EST数据分析平台的构建.ppt

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1、EST数据分析平台的构建,石河子大学动物科技学院贾 斌,功能分类及代谢途径分析,目标基因的分析及应用,cDNA文库的构建,随机挑取克隆进行5或3端测序,序列前处理,聚类和拼接,EST数据注释,分析平台的构建,文献检索与数据收集,数据公布，形成文章,一、硬件介绍：1、个人电脑(PC机)2、PC Cluster(集群)3、小型服务器 4、大型机二、Unix操作系统及其常用命令简介(man、ls、cd、more、rm、mkdir、chmod、gzip、tar)三、常用EST数据分析软件的安装：例：1、BLAST 2、ClustalW 3、InterProScan 4、Perl,一、硬件介绍,1、个人

2、电脑(较少数据，简单运算):EST分析所需的基本配置：处理器：1.7G CPU；内存：518MB以上；(BLAST：4000条EST与nt库比对，30MB)硬盘：50GB以上；,一组完整的计算机互联，作为统一的计算资源一起工作，并有一台机器的印象。,2、PC Cluster（较多数据、较复杂运算）,优点：自由组装，良好的可扩展性；性价比高；抗突发性；速度快。缺点：不够稳定。,2、PC Cluster,品牌：IBM、HP、SUN、Intel、DELL、曙光、浪潮、联想、方正等。外形：塔式、机架式、刀片和机柜式。,3、小型服务器(较多数据、较复杂运算)：,选购标准：（1）稳定性能（最重要）（2）针

3、对性原则（3）够用原则,3、小型服务器,低档配置 中档配置 高档配置CPU Xeon DP 2.6G*1 Xeon MP 3.0GHz*1 Xeon MP 3.0GHz*2Opetron 2.0G*1Opteron 2.6G*2(Intel)缓存:512KB 缓存:1024KB 缓存:8192KB(AMD)1024KB 1024KB 内存(标准)512MB 1024MB 1024MB*2(最大)4096MB 30786MB 30786MB(工作频率)133MHz 266MHz 400MHz硬盘 73G*2 73G*2 0价格 7000-10000元 14000-16000元 20000-400

4、00元,3、小型服务器,3、小型服务器（数据安全）,缺点：价格较高；操作系统、设备和部件比较专用，用户 本身维护困难；可扩展性不强。,3、小型服务器,一般指system/360 开始的一系列的IBM计算机；也可以指其他厂商制造的兼容系统。特点：并行性；软硬件协同。,4、大型机(海量数据、复杂运算)：,优点：高可靠性；高可用性；高服务性。缺点：设备昂贵；维护困难；可扩展性不强等。,4、大型机,EST数据分析常用硬件设备比较,二、Unix/Linux及其常用命令简介,1、Unix概述：功能强大的操作系统，管理计算机资源。典型的服务：执行新程序；打开文件；读文件；分配存储区等。,2、不同风格的Uni

5、x：1）Linux:自由软件(免费、修改、传播)；具有Unix的全部功能；对硬件要求低；稳定。比较流行的版本：Red Hat Linux、Turbo Linux、Slackware Linux、SuSe Linux。,主要特点：（1）开放性;（2）多用户;（3）多任务;（4）良好的可移植性;（5）可靠的安全系统：对读、写控制、带保护 的子系统、审计跟踪、核心授权等。,1）Linux:,2）其他常见的Unix版本：BSD（伯克利软件发布版）；各种商业版的Unix系统，比如：SCO Unix。品牌机常用：Solaris(Sun)，IRIX(SGI)，Digital Unix(Compaq)，HP-

6、UX(HP)和AIX(IBM)。,（一）Linux与MS-DOS：有些命令相同或相似，如cd(.)cd(.)、telnettelnet等；Linux的多用户、多任务、网络等功能是MS-DOS所不能比的；,3、Linux与其他系统的比较：,（二）Linux与Windows:Windows:专用系统，开发公司控制接口和设 计，建立严格的标准，价格高。Linux:自由软件。,3、Linux与其他系统的比较：,1）系统需求：安装Red Hat Linux 9.0所需的最低配置：200MHz奔腾或者以上的CPU；256MB以上内存；最少475MB的硬盘空间，如果希望完全安装，需要5.0GB的硬盘空间。,

