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1、第四章 表观遗传学与疾病,医学分子遗传学,(细胞事件)=个体的生命事件？如何看待一个个体的一生？扁鹊见蔡桓公说的话与表观遗传学有关系吗？第三代试管婴儿安全吗？会有哪些潜在风险？一卵双生的差异=表观遗传的差异？,Questions:,什么是表观遗传学表观遗传修饰的机制表观遗传修饰的位点染色质的物理结构表观遗传状态的遗传与改变生殖发育中的印记遗传表观遗传与疾病,本章内容提要,定向分化与诱导多能干细胞（iPS）,什么是表观遗传学,表观遗传学（epigenetics）：研究基因的核苷酸序列不发生改变的情况下，基因功能的可逆的、可遗传的变化的一门遗传学分支学科。也指生物发育过程中包含的程序的研究。,诱导
2、多能干细胞来自终末分化细胞，两者的基因组DNA序列不存在差异，但细胞功能迥异。,表观遗传修饰的位点DNA甲基化：胞嘧啶5-甲基胞嘧啶，大部分发生在CpG岛（CpG island）（CpG island，基因组中CpG序列高频出现的区域）核心组蛋白的共价修饰甲基化（methylation）乙酰化（acetylation）磷酸化（phosphorylation）,DNA与核心组蛋白的共价修饰是表观遗传学的分子基础,染色质的物理结构,常染色质与异染色质,常染色质（euchromatin）：纤丝包装密度比分裂期小的多，胞核内均匀分散分布，占胞核绝大部分。异染色质（heterochromatin）：纤丝
3、包装十分致密，与分裂期相似，胞核中形成分散的小块，没有转录活性。组成型异染色质（constitutive heterochromatin ）：着丝粒、 端粒、其他卫星DNA等兼性异染色质（facultative heterochromatin ）：barr小体、 表达受表观调控的基因等活性染色质（active chromatin）：具有转录等功能活性的常染色质 。非活性染色质（inactive chromatin）：不具有转录等功能活性的染色质，包括异染色质和部分常染色质。,染色质的主要化学成份是DNA，组蛋白，非组蛋白和少量的RNA（cRNA）。组成染色质的各种化学成份的比例大致是：,染色质
4、（chromatin）的化学组成,被修饰的靶点,修饰与调控染色质活性,染色质的基本组成单位核小体（nucleosome）,八聚组蛋白形成核心(H2A、H2B、H3、H4)2约200bp DNA缠绕核心组蛋白约两周核心DNA 146bp（缠绕1-3/4周）连接DNA 8114bp组蛋白H1封闭DNA进出位点,细胞间期染色质的结构 2nm双链DNA10nm纤维30nm螺线管,细胞间期染色质的结构是动态的,活性染色质,非活性染色质,核心组蛋白的组装与修饰核心组蛋白与核小体组装 基本组装单位：H3-H4四聚体（H32-H42），H2A-H2B二聚体,in vitro,in vivo,核小体的复制,八聚
5、体保留复制,八聚体随机组合复制,组蛋白的共价修饰与组蛋白密码组蛋白N端尾部无序结构延伸至核小体外修饰类型：乙酰化（Lys/K） 、甲基化（Lys/K）、磷酸化（Ser/S）、泛素化、SUMO化、ADP核糖基化等。,定义：组蛋白不同氨基酸残基的不同共价修饰所代表的生物学信息（表观遗传信息）。主要修饰靶点：H3，H4修饰稳定性：甲基化乙酰化磷酸化,组蛋白密码（Histone code）,组蛋白的共价修饰是动态的,组蛋白的共价修饰控制基因的转录活性,非活性 活性染色质,小结1 表观遗传修饰与染色质活性状态,活性染色质,非活性染色质,DNA无甲基化修饰组蛋白乙酰化修饰结合的非组蛋白组蛋白乙酰转移酶（H
