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1、实验报告实验三 DNA序列分析姓名：郭钟文 学号：20084081007班级：08级 日期：2011-4-21实验目的：通过利用六框翻译在线工具ORF Finder 和基因预测程序GENESCAN学习序列分析的基本方法。实验要求：要求学生根据学习的相关知识和分析工具自行设计并完成感兴趣核酸序列的分析。实验材料：（见作业）工具软件：1、VecScreen2、RepeatMasker（http:/www.repeatmasker.org/）3、CpGPlot/CpGReport/Isochore (http:/www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/)4、Neural Netwo
2、rk Promoter Prediction（http:/www.fruitfly.org/）5、Splice Site Prediction (http:/www.fruitfly.org/seq_tools/splice.html)6、ORF finder7、GENSCAN8、NEBcutter V2.09、Genefisher10、Primer 3.011、REBASE作业：1、使用VecScreen工具，分析下列未知序列，输出序列长度、载体序列的区域、可能使用的克隆载体都有哪些。AAGCTATGNACCTGNNTACGNAATTCGNNGCTCGGTGACCCGGGGNTCCTCTAG
3、NGNTGGCCAGNGGACCCCAAGCTTCGGNTGCAGNTACACACACACACACACACACACACNTGGACCAGAAGAACCCCANGCTTCGGATCCCAAGATTTTACTCGTAGGGCTACCCATCACGCACACATATATACCCACACACACACACACACACACACACACACACACACATATGTGCCAGAGACCCCAAGCTTCGGATCAAAATCCGTTCAGTGAGTTTTTGCGTGAAAGAGTAACACACACCCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACNCACANNCACA
4、CACACACACACACANAGACACATGCTAGTGTATGATGGCCAGAGACCCCAAGCTTCGGATCCGGCTCGACACACACACACACACACAACACACACACAATCGTCGACCTGCNNGCATGCAAGCTTGGCACTGGCCGTCGTTTTACAACGTCGTGACTGGGAAAACCCTGGCGTTACCCAACTTAATCGCCTTGCAGCACATCCCCCTTTCGCCAGCTGGCGTAATAGCGAAGAGGCCCGCACCGATCGCCCTTCCCAACAGTTGCGCANCCTGAATGGCGAATGGCGCCTGANGCGGCAT
5、TTTCTCCTTACGCATCTGTGCGGNATTTCACACCGCATATGGTGCACTCTCAGTACAATCTGCTCTGATGCCGCATAGNTAAGNAGCCCCGACACCCGCCAACACCCGCTGACGCGCCCTGACGGGCCTTGTCTGCTCCCGGCATCCGNTTAAAGACAAGCTGTGACCGTCTCCCGGGAGCTGCATGTGTCAGAGGTTTTNCCGNNNTCNCCTGAACGCGCNAGACGAAAGGGCCTNNNGAAACGCCNATTTTATGGGTTAAGG步骤：在google找到VecScreen进入其窗口，复制上述序列，然后
6、粘贴到VecScreen中，点击进入后再点击进入其中用红笔画圈为结果结果：步骤中用红笔圈出的为实验结果：（1）输出序列长度918bp、(2) 载体序列的区域456-854bp、(3)可能使用的克隆载体都有Prkw2 Pbr322 Pgem-13zf(+) M13mp182、使用相应工具，分析下列未知序列的重复序列情况，输出重复序列的区域、包含的所有重复序列的类型、重复序列的总长度及Masked Sequence。GTTTGGGGCCAGAGTGGGCGAGGCGCGGAGGTCTGGCCTATAAAGTAGTCGCGGAGACGGGGTGCTGGTTTGCGTCGTAGTCTCCTGCAGCG
