第7章 核酸代谢 - 2013年最新《生物化学原理》课件.ppt

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1、第七章核 酸 代 谢,一、核酸的酶促降解 细胞内核酸在核酸酶的作用下逐步分解;体内DNA分解极为缓慢,RNA分解较快,二者终产物 一致。磷酸 核酸 核苷酸 戊糖(核糖或脱氧核糖)核苷 碱基(嘌呤或嘧啶),水解产物除部分作为新的核苷酸合成的原料外,大部 分被进一步分解。戊糖HMS氧化分解;磷酸磷酸代谢;碱基分别降解。,二、嘌呤、嘧啶代谢(一)嘌呤的分解 反应部位:主要肝、肾、小肠 过程:水解脱氨 氧化 重要的酶:黄嘌呤氧化酶 不同生物嘌呤分解终产物有差异。人体嘌呤分解终产物为尿酸,尿酸微溶于水,如体内 产生过多,不能及时排出,则沉积在体内。如:沉积在关节痛风症 沉积在肾肾结石,(二)嘧啶的分解

2、终产物:NH3,CO2,脲基异丁酸。丙AANH3,+CO2+乙酸,三、核苷酸的合成 1核酸降解产物:核苷酸、核苷、碱基,被吸收或重新利用。2生物体利用其它物质合成核苷酸 核酸。不一定需要膳食供给。(一)嘌呤核苷酸的合成 用同位素示踪实验,证明嘌呤核苷酸中各原子的来源:AMP原料-IMP GMP,GTP,ATP,(二)嘧啶核苷酸合成同位素示踪试验证明:嘧啶核苷酸元素来源:从头合成主要途径 原料:(Gln,CO2)氨甲酰磷酸,Asp 方式:原料 嘧啶环 UMP CMP TMP,核糖、P,CO2,Gln,组装,四、核酸的生物合成 核酸是细胞基本成分,DNA是主要的遗传物 质,是遗传物质的载体。DNA

3、功能:贮存遗传信息。传递遗传信息(复制、转录、翻译)。接受遗传信息(通过反转录)。,1953年,F.Crick在总结DNA与RNA和蛋白质的关系的基础上,提出了分子生物学的中心法则,、1957年修改:,复制:以亲代DNA分子为模板合成新的子代DNA分子 的过程,新合成的子代DNA分子与亲代DNA分 子完全一样。DNADNA RNA也可以复制(病毒)RNARNA转录:以DNA为模板,合成RNA的过程。DNARNA反转录:在反转录酶作用下,以RNA为模板合成DNA 的过程。翻译:以RNA为模板,根据RNA链上的每三个核苷酸(碱基)决定一种AA的规则,合成出具有特定 AA顺序的蛋白质肽链的过程。RN

4、APr,DNA的复制。DNA生物合成方式 DNA的反转录合成。(病毒)DNA损伤的修复。,(一)DNA的生物合成ADNA复制1参与DNA复制的酶和蛋白质(原核生物)()DNA聚合酶(DNA polymerase,DNA pol)DNA聚合酶:以DNA为模板、dNTP为底物催化合成 DNA的一类酶。DNA pol原核生物有三种DNA聚合酶 DNA pol DNA pol,DNA聚合酶作用条件:需模板:DNA 需引物:具3-OH的DNA or RNA 底物:种dNTP 需Mg2+,Mn2+使dNTP以3,5磷酸二酯键相连,按5 3方向 聚合成与模板互补的DNA链。,DNA聚合酶(DNA pol)催