6、ATs）转录调控因子RNA聚合酶复合体,DNA甲基化修饰（CpG岛）组蛋白去乙酰化修饰组蛋白甲基化修饰结合的非组蛋白组蛋白去乙酰化酶（HDACs）组蛋白甲基转移酶（如SUV39H1）DNA甲基转移酶（Dnmts）异染色质结合蛋白（如HP1）,细胞染色质结构是不均一的,核小体在染色质上的分布是均匀的吗？常染色质与异染色质的边界如何界定？表观遗传修饰状态如何形成与维持、遗传？,染色质的结构域模型,核基质附着区（matrix attachment region，MAR）：与细胞核内基质结合的DNA片段（尚未发现特殊共有序列），可将染色质分割成不同的区段（结构域）。每个结构域内功能独立，不同结构域间无
7、相互影响。,生物化学证据,染色质结构域中的功能元件绝缘子（insulator）：能阻断基因激活或失活效应的DNA元件，通过结合特异蛋白发挥功能，尚未发现序列特异性。基因座控制区域（locus control region，LCR）：含DNA超敏位点，可控制整个染色质结构域的活性。,LCR,DNA的超敏位点与受保护序列,超敏位点（hypersensitive site）：染色体中被DNase优先切割的DNA位点，通常DNA裸露，反映染色质中非组蛋白对DNA的可及性。受保护序列：被非组蛋白识别并结合的位点。,非组蛋白与特定序列DNA的结合可界定核小体定位高频转录的基因处往往不形成核小体结构（rDN
8、A）,异染色质在特殊序列处形成核心（DNA甲基化与组蛋白甲基化等）募集异染色质蛋白（如HP1）异染色质蛋白自主聚集，沿染色质扩散，终止于绝缘子,非活性染色质形成机制（成核扩散）,从头合成甲基化酶（Dnmt3A，Dnmt3B）维持性甲基化酶（Dnmt1）,两种类型的DNA甲基化酶,非活性染色质的维持（遗传）机制,表观修饰复合物内部相互调控DNA甲基化状态指导恢复组蛋白修饰组蛋白修饰指导恢复DNA甲基化,小结2 表观遗传修饰的建立与维持（遗传）机制,表观遗传修饰的建立,表观遗传修饰的维持,特异性DNA序列被调控因子识别在染色质特定位点建立表观遗传修饰DNA从头甲基化酶（Dnmt3A/B）组蛋白去乙
9、酰化酶（HDACs）组蛋白甲基转移酶异染色质结合蛋白（如HP1）异染色质结合蛋白沿染色质扩散，终止于绝缘子表观修饰复合物相互调控扩散区域DNA甲基化修饰与组蛋白修饰（甲基化为主）,染色质复制后的状态亲代链CpG岛全甲基化子代链CpG岛半甲基化新旧核心组蛋白H3-H4四聚体与H2A-H2B二聚体随机组合旧组蛋白修饰状态（可能）被保留，新组蛋白未被修饰表观修饰状态的恢复DNA维持性甲基化酶（Dnmt1）CpG岛半甲基化全甲基化表观修饰复合物相互调控DNA甲基化状态指导恢复组蛋白修饰组蛋白修饰指导恢复DNA甲基化,生殖细胞的表观遗传修饰,基因组印迹发育重编程,Prader-Willi Syndrom
10、e（PWS）表现：早期发育畸形，肥胖，矮小，中度智力低下病因：染色体15q11-q13区段缺失,Prader-Willi综合征与Angelman综合征,Angleman Syndrome（AS）表现：共济失调，智力严重低下，失语病因：染色体15q11-q13区段缺失,父源染色体,母源染色体,生殖细胞表观修饰的遗传基因组印迹（imprinting）,基因组印迹（genomic imprinting）：两个亲本等位基因的差异性甲基化导致遗传自双亲的等位基因间表达行为存在差异（一个亲本等位基因沉默，另一个亲本等位基因保持单等位基因活性）。基因组印迹是性细胞系特异性的表观遗传修饰形成配子细胞时染色质表
11、观修饰发生重编程全基因组去甲基化重新形成性别特异性甲基化位点某基因选择性父本或母本表达失活哺乳动物孤雌生殖的不可能：可能源于缺乏来自精卵细胞的大量印迹基因间的协调表达,印迹中心（imprinting centers，ICs）：成簇排列富含CpG岛的基因表达调控元件，在父源和母源染色体上，这些调控元件的CpG岛呈现甲基化型的明显差异，又称差异甲基化区域（differentially methylated region，DMR），并以此调控邻接基因的表达。以IGF2-DMR-H19印迹域（imprinted domain）为例说明交互式调控母源染色体：DMR为非甲基化，染色质屏障调节蛋白CTCF结
