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1、生物医学数据库检索,Retrieval of Medical Information Database,主讲人： 胡 笳 昆明医科大学 医学信息检索教研室,前 言,医学信息检索与利用,昆明医学院信息检索教研室,医学信息检索系统是发展、利用较早、较快的一个领域，各种医学数据库的不断出现和广泛应用，为促进人类医学科学研究水平的发展，发挥了重要的作用。近年来，随着人类科学技术的不断发展，新技术、新方法不断出现，医学数据库开发和利用也出现了一些新特点。,中文数据库,医学信息检索与利用,昆明医学院信息检索教研室,共八十九种数据库,医学信息检索与利用,昆明医学院信息检索教研室,医学外文数据库的类型,医学信
2、息检索与利用,昆明医学院信息检索教研室,文摘型数据库,Medline EMBASE.com（荷兰医学文摘） BIOSIS Preview（美国生物学文摘） CA (美国化学文摘) Dialog 联机检索系统,医学外文数据库的类型,医学信息检索与利用,昆明医学院信息检索教研室,全文型数据库,Elsevier ScienceDirect全文期刊数据库 ProQuest全文期刊数据库 Springer全文期刊数据库 OVID全文期刊库 EBSCOhost全文期刊数据库,医学外文数据库的类型,医学信息检索与利用,昆明医学院信息检索教研室,引文检索数据库,美国科学引文索引- SCI,医学外文数据库的类型
3、,医学信息检索与利用,昆明医学院信息检索教研室,循证医学数据库,WILEY Cochrane数据库 OVID数据库 - Best Evidence PubMed - Clinical Queries SumSearch循证医学资源网站,Who - 信息来源,医学信息检索与利用,昆明医学院信息检索教研室,Medline,是美国国立医学图书馆（the National Library of Medicine, NLM）研制开发的国际上最具权威性的综合性生物医学文献书目数据库。收录范围：全世界70多个国家和地区1966年以来的4600余种生物医学期刊，目前文摘条目1300余万篇，年报道量40万条，英
4、文刊物占90%、3/4有英文摘要，每周更新。内容涉及：医学、药学、牙医学、护理学、预防医学、卫生管理、兽医学等专业。PubMed是其提供Internet免费检索的WEB数据库。,Who -信息来源,医学信息检索与利用,昆明医学院信息检索教研室,2. EMBASE,EMBASE(the Exderpta Medical Database,荷兰医学文摘) ,是荷兰Elsevier科学出版公司建立的生物医学与药学书目数据库。收录了自1974年以来的70多个国家和地区的3800种期刊，尤其涵盖了大量欧洲和亚洲医学刊物。,Who -信息来源,医学信息检索与利用,昆明医学院信息检索教研室,3. Biosi
5、s Preview,BIOSIS Preview 是美国生物学文摘（Biological Abstract）的在线数据库。是美国生物科学信息服务社(BIOSIS)生产的世界上最大的有关生命科学的文摘和索引数据库。收录世界上100多个国家和地区的5500多种期刊的文献和1650多个会议的会议录和报告，每年大约增加28万条记录。,Who -信息来源,医学信息检索与利用,昆明医学院信息检索教研室,4. CA (美国化学文摘),化学文摘，Chemical Abstracts，简称CA，是世界最大的化学文摘库。也是目前世界上应用最广泛，最为重要的化学、化工及相关学科的检索工具。创刊于1907年，由美国化
6、学协会化学文摘社（CAS of ACS，Chemical Abstracts Service of American Chemical Society）编辑出版。,Who - 信息来源,医学信息检索与利用,昆明医学院信息检索教研室,6. 全文型数据库,Why - 数据库的特点,医学信息检索与利用,昆明医学院信息检索教研室,书目型数据库（文摘型数据库）,Medline EMBASE.com（荷兰医学文摘） BIOSIS Preview（美国生物学文摘） CA (美国化学文摘),Why - 数据库的特点,医学信息检索与利用,昆明医学院信息检索教研室,书目型数据库（文摘型数据库）,建立时间较早，认知
7、度高 收录期刊数比较多，专业性强 检索系统成熟、规范 标引质量高、检索途径全面 无全文提供,Why - 数据库的特点,医学信息检索与利用,昆明医学院信息检索教研室,书目型数据库（文摘型数据库）,如： Medline 收录4600多种生物医学专业期刊； 提供包括作者、题名、关键词、主题词、代码等30多个经详细标引的可检字段 MESH 主题词规范标引,PubMed部分功能,医学信息检索与利用,昆明医学院信息检索教研室,超过三十多个可检字段,经规范化的MESH词表检索,EMBASE的特点,医学信息检索与利用,昆明医学院信息检索教研室,EMBASE 收录3800多种医学、药学专业期刊； 涵盖了大量的欧
8、洲和亚洲医学期刊； 专有药物检索（Drug Search）: 支持药物名称检索，并提供药物联接，其中包括17个核心的药物联接和47个药物管理联接。 EMTREE 词表检索,Why - 数据库的特点,医学信息检索与利用,昆明医学院信息检索教研室,全文型数据库,国外全文数据库大多由期刊出版商或出版集团生产 收录期刊一般为本出版社自主产权的杂志，收录范围少 检索系统简单、易于操作，但功能不够齐全 大多为电脑机器标引，标引质量一般 检索结果为全文,Why - 数据库的特点,医学信息检索与利用,昆明医学院信息检索教研室,PubMed与CBM,PubMed,中国生物医学文献数据库CBM,VS,检索举例,医