5、化特点 DNA pol是一个多功能酶 5 3聚合催化特性:使dNTP按模板的要求逐个加到具有3-OH端的 多核苷酸的链上。,35外切酶活性:从3-OH端水解DNA。出现与模板错配的核苷酸时,DNA pol先切去错 配的碱基(核苷酸)然后再继续进行聚合。功能:识别、消除错配碱基。对聚合起校正作用。,5 3外切酶的活性:从5端水解DNA链,也可距5端12个左右碱基处水解DNA链。(只作用于双链DNA)。功能:切除引物,切除变异损伤的核苷酸修复 作用。,原核生物有三种DNA聚合酶比较:,(2)DNA 连接酶(DNA Ligase)双链DNA一条链上有切口,3-OH与5-P相邻;不能连接两条游离的单链

6、。(切口处的两核苷酸必须相邻不能缺少核苷酸。)作用:在DNA不连续合成时起连接作用。,3,5,(3)解链酶(Helicase 解螺旋酶,复制蛋白rep 蛋白)作用:解开DNA双螺旋,使其成单链。(4)旋转酶 作用:消除DNA超螺旋的酶。,(5)引发酶 引发酶:催化RNA引物合成的RNA聚合酶。作用:合成引物 DNA聚合酶不能从头起始DNA合成,需要引物(primer),只能在引物(3-OH)端逐渐加上 脱氧核苷酸,延长DNA链。DNA合成的引物有三种:RNA 片段;DNA片段;tRNA片段。,(6)单链结合蛋白(Single strand binding proteinSSB蛋白)作用:与单链

7、DNA的特异结合的蛋白质。SSB与解开的单股DNA结合,使两条单链不再形 成双链,保持单链区的稳定。防止核酸酶降解DNA。,2复制的方式和特点(1)半保留复制:Watson和Crick1953年提出,DNA的两条链都能作为模板,分别合成出两条互补的新链。,机制:DNA复制时,两条互补连解开;两条链都可做 模板,然后在每条模板链上按碱基配对的原则形 成互补的新链,组成子代DNA分子。新产生的两子代DNA分子与亲代DNA分子完全 相同,且子代DNA中一条链来自亲代,另一条链 是新合成的 半保留复制。DNA半保留复制方式,保证了DNA在代谢上的稳定 性,从而保证了生物遗传的稳定性和准确性。(稳定是相

8、对的)。,(2)DNA的半不连续复制:问题的提出?:DNA分子两条链都能做模板,几乎同时、齐头并进 合成为两条新的互补链。DNA模板的两条链反向平行,一条5 3;另一条35。DNA聚合酶要求:模板方向35。合成新链方向5 3。如何解释在同一个复制叉中两条新链合成是同步,齐 头并?日本学者冈崎DNA的半不连续复制模型:,DNA半不连续复制模型:DNA复制时两条亲代单链DNA都做为模板。复制叉:DNA复制时,双螺旋局部解开,在复制区 形成Y形结构复制叉;随着复制叉的移动DNA双螺旋逐渐解开。,以复制叉移动方向为准;35走向模板链,DNA新链合成方向5 3,与 复制叉方向一致,连续合成前导链。5 3

9、走向模板链,DNA新链合成方向也是5,与复制叉移动方向相反,先照模板按5 3合成若 干短的片断 冈崎片断,然后由连接酶将短片断 连接,成一条完整的DNA链。不连续合成滞后 链(后随链)。,结论:DNA的半不连续复制:一条新链连续合成;另一条新链不连续合成。,冈崎片断长度:原核生物1000-2000个Nt。真核生物200个左右Nt。,3DNA复制过程 合成的起始;DNA链的延伸;合成终止。,3DNA复制过程(1)合成的起始:引发酶识别、结合在模板DNA起始位点;DNA双螺旋及超螺旋解开(边合成边解开);RNA引物合成。,(2)DNA链的延伸 在DNA pol的催化下,按照模板链35顺序 在RNA