7、4、建立一个Linux工作站：,2）对硬盘进行分区；3）选择安装方式：.最小(约需475MB)；.所有推荐软件包(约需10 0 0MB)；.所有推荐软件包加上商业软件包(约需要5 0 0 0MB)。,4、建立一个Linux工作站：,具体安装步骤可参考以下资料：http:/；http:/；Linux安装与配置指南清华大学出版社 高鹏 著,4、建立一个Linux工作站,5、Linux的应用：（1）系统的登陆,登陆到服务器：文字界面方法：telnet登陆。如：打开“开始”“运行”，在跳出的窗口中键入“telnet+服务器IP地址”。登陆到服务器后，键入用户名和密码。,登陆到服务器：,图形化界面方法：

8、用Windows下的X-server软件(如：X-win等)登陆到服务器上工作(输入服务器IP地址，键入用户名和密码)，结果显示在本地计算机上。,（2）shell提示符:编写、启动、挂起、停止程序。Unix系统常用的shell：bash、tcsh、csh、ash、sh、zsh、ksh等。Linux默认shell为bash。,（3）常用Linux命令(区分大小写)：命令名称 作用 man 获取帮助 ls 列出当前目录下的文件 cd 切换子目录 more 显示文件内容 rm 删除文件 pwd 显示所在位置的完整路径 mkdir 建立子目录 chmod 改变文件的权限 gzip 压缩文件、解压缩 t

9、ar 归档,1）使用man命令获取帮助：阅读man命令的使用手册页：$man commandname,（3）常用Linux命令：,2）文件和目录操作：使用ls命令列出当前目录下的文件：$ls-options filename 参数：-l：长格式列出目录内容（存取权限、文件 个数、所有者、文件长度、建立日期、文件名）-a：列出全部文件，包括隐藏文件,（3）常用Linux命令：,（3）常用Linux命令：,使用cd(切换子目录)命令进入不同的目录：cd 命令后跟一个路径名：可直接进入另一个子目录；cd.命令：在目录树中向上移一级；cd 或者cd：回到自己的用户子目录。,用more显示文件内容：$m

10、ore filename 当一页显示不下时，分页显示，按空格往后翻页，按b往前翻。,（3）常用Linux命令：,（3）常用Linux命令：,用rm命令删除文件：$rm-options filename 参数：-i：对于每一个文件都询问是否删除-f：不做提示直接删除指定文件-r：删除目录中的所有内容并删除目录本身,（3）常用Linux命令：,用pwd显示所在位置的完整路径：$pwd,用mkdir命令建立子目录：$mkdir dirname,（3）常用Linux命令：,用chmod命令改变文件的权限：$chmod MODE filename 4-2-1对应权限：r(读)-w(写)-x(执行)。rw

11、xrwxrwx(-所有者-分组-其他用户-),（3）常用Linux命令：,用gzip命令压缩文件：$gzip filename 解压缩文件，可以使用gunzip命令或gzip命令的-d解压缩参数。,（3）常用Linux命令：,用tar命令进行归档(生成包含多个子目录和多个文件的档案文件)：$tar-options tarfilename files/directories 参数：-c：创建一个归档文件；-v：要求tar在归档时显示每一个文件的名称；-f：说明tarfilename是要创建的归档的文件名称；-x：用来对归档文件进行释放。-z：用gzip压缩/解压缩文件,（3）常用Linux命令：

12、,Linux命令操作参考资料：http:/；http:/http:/=2291Linux权威指南（第三版）中国电力出版社 洪峰 译Linux实用大全科学出版社 陈向阳 著Red Hat Linux实用指南电子工业出版社 孙天泽/袁文菊/闫守孟等 译,三、常用EST数据分析软件,软件名 用途 操作系统 Phrap 序列组装 Linux CAP3 序列组装 Linux TigrAssembler 序列组装 Linux Gap4 序列组装 Linux/Windows BLAST 序列联配 Linux/Windows InterProScan 序列功能注释 Linux ClustalW 多序列联配 L