7、TCTGGGGTTTCCGTTGCAGTCCTCGGAACCAGGACCTCGGCGTGGCCTAGCGAGTTATGGCGACGAAGGCCGTGTGCGTGCTGAAGGGCGACGGCCCAGTGCAGGGCATCATCAATTTCGAGCAGAAGGAAAGTAATGGACCAGTGAAGGTGTGGGGAAGCATTAAAGGACTGACTGAAGGCCTGCATGGATTCCATGTTCATGAGTTTGGAGATAATACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGCAGGCTGTAC
8、CAGTGCAGGTCCTCACTTTAATCCTCTATCCAGAAAACACGGTGGGCCAAAGGATGAAGAGAGGCATGTTGGAGACTTGGGCAATGTGACTGCTGACAAAGATGGTGTGGCCGATGTGTCTATTGAAGATTCTGTGATCTCACTCTCAGGAGACCATTGCATCATTGGCCGCACACTGGTGGTCCATGAAAAAGCAGATGACTTGGGCAAAGGTGGAAATGAAGAAAGTACAAAGACAGGAAACGCTGGAAGTCGTTTGGCTTGTGGTGTAATTGGGATCGCCCAATAAACATTCCCTTG
9、GATGTAGTCTGAGGCCCCTTAACTCATTGTAGGGAAAAGAAAGAGAGATCAGACTGTTACTGTGTCTATGTAGAAAGCTGTTATCCTGCTAGCTGTAGAAATGTATCCTGATAAACATTAAACACTGTAATCTTAAAAGTGTAATTGTGTGACTTTTTCAGAGTTGCTTTAAAGTACCTGTAGTGAGAAACTGATTTATGATCACTTGGAAGATTTGTATAGTTTTATAAAACTCAGTTAAAATGTCTGTTTCAATGACCTGTATTTTGCCAGACTTAAATCACAGATGGGTATTAAACT
10、TGTCAGAATTTCTTTGTCATTCAAGCCTGTGAATAAAAACCCTGTATGGCACTTATTATGAGGCTATTAAAAGAATCCAAATTCAAACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA步骤：在ncbi中的blast粘贴上述序列，找到相似性序列，查看物种来源，为human。用google中找到RepeatMasker进入其主页，点击进入，然后将上述序列复制粘贴，在中选择human，点击进入后在新窗口中点击进入，此题也可用ncbi中blast来查看位置序列，选择相似性最高的，此时为人，在用RepeatMa
11、sker，在NADsource中选homo，以后步骤一样结果：（1）输出重复序列的区域（2）包含的所有重复序列的类型（3）重复序列的总长度（4）Masked Sequence：3、使用CpGPlot/CpGReport/Isochore工具，分析下列未知序列，输出CpG岛的长度、区域、GC数量、所占的百分比及Obs/Exp值。gi|31581532|ref|NM_019880.2| Mus musculus mitochondrial carrier homolog 1 (C. elegans) (Mtch1), mRNAGCCCGCCCGCCATGCCCCCTCGCCCCGCGGCGTGAG
12、TGGTGCTGCCAGGACCCTCCCCTTGACGTTCGGGGGCGTGGCCAGCACCACGTGACGGGGAGTGACCTCCACGCCTGGCGCCATGGGGGCTTCGGACCCGGAAGTGGCGCCTTGGGCTCCCGGCGGCGCCGCGGGGATGGCGGGAGCCGGAGCTGGTGCAGGAGCTCGGGGCGGCGCGCCGGCCGGAGTCGAGGCCCGCGCTCGGGACCCACCACCCGCGCACCGCGCGCACCCTCGCCATCCTCGGCCCGCGGCTCAGCCGTCGGCGCGCAGGATGGACGGCGGCCCGGGCGCCCCGGG
13、CTCCGGGGACAACGCCCCGACCACCGAGGCGCTGTTCGTGGCGCTGGGCGCGGGCGTGACGGCTCTCAGTCACCCGCTGCTCTACGTGAAGCTGCTGATCCAGGTGGGTCATGAGCCGATGCCCCCCACCCTTGGGACCAATGTGCTGGGGAGGAAGGTCCTCTACCTGCCGAGCTTCTTCACCTATGCCAAGTACATTGTGCAGGTGGATGGGAAGATAGGGCTCTTCCGGGGCCTGAGCCCCCGCCTTATGTCCAACGCCTTGTCCACTGTGACCCGCGGCAGCATGAAGAAGGTTTT