10、引物3-OH末端逐个按上相应的核苷酸,合成互补新链。前导链合成方向5 3,连续合成。滞后链合成方向5 3,不连续合成。,(3)合成终止 DNA复制合成的终止包括:RNA引物的切除和缺口的填补。通过DNA pol5 3外切酶活性,或RNaseH 酶切除引物,然后由pol5 3聚合活性补齐 缺口。DNA片段的连接DNA连接酶。,B、DNA反(逆)转录合成RNA指导的DNA合成反转录:在反转录酶作用下,以RNA为模板合成DNA 的过程。反转录的发现:1964年 Temin提出反转录假设。1970年 Temin 和Batimore,同时分别从致癌RNA 病毒中发现反转录酶。后来在正常动物胚胎细胞也发现

11、反转录酶。反转录酶又称为:依赖RNA的DNA 聚合酶 RNA指导的DNA 聚合酶,反转录条件:酶:反转录酶。底物:4种dNTP为。模板:病毒单链RNA为。引物:宿主细胞的tRNA。,合成方式:致癌DNA 整合到宿主DNA 病毒RNA cDNA(模板)mRNA 蛋白质(转化蛋白)以病毒RNA为模板合成的cDNA(complementary DNA)通过复制合成致癌DNA,后者可整合到宿主DNA中,并随宿主细胞分裂而遗传下去,遇到合适的条件便进行复制产生致癌DNA分子,引起癌变。转录、翻译产生的蛋白(转化蛋白、病毒蛋白)也引起癌变。,反转录酶,转录,翻译,复制,反转录酶具有三种酶活性:逆转录功能:

12、利用病毒RNA为模板合成互补的 cDNA,形成RNA-DNA杂合子。复制功能:以新合成(逆转录)的cDNA为模板,合成另一条DNA成DNA-DNA双链。RNaseH活性:水解RNA-DNA杂交分子中RNA。,逆转录病毒生活史,C、DNA损伤与修复(1)DNA损伤 DNA分子不是绝对稳定的,可受多种因素的作用而 改变或受破坏.生物因素:复制及基因重组过程出现差错而改变。物理因素:紫外线、电离辐射、X-射线等。化学因素:烷化剂,氧化剂等化学诱变剂。,UV引起辐射损伤:形成嘧啶二聚体,C和C之间,T和T之间形成共价键。,(2)DNA损伤的修复 光复活作用 利用光能,光复活酶催化下切除由紫外线照射引起

13、 的DNA嘧啶二聚体。DNA复制、DNA转录时,到嘧啶二聚体处,复制、转录均受阻。修复过程:,光复活酶能在暗处识别损伤的DNA部位,并结合在受 损部位。可见光激活光复活酶,分解由UV照射而形成的DNA中 的嘧啶二聚体。光复活作用高度专一,只能修复UV照射引起的DNA嘧 啶二聚体。光复活酶只存在于低等单细胞(如微生物)鸟类;高等哺乳动物无此酶。,2切除修复(复制前修复)在几种酶作用下,将DNA分子中错配的或受损的部位 切除,然后以完好链为模板合成出切除的部位。该机制普遍存在,作用于各种损伤。三种:碱基切除修复:修复DNA中改变的碱基。核苷酸切除修复:修复DNA中巨大损伤。碱基错配修复(前述)。,

14、碱基切除修复,核苷酸切除修复:过程:识别、切断修复切除连接(原核生物),识别及切断:UvrA,UvrB识别并结合在DNA损伤处,UvrC(相当于核酸内切酶)在损伤处 靠近5 3一侧切断,产生切口。修复:以另一条完好单链为模板,由DNA pol在切 口处修复合成,补齐缺口;方向5 3。切除:UvrC在受损伤部位3一侧切断,去除受损 伤片段。连接:连接酶将新合成的DNA片断与原链连接。此修复发生在DNA复制前复制前修复。,3重组修复(复制后修复)先复制再修复:含有错误或损伤的DNA仍可进行复制,但子代DNA链在对应于损伤的部位出现缺口,通过分子间重组使缺口补齐。,重组修复中,二聚体(或其他损伤)并

