.论述题1.为揭示蛋白质的进化率和它所在的模体之间的关系，如何酿酒酵母的蛋白质相互作用网络进行分析。2.请结合你所了解的蛋白质相互作用网络，讨论如何分析网络中的模体和模块。,第6章 人类疾病网络,简答题：1.人类疾病都是“基因病”包括哪几个类型。2.癌症发生的主要机理是什么？3.人类癌症病症是如何产生
10、的？,第6章 人类疾病网络,论述题：1.从OMIM数据库获得人类疾病1284个疾病基因1777个，请结合已有知识分析讨论如何构建人类疾病网络及如何进行网络分析。,第7章 信号转导网络,一、名词解释：1.第一信使2.第二信使3.信号转导4.信号转导通路5.信号转导网络,第7章 信号转导网络,二、简答1.简述信号转导过程。2.至少列举3个常用的信号转导数据库，并说明其特点。3.建立信号转导通路模型一般分哪几个步骤。4.常用信号转导网络模型有哪些。5.信号通路识别方法有哪些？6.请指出与脑肿瘤、乳腺癌以及肠癌有关的信号通路。7.Petri网络模型包括的主要元素有哪些？8.信号转导网络有哪些用途？9.
11、微分方程等定量分析模型有哪些优点和缺点。10.请描述什么是概率图模型，又包括哪几个模型。,第8章 代谢网络,一.名词解释1.代谢2.代谢途径3.代谢网络4.同化作用、异化作用5.合成代谢、分解代谢6.流，交换流，内部流,第8章 代谢网络,二.简答1.代谢网络包括哪些研究内容？2.代谢的一个重要特征是什么？3.代谢网络模型的基本元件有哪些？4.代谢网络有哪些特性？5.三大营养物质代谢途径是什么？6.科学家提出了基于网络的代谢路径分析方法有哪些？7.代谢网络常用数据库有哪些，各自有什么特点？8.概括地说，MN分析主要包括哪 4个步骤？,第8章 代谢网络,三.计算题.请找出下列代谢网络中的ExPa路径。,