14、CCCTCCAGATGAGATGGAGCAGGTTTCCAACAAGGACGACATGAAGACCTCACTCAAGAAAGTTGTGAAGGAGACATCGTATGAGATGATGATGCAGTGTGTATCGCGAATGCTGGCCCATCCCTTACACGTGATCTCGATGCGATGCATGGTGCAGTTTGTGGGACGGGAGGCCAAGTACAGTGGTGTGCTGAGTTCTATTGGGAAGATCTTCAAGGAAGAGGGGCTGCTGGGATTCTTCGTTGGCTTAATCCCTCACCTCCTGGGCGATGTGGTTTTCTTGTGGGGCTGTAACCTGCT
15、GGCCCACTTCATCAATGCCTACTTGGTGGACGACAGCGTGAGTGACACCCCAGGGGGGCTGGGAAACGACCAGAATCCAGGTTCCCAGTTTAGCCAGGCCCTGGCCATCCGGAGCTACACCAAGTTTGTGATGGGGATTGCAGTGAGCATGCTGACCTACCCCTTCCTGCTCGTTGGAGATCTCATGGCAGTGAACAACTGTGGGCTGCGGGCTGGACTCCCTCCGTATTCCCCTGTGTTCAAGTCCTGGATCCACTGCTGGAAGTACCTGAGTGTGCAGGGCCAGCTCTTCCGCGGCTC
16、CAGCCTGCTTTTCCGCCGGGTGTCATCGGGGTCATGCTTTGCCCTGGAGTAACCTAAGCTGCCCGACCAAACATTTATGGGGTCTTAGCCTACCCCTGGTGAGGACCCATCATCTCAGATGCCCAAGGGTGACTCCAGCCCAGCCTGGCTTCATGTCCATATTTGCCATGTGTCTGTCCAGATGTGGGCTGGTGGAGGTGGGTCACCTGGGACCTGGGGAAGCCTGGGGGAGCAGTGTTGGGGTGGCATCCCCTTCCTGCCTAGAGGTACTGGAGTCCATCTTGTACTCAGGCAGAGGCA
17、GGCTGCAGAGGCAAACGTCACTCAGTGGCAAGGCTTCCCTGCACCTCTAGCCCAGCTCATCCTGCCAGTCAGCCAGAAGCACCCCCGCCCCCCACTTCCTGCTTTGTAAATTGGGCGCCATCACACCTGGGCCATGGGAGGCTGGCGCTATGTTCCCAACACTAATTTTCTTATACAAGGGTGGTGCCTTCTCCTGAATAGGAAATCATGTTCTCCTCAGACCATCCCCTCATCTGCTTGTCTGTGCTGGTGACGCCAGGTGTGAGGGTTCAGTCACTGTGCTGGGTGCGAATACGCACA
18、GGTTACATAGGCCGACATCTAGTCCTCCCCTCGTGGTAAGATAGACCCATCTCCTCGAATAAATGTATTGGTGGTGATTTGGAAAAAAAAAA步骤：进入CpGPlot/CpGReport/Isochore主页面，将上述序列复制粘贴，然后点击Run分析结果结果：（1）CpG岛的长度385（2）区域：（3）GC数量200（4）所占的百分比50.00（5）Obs/Exp值为0.6 此处要确切的数值4、预测下面序列的启动子，输出可能的启动子序列及相应的位置。gi|244474|gb|S79457.1| alpha A-crystallin 5 flanking
19、 region human, lens, Genomic, 1868 ntGATCCTGTGTCCCCGGACAGTGCTGTAAATGTAGGAGGAAGGTGCTGCTCATGGTGCTGCTCATGATGAGTGCCCCAGTGAGCACGCCTCGAGCCCCCCTTTCATCCCTGATCCATCTGGGATGTGTCAGGTCTGATCCGCATACACTGGGCATCTGACATTTCATGGCCTTCTGACGCATGGGCTGAGATGAATTTGCAAAGCCCGGGAGTGTCCTGGGTGTGTGTTCACTCCACACGCACGAATCTGTTAGAGGCTGAGTA