12、合于DMR起绝缘作用，远端增强子激活H19基因的转录（为非编码RNA）。父源染色体：DMR甲基化，使H19基因表达沉默，同时CTCF不能结合，远端增强子激活IGF2基因转录，编码胰岛素样生长因子（insulin-like growth factor 2）。,基因组印记的常见模式印迹中心交互式调控,Beckwith-Wiedemann综合征（ Beckwith-Wiedemann syndrome，BWS）印迹基因表达失衡导致的疾病临床表现：过度生长综合征，常伴肥胖和先天脐疝，并有儿童期肿瘤易患倾向。疾病起源：染色体11p15.5区段的多种能造成该区段印迹基因表达失衡的遗传学和表观遗传学调节机制
13、异常。受影响的印迹调控区： IGF2-DMR-H19印迹域，CDKN1C（p57KIP2）印迹域，印迹失调导致细胞的恶性增长。,Prader-Willi综合征与Angelman综合征的致病机制,发育进程中细胞基因表达的重新编程,发育：受精卵由200多种结构与功能各异的细胞（具有相同的基因组）组成的功能精密而协调的整体。建立和维持组织细胞特异性基因表达模式的相关信息存在于基因组的表观遗传修饰状态之中，又称为表观基因组（epigenome）。表观遗传修饰信息可以通过细胞分裂而遗传，也具备可以被删除和重建的特性（分化过程中施加在基因组的发育限制不是永久的遗传改变，而是可逆的表观遗传修饰，具有动态的可
14、塑性，受细胞内外环境的调控，是决定细胞分化进程中不同基因表达有序演进的核心因素）。个体发育过程中发生两次重要的大范围表观基因组重新编程早期原始生殖细胞（primordial germ cells）携有体细胞样表观遗传型，进入性腺前后，原有表观基因组被删除，随之建立两性性别特异（印记遗传）和序列特异（决定精子与卵子发育进程）的表观遗传型。精卵融合受精后，受精卵基因组在卵细胞质环境中，生殖细胞成熟过程中建立的、除印迹基因以外的全部表观遗传修饰标记被删除，重新建立胚胎发育特异的表观遗传组，为发育进程发出正确指令。,表观遗传修饰的重编程对细胞内外环境变化非常敏感体细胞核移植克隆成功率极低：体细胞核在卵
15、细胞质中的表观基因组重新编程往往难以成功。有报道显示经卵细胞质精子注射辅助后出生的儿童（第三代试管婴儿）中，存在PWS/AS和BWS发生率增高的现象：胚胎发育早期的人工干预影响了表观遗传组的重编程与遗传，导致患儿中H19，IGF2等多个印记基因表达异常。,发育进程中的表观基因组重新编程,表观遗传修饰的意义,调控正常发育过程中基因的时空特异性表达DNA甲基化与组蛋白甲基化关闭基因表达DNA去甲基化与组蛋白乙酰化开启基因表达维持基因组与染色质结构的稳定性着丝粒异染色质化保证染色体的正常分离端粒异染色质化稳定染色体结构异染色质化的传导机制使重复序列中镶嵌的基因转录失活异染色质化抑制基因组中转座元件的
16、活性维持正常的基因表达剂量生殖细胞的基因组印迹使印迹中心处的两个等位基因只选择性表达其一女性体细胞内一条X染色体通过异染色质化随机失活赋予每个个体表观遗传的镶嵌性即一定程度的表型可变性，在保持基因组稳定的前提下，提高机体对环境的适应能力。,表观遗传与疾病,表观遗传相关调控蛋白缺陷导致的遗传疾病通过表观遗传修饰机制异常而发病的遗传疾病表观遗传修饰异常与体细胞遗传疾病（肿瘤、衰老）,Rett综合征（伴X染色体显性遗传）致病基因：位于X染色体上的McCP2基因突变失活，McCP2基因编码一种甲基结合蛋白（MBP），能特异性识别并结合DNA上的甲基化CpG岛，并募集染色质修饰复合物以阻遏基因转录。临床
17、表现：患者均为女性，出生后7-18个月出现发育停滞，高级脑功能的迅速恶化和严重痴呆。ICF综合征（immunodeficiency，centromeric region instability and facial anomalies syndrome，常染色体隐性遗传）致病基因：编码DNA从头甲基化酶的DNMT3B基因突变失活，降低了转甲基活性进而减少了对基因转录的阻遏作用。临床表现：患者不同程度的免疫缺陷，并伴以面部畸形和智力低下。,表观遗传相关调控蛋白缺陷导致的遗传疾病,脆性X染色体综合症（fragile X syndrome）病因：FMR-1（fragile X mental reta