9、学信息检索与利用,昆明医学院信息检索教研室,某医院消化科医生欲申报立项课题“幽门螺杆菌（HP）感染胃癌易感基因多态性检测的研究”。课题研究内容是IL-1,IL-10, TNF-多态性检测,用于HP感染胃癌高危人群的筛查。检索词:胃癌（gastric cancer ）；幽门螺杆菌（Helicobacter pylori ）；白细胞介素1（IL-1）；白细胞介素10（IL-10）；肿瘤坏死因子（TNF-）；基因多态性（Polymorphisms）。,中国生物医学文献数据库（CBM）,医学信息检索与利用,昆明医学院信息检索教研室,中国生物医学文献数据库（CBM）是我国最早的生物医学文献数据库之一。收
10、录了1978年以来中国生物医学期刊1800多种，年增长量40余万篇。学科范围涉及基础医学、临床医学、预防医学、药学、中医学及中药学等医学各个领域。其医学主题词（MeSH）检索是几个中文数据库中独有的，标引依据美国国立医学图书馆的MeSH和中国中医研究院出版的中医药学主题词表。,中国生物医学文献数据库（CBM）,医学信息检索与利用,CBM,主题词表查词,中国生物医学文献数据库（CBM）,医学信息检索与利用,CBM,主题词表参见系统,CBM主题检索,医学信息检索与利用,CBM,检索主要主题词,扩展树形结构检索,扩展副主题词,CBM主题检索,医学信息检索与利用,CBM,中英文主题词,入口词参见,树状
11、结构号表明其类别,CBM主题检索,医学信息检索与利用,CBM,主题词在学科分类中的位置,族首词,树状结构表明该主题词分属四个不同的上位学科,CBM检索,Company Logo,主题词检索5篇,缺省检索17篇,CBM检索,医学信息检索与利用,CBM,缺省字段：在中国生物医学文献数据库（CBM）中，是中文标题、摘要、作者、关键词、主题词和刊名内容的组合。,CBM检索,医学信息检索与利用,CBM,医学信息检索与利用,CBM,检索词在题名字段出现,检索词在文摘字段出现,检索词在刊名字段出现,PubMed,由美国国立医学图书馆（national library of medicine, NLM)下属的
12、国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI)开发，用于检索生物医学文献的WEB数据库。1997年6月起提供INTERNET免费服务,医学信息检索与利用,昆明医学院信息检索教研室,医学信息检索与利用,PubMed,PubMed,医学信息检索与利用,PubMed,Dec-22,PubMed 数据库,不同的标注 不同的来源,通过PubMed可检索的信息,Medline收录范围：全世界70多个国家和地区1966年以来的4600余种生物医学期刊，目前文摘条目1300余万篇，年报道量40万条，英文刊物占90%、3/4有英文摘要
13、，每周更新。内容涉及：医学、药学、牙医学、护理学、预防医学、卫生管理、兽医学等专业。记录标注：PubMed - indexed for MEDLINE,PubMed 数据库,Premedline 收集未经标引的最新文献, 经MeSH词表标引后，每周向medline移加一次, 同时从Premedline 中删除 。 记录标注：PubMed - in process,Dec-22,PubMed 数据库,Publisher Supplied Citation 出版商直接向 PubMed 递送的电子文献。其中有一部分在Medline中未收录。 若出版商提供全文，PubMed则建立与全文的链接，可免费或
14、交一定费用直接联机获取原文 。 记录标注:PubMed - as supplied by publisher,Dec-22,PubMed 数据库,二、检索规则,（一）Automatic Term Mapping词汇自动转换 1、 MeSH Translation tableVitamin c 转换为 “ascorbic acid”Mesh Terms OR vitamin cText Word 想要查验检索词的转换情况，并调整和保存检索策略，可点击“details”按钮,PubMed 数据库,2、Journals Translation table New England journal of
15、 medicine 转换为“N Engl J Med”Journal 包括期刊的三种不同表达方式 刊名全称、MEDLINE刊名缩写格式、ISSN例 Journal of leukocyte biology J leukoc biol 0741-5400,Dec-22,PubMed 数据库,3、Phrase List Cold compresses 在前两个表中均未找到，在短语列表中可找到这个词组。,Dec-22,PubMed 数据库,4、Author Index 当一个短语在前三个表中都找不到匹配词，PubMed就会到作者索引中查找。 例：smith jc 姓前（全称）、名后（首字母缩写）,D
16、ec-22,PubMed 数据库,如果在上述4个表或索引中仍找不到相匹配的词时，PubMed就将短语劈开，用AND 将短语中的单个词连接起来在全部字段中查找，直到找到相应的词为止。例：pressure point 转换为 (“pressure”MeSH Terms OR pressureText Word) AND pointAll Fields),Dec-22,PubMed 数据库,二、检索规则,（一）Automatic Term Mapping词汇自动转换 1、 MeSH Translation tableVitamin c 转换为 “ascorbic acid”Mesh Terms OR