13、inux/Windows GO 序列功能分类 网上运行 KEGG 序列代谢途径分析 网上运行 COG 序列功能分类 网上运行 getORF 基因编码区分析 网上运行 Spidey 基因编码区分析 网上运行 ProtParam 蛋白质理化性质分析 网上运行 ProtScale 蛋白质理化性质分析 网上运行 Cn3D 蛋白质三级结构分析 Windows Phylip 系统发育分析 Windows,EST专题软件列表,（一）Windows下：下载所需软件至本地，解压缩后打开此文件夹，找到setup.exe文件，双击即可安装。若下载的程序为可执行文件，直接双击此文件即可安装。,软件安装方法概述:,查看

14、Readme文档,（二）Linux下：下载软件包至本地并解压，(1)有的程序直接可以运行；(如：BLAST、ClustalW等)(2)有的程序需要用CONFIG命令进行编译后才 能运行；(如：InterProScan等)(3)有的程序需要先运行Configure进行编译，然 后用make命令安装后运行。(如：perl等)必要时测试安装是否成功。,1、BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)：序列比对工具。ftp:/blast/db/。安装：下载可执行文件blast-20041205-ia32-win32到本地，直接双击安装即可。,软件安装实例：,2、Cl

15、ustalW：多序列联配工具。ftp:/ftp-/。安装：把clustalw文件复制到本地并解压，双击可执行文件clustalw.exe即可。,3、InterProScan：蛋白质结构、功能分析工具。ftp:/。1）(X为版本号)；2）；3）。4）Readme.txt,下载后，将这三个包传到要安装的机器目录上，解压：$tar zvxf 解开后的三个包会放在同一新建的目录下(/student0/chaihui/InterProScan/iprscan)。,3、InterProScan安装：,安装：$perl CONFIG.pl(一般按Enter键默认即可)测试安装是否成功：$./iprscan-

16、cli-i./test.seq-iprlookup-goterms 在bin目录下操作，如成功，会输出如下类似信息：(tmp/20041011/iprscan-20041011-11123456)。,3、InterProScan安装：,自由格式的编程语言。提供：正则表达式，丰富的公共函数和模块，功能奇特的内置变量。作用：提高效率。特点：适应性强；样式灵活；语法简单，易学易用。,4、Perl(Practical Extraction and Report Language)：,（1）在Windows 上安装：ActiveState Tool公司提供了一个自行安装Perl的工具ActivePerl

17、。http:/。下载ActivePerl的Windows MSI版本到本地，双击打开安装文件（类似ActivePerl-5.8.6.811-MSWin32-x86-122208）。,（2）在Linux系统上安装：在Linux系统安装选择组件时，可直接选择安装perl。,第一步 下载Perl源模块包的拷贝()。http:/第二步 拆包：$tar zxf 第三步 编译：$sh Configure,（2）在Linux上安装Perl：,第四步 安装：$make 第五步 键入以下命令：$make test#make install（#是根用户提示符）第六步 测试Perl的安装情况：$perl-v,（2）

18、在Linux上安装Perl：,Perl参考资料：Perl5语言全教程(电子书)：Perl手册(电子书)：Perl语言入门(第三版)中国电力出版社 李晓峰 译Perl教程(win32版)中国电力出版社 张大江 译,Linux系统软件安装总结,不同的软件可能有不同的安装方法，即使同一个软件不同版本的软件安装方法可能还会不一样。软件一般提供一个Readme文件，可以使用more命令查看。,Linux系统软件安装总结,（1）RPM(Red Hat Package Manager)格式：$rpm-ivp MYsoftware-1.2-1.i386.rpm(名称-版本-修正版-类型)参数：-i：安装软件。-t：测试安装，不是真的安装。-p：显示安装进度。-f：忽略任何错误。-U：升级安装。-v：检测套件是否正确安装。,Linux系统软件安装总结,（2）用源代码安装：解压数据包：.gz-gunzip；.Z-uncompress；.zip-unzip；.bz2-bunzip2。编译软件(根用户身份)：$tar soft1.tar.gz$cd soft1$./configure$make#make install,谢 谢!,