18、rdation 1）基因5端(CGG)n重复序列动态突变致基因表达沉默(CGG)n重复650次正常人；(CGG)n重复52200次前突变（premutation）；(CGG)n重复2002000次(CGG)n中的CpG甲基化基因转录失活患者智力低下。遗传疾病中的印迹遗传效应Huntington舞蹈病的发病年龄子女基因经母遗传不呈早发现象经父遗传呈现早发现象父源htt基因在病灶处表达（表达水平更高/在表达时序上表达时间更早）,通过表观遗传修饰机制异常而发病的遗传疾病,导致肿瘤的遗传学改变基因突变基因拷贝数变异非编码区DNA序列变异染色体变异,表观遗传与肿瘤,导致肿瘤的表观遗传改变抑癌基因启动子区
19、CpG岛高甲基化致表达沉默原癌基因启动子区CpG岛去甲基化致异常表达细胞内DNA整体甲基化水平降低基因组内源性转座子激活导致基因组不稳定性增高,组织中少数或极少数细胞内发生异常表观遗传修饰CpG岛从头甲基化关闭基因表达甲基化丢失激活沉默的基因，造成不恰当的异位表达组织或器官中的细胞呈现出表观遗传状态的异质性部分细胞功能减弱，造成器官整体功能下降个体衰老,表观遗传与衰老,表观修饰导致组织器官中各个细胞的表观遗传异质性,如何看待表观遗传学？,如何看待表观遗传学？,基因组,环 境,表观遗传修饰,VS,Revision,表观遗传学（epigenetics）：研究基因的核苷酸序列不发生改变的情况下，基因
20、功能的可逆的、可遗传的变化的一门遗传学分支学科。也指生物发育过程中包含的程序的研究。表观遗传修饰的位点DNA甲基化（胞嘧啶5-甲基胞嘧啶，大部分发生在CpG岛（CpG island，基因组中CpG序列高频出现的区域），通常引起转录抑制）核心组蛋白的共价修饰甲基化（methylation）乙酰化（acetylation）磷酸化（phosphorylation）DNA与核心组蛋白的共价修饰是表观遗传学的分子基础,常染色质与异染色质,常染色质（euchromatin）：纤丝包装密度比分裂期小的多，胞核内均匀分散分布，占胞核绝大部分。异染色质（heterochromatin）：纤丝包装十分致密，与分裂
21、期相似，胞核中形成分散的小块，没有转录活性。组成型异染色质（constitutive heterochromatin ）：着丝粒、 端粒、其他卫星DNA等兼性异染色质（facultative heterochromatin ）：barr小体、 表达受表观调控的基因等,表观遗传修饰与染色质活性状态,活性染色质,非活性染色质,DNA无甲基化修饰组蛋白乙酰化修饰结合的非组蛋白组蛋白乙酰转移酶（HATs）转录调控因子RNA聚合酶复合体,DNA甲基化修饰（CpG岛）组蛋白去乙酰化修饰组蛋白甲基化修饰结合的非组蛋白组蛋白去乙酰化酶（HDACs）组蛋白甲基转移酶（如SUV39H1）DNA甲基转移酶（Dnmt
22、s）异染色质结合蛋白（如HP1）,绝缘子（insulator）：能阻断基因激活或失活效应的DNA元件，通过结合特异蛋白发挥功能。基因组印迹（genomic imprinting）：两个亲本等位基因的差异性甲基化导致遗传自双亲的等位基因间表达行为存在差异（一个亲本等位基因沉默，另一个亲本等位基因保持单等位基因活性）。通过表观遗传修饰机制异常而发病的遗传疾病举例脆性X染色体综合症（fragile X syndrome）病因：FMR-1（fragile X mental retardation 1）基因5端(CGG)n重复序列动态突变致基因表达沉默(CGG)n重复650次正常人；(CGG)n重复52200次前突变（premutation）；(CGG)n重复2002000次(CGG)n中的CpG甲基化基因转录失活患者智力低下。,