20、GGAACTAGGAGGCCAAAGAGAACCAGGCAACTTCCCACAGCCTGGACCGTACACTAGAAAAGCTAGCCTGGAGAGGGGCATGGCCTCTTCCCAGGCTGGCAGGGGGAATGTGGGGAGGACCATGCTCCCCAGGGCCAGTTTACCAAAATATCAAAATACCAAAATATCAAAAGAACTTAAAACTAGGAGTGAGCCAGGTGCAGTCTCACGCCTGTAATCCTACACTTTGAGAGCCAAGGCAGGTGGGTCACCTGAGGTCAAGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACACGGTGAAACCCTGT
21、CTCTACTAAAAATACAAAAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATTAGCCAAGTGTGGTGGCAGGCACCTGCATCTCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGTGGGAGAATTGTTTGAACCTGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCGCGCCACTATATGATCTGGGCGCCACTCTGGGTGACACAGCAAGACTCCATCTCAAAAACAAACAAACAAAACCGGGAGTGCCTGGGACACTTAGTGAGAACTGGACAGGGGCCATGGGTCGAGGAGCAAAATAATCACCAGGACTTGTGG
22、ATAACAGGATCATGTGGGTGGTGGGTCCGCATGGGTGACAGGGACGTGGGGACATGTCGCCACCCTGACAGGAGCAGCCCAACTCAACAGCCACGGCAGGTCATGCACGGAGGCTCGAGGCGTTACGTGGGGATGTTACATCAAGGCATTACATCATTACGAGATGTAACGCTCGAGGCGTTACATCGAGGGGACGATGGCATGGGGCTGGGGCGTCCAGGGTGGGCGCAGAGGGAAGCTCAACCACGTGGTGCTCTCATCTGCCCACAGCCCAGCCCGTCTTCCTGTTGGAGGCATGTG
23、ACCCCTGGAGGACAAGCATGTGACCCCTGGAGGACAAGCATGAAACGCCATAGGCTCCCCAAGTGCTGAATTATGGCACCTTGCAGCTTCTTCTCCACGACGTTTTAACAAGCGATGCGTACTTTTGTAAGTGGTGAGTGTAACGGAGGTTCACAGATGCACTCCGCTTTGGAAACCAGTGCACTCTTGCCCAGGCCCGGTGAGACTCTGAGGACGATGTGTCTAACCTCTGTGTCTAACGGGGGTGTGTGCTCTCCCTCCTCTGGCGACCATGAGGAAACCCCCGGCAGGACAAGGTGT
24、GCAGAGAACTAGCATGGTCCCTGGCACGTAGCCCCTGCCCAGTGACTGGCAGATGAGAAGCTCCATTGTCGCCCCAGGGAGTATGGGGCACAGGCGCCTCCTTGGGTTGTCTGCCTCCCGGGAGCCCCAGGGTGCCCAGGCGGGCCTCAGCTGAGTCCAGGCCTCGGGGACAGTCCGTGCACGCTCCTGGGGCTGGGGGCGGGCACTTGTCCCAGCCACGTTTCTGCTGACTGAGCAGCCTTCTTCATGAGCTCACGCCTTTCCAGAGAAATCCCTTAATGCCGCCATTCTGCTGGTGGC
25、ATATATAGGGAGGGCTCGGCCTTGGCTCCACACTGGCTGCCAGAGGCCCCGCTGACTCCTGCCAGCCTCCAGGTCCCCGTGGTACCAAAGCTGAACATGGACGTG步骤： 进入http:/www.fruitfly.org/主页，点击进入点击将上述序列粘贴得结果：可能的启动子序列及相应位置看上面截图a. 启动子序列 相应位置b. 启动子序列 相应位置c. 启动子序列相应位置5、运用Splice Site Prediction工具分析下面序列，分别输出内含子外显子剪接位点给体和受体的区域及剪接处位置的碱基。gi|177830|gb|K02212.1|H
26、UMA1ATP Human alpha-1-antitrypsin gene (S variant), complete cdsGAATTCCAGGTTGGAGGGGCGGCAACCTCCTGCCAGCCTTCAGGCCACTCTCCTGTGCCTGCCAGAAGAGACAGAGCTTGAGGAGAGCTTGAGGAGAGCAGGAAAGGTGGAACATTGCTGCTGCTGCTCACTCAGTTCCA 步骤： http:/www.fruitfly.org/seq_tools/splice.html打开此页然后粘贴上述序列点击进入得到结果：（1）内含子外显子剪接位点给体和受体的区域分别为3-