15、未除去,第二轮复制时,留在母链中的损伤仍会给复制造成困难,仍须以重组修复来弥补。随着复制不断进行,若干代以后,损伤部分虽未从分子中除去,但损伤的DNA链却逐渐稀释,以至无碍DNA正常的生理功能。,(二)RNA的合成两种方式:转录(主要):以DNA为模板合成RNA 复制:以 RNA为模板合成RNA。1转录 转录:以DNA为模板合成RNA的过程。(1)转录的基本特征 底物:4种NTP。模板:DNA 不需引物:合成RNA时第一个NTP一般是嘌呤核苷 酸,大多是G(80%)。,通常为不对称转录:体内转录通常只以DNA分子双链的一条链为模板;体外转录失去链选择性。作为模板的链称 模板链,反义链,转录链。

16、,不作为模板的链称 编码链,正义链,非转录链,信息链。(或某些区域以这条链为模板转录,另一些区域以另一条链为模板),RNA聚合酶与DNA模板结合,沿DNA反义链 35方向移动。转录方向:RNA链由5 3延伸。RNA聚合酶依赖DNA的RNA聚合酶 以DNA为模板;以四种核苷三磷酸(NTP)为底物;在Mn2+或Mg2+参与下催化RNA合成。,组成:(E.Coli RNA聚合酶)全酶由5个亚基组成,有时含有链;表示为:2()核心酶:2 起始因子:亚基。,功能:亚基:识别DNA模板上特殊的转录起始信号,在 RNA合成中起发动作用;核心酶:具有催化RNA聚合的活性,但不能启动一条 新链的合成。链:功能不

17、详。新链RNA与模板DNA链碱基配对:dT-A,dG-C,dC-G,dA-U。,(2)转录过程四步:RNA聚合酶与模板DNA起始部位识别、结合;转录的起始;RNA链的延长;RNA链合成的终止。,RNA聚合酶与模板的识别与结合 RNA聚合酶首先识别DNA模板上特异的起始部位 启动子,并与之结合。启动子(promoter):DNA上能被RNA聚合酶识别、结合,与转录起始有 关的一段DNA序列。,RNA聚合酶的因子能识别启动子,使全酶与启动 子结合,并使双螺旋局部解链。核心酶也能与DNA模板结合,但对DNA各部位亲和 力相同。,转录的起始 第1个NTP(多为GTP)引入,产生新生RNA 5端。形成稳

18、定的 E-启动子-NTP 三元复合物。因子从复合物释放。,链的延伸#因子脱去,核心酶在DNA模板上沿3 5方向滑 动,按模板DNA信息,不断加入互补NTP,使RNA 链由5 3方向延伸。#底物NTP的-P与新生RNA链的3-OH缩合,形成 3,5-磷酸二脂键。#随着核心酶在模板DNA上滑行,模板DNA不断解链,原来解开的部位完成转录又重新形成双螺旋。#E.Coli RNA聚合酶37时转录速度:20-50Nt/sec。,RNA链合成的终止 终止包括:RNA链延伸停止;新生RNA链从模板上释放;RNA聚合酶(核心酶)脱离模板。DNA模板上有终止信号 终止子 终止子:模板DNA上提供转录终止信号的一段DNA 序列。,两种终止机制:不需蛋白质因子 由RNA聚合酶识别DNA模板上的终止信号 终止子。需蛋白质因子()引起终止 DNA模板上的终止信号有因子结合位点 位点,因子可识别该位点并与之结合,当与位点结 合后,合成即终止。,2RNA复制 RNA复制:以RNA为模板合成RNA的过程。有些病毒只含RNA:遗传信息的载体,遗传信息的信使。RNA复制是病毒RNA合成的一种方式。一些被RNA病毒感染的高等动植物细胞也有RNA复制作用。,RNA复制合成的作用特征:需RNA复制酶,RNA复制酶特异性高;模板:RNA(病毒);底物:4种NTP;RNA链合成方向:5 3。,

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