17、 vitamin cText Word 想要查验检索词的转换情况，并进行调整和保存检索策略，可点击“details”按钮,Dec-22,PubMed 数据库,（二）短语检索如果在短语上加双引号，系统将只在 Phrase List中查找，不再进行转换。例如： “single cell” “oxygen free radicals”,Dec-22,PubMed 数据库,Dec-22,PubMed 数据库,短语检索,自动转换后的结果,三、检索途径与方法,基本检索 - Basic Search高级检索 - Advanced Search (preview/index)限定检索 - Limits Sea
18、rch期刊检索 Journal Databases主题词检索 - MeSH Databases引文匹配 - Citation Matcher临床查询 Clinical Querie,Dec-22,PubMed 数据库,Company Logo,医学信息检索与利用,PubMed,检 索 选 项,医学信息检索与利用,PubMed,三、基本检索,普通感冒与Vc的关系,检索词：1、Common Cold2、Vitamin c,Company Logo,Company Logo,Company Logo,Company Logo,四、高级检索,Company Logo,Company Logo,医学信息
19、检索与利用,PubMed,医学信息检索与利用,PubMed,六、主题词检索,举例：阿司匹林引起心肌梗死,检索词：1、阿司匹林(Aspirin)2、心肌梗死(Myocardial Infarction),Company Logo,Company Logo,选择主题词,Company Logo,可组配的副主题词,限定在主要主题词检索,不扩展下位词检索,Company Logo,Company Logo,Company Logo,入口词与款目词,相关参见与树状结构表,表示分属两个学科类属,Company Logo,临床循证医学文献,属于PubMed的免费全文,Company Logo,七、限定检索,
20、出版日期限定,文献类型限定,原文语种限定,研究对象限定,性别限定,子集限定,年龄组限定,Company Logo,案例,Company Logo,“幽门螺杆菌（HP）感染胃癌易感基因多态性检测的研究”。课题研究内容是IL-1,IL-10, TNF-多态性检测,用于HP感染胃癌高危人群的筛查。检索词:胃癌（gastric cancer ）；幽门螺杆菌（Helicobacter pylori ）；白细胞介素1（IL-1）；白细胞介素10（IL-10）；肿瘤坏死因子（TNF-）；基因多态性（Polymorphisms）。,PubMed词语自动转换检索,Company Logo,PubMed主题词检索
21、,Company Logo,Company Logo,Company Logo,外文数据库对比,医学信息检索与利用,昆明医学院信息检索教研室,举例： 检索“发表在核心临床医学杂志上并能查询到全文的“有关老年人心肌梗塞的溶栓治疗”(Myocardial Infarction；Thrombolytic Therapy)的文献。,对比数据库：PubMedSpringer全文期刊数据库OVID全文期刊库,数据库对比,医学信息检索与利用,昆明医学院信息检索教研室,PubMed,(Myocardial Infarction/therapyMesh) AND Thrombolytic TherapyMesh
22、,检出文献数：2788,年龄组：65岁以上,540篇免费全文,医学信息检索与利用,昆明医学院信息检索教研室,Springer,检索表达式,医学信息检索与利用,昆明医学院信息检索教研室,Springer,检出文献数：1862,医学专业文献数：1318,点击篇名可阅读全文,下载PDF格式全文,医学信息检索与利用,昆明医学院信息检索教研室,Springer,Company Logo,OVID,Company Logo,OVID,较完善的检索系统,全文资源,可供检索的多个字段,医学信息检索与利用,昆明医学院信息检索教研室,OVID,检索词选择不同的字段，检出结果不同,医学信息检索与利用,昆明医学院信息
23、检索教研室,OVID,文本词（Text Word关键词）,标题词（Title）,所有字段（All Fields自由词）,医学信息检索与利用,昆明医学院信息检索教研室,OVID,医学信息检索与利用,昆明医学院信息检索教研室,讨 论,书目型（文摘型数据库）,PubMed： 国际上最具权威型的综合性生物医学数据库， 临床医学信息检索的首选工具。,EMBASE：收录多种药学专业期刊；专有药物检索；涵盖了大量的 欧洲和亚洲医学期刊。可作为PubMed的扩展补充,BIOSIS Preview：偏重于生物学和生命科学的资源,CA (美国化学文摘)： 化学、化工及制药的经典检索工具， 也是这方面文献评价的重要依据,医学信息检索与利用,昆明医学院信息检索教研室,讨 论,全文型数据库,Elsevier 1995年至今 2500 余种EBSCOhost 1984年至今 3000 余种Springer LINK 1995年至今 1800 余种OVID 1993年至今 1200 余种,收录文献年限及期刊种数,讨 论,医学信息检索与利用,昆明医学院信息检索教研室,Thank You !,