27、17和23-63(2)剪接处位置的碱基和6、对下面序列进行六框翻译，利用GENESCAN综合分析(首先确定给定序列的物种来源)哪个ORF是正确的，输出六框翻译（抓图）和GENESCAN结果(包括predicted genes/exons 和 predicted peptide sequence(s) 两个部分)。CTCGCGCAGGGGGGGTCGCCTGAGATCACAGAGACAATGGTGAAGGCAGTTGCTGTCCTCGCCGGCACTGATGTCAAGGGCACCATCTTCTTTTCACAGGAAGGGGATGGTCCGACCACCGTGACTGGAAGTATCTCTGGCCT
28、CAAGCCAGGCCTCCATGGGTTCCATGTGCACGCGCTTGGCGACACCACCAACGGCTGCATGTCGACTGGGCCACACTTCAATCCTGTTGGCAAGGAGCATGGTGCACCGGAAGATGAGGACCGCCATGCCGGTGATCTTGGGAATGTGACAGCGGGAGAAGATGGTGTTGTTAATGTCAATATTACTGACAGCCAGATACCTCTTGCTGGACCCCACTCGATCATTGGCCGAGCTGTTGTTGTCCATGCTGATCCGGATGACCTTGGCAAAGGTGGACATGAGCTTAGCAAGAGCACCGG
29、AAATGCTGGCGGACGTGTTGCCTGTGGTATCATTGGGCTCCAAGGCTAAAGCGGTTAACCTCCGAGGCAAACACCATAGAAGATCGAAGCGAGCACCTCAGGATGTTGCTGTTCCATTTCCCTGTATTGGCAACACAATTTGAGTACTCCAAATAAGCGCCTGATCCATGATCAGAGAGCACTATCATGCATTTGTATATATGAACAATGTTGCGCACCTGCTTAAGTGTCTGTTCCAACAAATGCTTAAG步骤：用ncbi中blast输入上述序列，找到相似性搜索此物种为玉米 再在ncbi中的ORF fi
30、nder中输入上述序列，点击和进入得到 然后在google中输入GENESCAN输入上述序列，在中选Maiza和，点击进入得到结果结果;（1）利用GENESCAN和ORF finder分析六框翻译（抓图） predicted genes/exons predicted peptide sequence(s)7、进入REBASE限制性内切酶数据库，输出AluI、MboI、EcoI三种内酶的Recognition Sequence和Type。步骤：输入结果：RecognitionSequence Type Ecol:Recognition Sequence TypeMboIRecognition
31、Sequence Type8、使用引物设计工具，针对下列未知序列设计一对引物，要求引物长度为20-25bp，扩增产物长度300-500bp，退火温度为50-60。请写出选择的一对引物（Forward Primer and Reverse Primer）、及相应的GC含量、引物的位点、Tm值和产物长度。GTTTTGCACCTTCGTTTCCTGCGGCGGCTTCTGTCGTCTCCTTGCTTTTTGCTCTCCCAGGTTCCGAGGCCGCCGCGCGTCTCCCGGGGAAGCATGGCGATGAAGGCCGTGTGCGTGCTGAAGGGCGACGGTCCGGTGCAGGGCGTCAT
32、TCACTTCGAGCAGAAGGCAAGCGGTGAACCAGTTGTGGTGTCAGGACAGATTACAGGATTAACTGAAGGCGAGCATGGGTTCCATGTCCATCAATATGGGGACAATACACAAGGCTGTACCACTGCAGGACCTCATTTTAATCCTCACTCTAAGAAACATGGCGGTCCAGCGGATGAAGAGAGGCATGTTGGAGACCTGGGCAATGTGGCTGCTGGAAAGGACGGTGTGGCCAATGTGTCCATTGAAGATCGTGTGATCTCACTCTCAGGAGAGCATTCCATCATTGGCCGTACTATGGT
33、GGTCCACGAGAAACAAGATGACTTGGGCAAAGGTGGAAATGAAGAAAGTACAAAGACTGGAAATGCTGGAAGCCGCTTGGCTTGTGGTGTGATTGGGATTGCCCAATAAACATTCCCTATGTGGTCTGAGTCTCAGACTCATCTGCTGTCCTGCTAAACTGTAGAAAAAAACCAAACCATTAAACTGTAATCTTAACAGTT步骤：在ncbi中blast中数如此序列，查找相似性序列，找到其faste格式输入http:/bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/genefisher2/submis
34、sion.html进入主页，输入上述查找的faste格式，点击进入，再点击进入，点击进入，点击进入，根据上述给予的参数设定后，点击得到选择其中一个Tm最小的结果：选择的一对引物（Forward Primer and Reverse Primer）第三个相应的GC含量50和45引物的位点149和592Tm值59.3983和59.7767产物长度516和5169、将下面的序列用NEBcutter 2.0工具分析，用产生平末端及有四个酶切位点的酶进行酶切，并用抓图提交胶图（view gel），要求1.4% agarose和Marker为100bp DNA Ladder。CTCTCTGCTCCTCCT
35、GTTCGACAGTCAGCCGCATCTTCTTTTGCGTCGCCAGCCGAGCCACATCGCTCAGACACCATGGGGAAGGTGAAGGTCGGAGTCAACGGATTTGGTCGTATTGGGCGCCTGGTCACCAGGGCTGCTTTTAACTCTGGTAAAGTGGATATTGTTGCCATCAATGACCCCTTCATTGACCTCAACTACATGGTTTACATGTTCCAATATGATTCCACCCATGGCAAATTCCATGGCACCGTCAAGGCTGAGAACGGGAAGCTTGTCATCAATGGAAATCCCATCACCATCTTCCAGGAGCGA
36、GATCCCTCCAAAATCAAGTGGGGCGATGCTGGCGCTGAGTACGTCGTGGAGTCCACTGGCGTCTTCACCACCATGGAGAAGGCTGGGGCTCATTTGCAGGGGGGAGCCAAAAGGGTCATCATCTCTGCCCCCTCTGCTGATGCCCCCATGTTCGTCATGGGTGTGAACCATGAGAAGTATGACAACAGCCTCAAGATCATCAGCAATGCCTCCTGCACCACCAACTGCTTAGCACCCCTGGCCAAGGTCATCCATGACAACTTTGGTATCGTGGAAGGACTCATGACCACAGTCCATGCC
37、ATCACTGCCACCCAGAAGACTGTGGATGGCCCCTCCGGGAAACTGTGGCGTGATGGCCGCGGGGCTCTCCAGAACATCATCCCTGCCTCTACTGGCGCTGCCAAGGCTGTGGGCAAGGTCATCCCTGAGCTGAACGGGAAGCTCACTGGCATGGCCTTCCGTGTCCCCACTGCCAACGTGTCAGTGGTGGACCTGACCTGCCGTCTAGAAAAACCTGCCAAATATGATGACATCAAGAAGGTGGTGAAGCAGGCGTCGGAGGGCCCCCTCAAGGGCATCCTGGGCTACACTGAGCACCAG
38、GTGGTCTCCTCTGACTTCAACAGCGACACCCACTCCTCCACCTTTGACGCTGGGGCTGGCATTGCCCTCAACGACCACTTTGTCAAGCTCATTTCCTGGTATGACAACGAATTTGGCTACAGCAACAGGGTGGTGGACCTCATGGCCCACATGGCCTCCAAGGAGTAAGACCCCTGGACCACCAGCCCCAGCAAGAGCACAAGAGGAAGAGAGAGACCCTCACTGCTGGGGAGTCCCTGCCACACTCAGTCCCCCACCACACTGAATCTCCCCTCCTCACAGTTGCCATGTAGACCCCTT
39、GAAGAGGGGAGGGGCCTAGGGAGCCGCACCTTGTCATGTACCATCAATAAAGTACCCTGTGCTCAACC步骤：实验步骤：1、 输入 2.0主页。在序列框内输入序列。点击。点击，选择平末端及有四个酶切位点的酶进行酶切 同时找到平齐末端得到点击点击，调整各参数，进行分析。实验结果：10、对下面序列进行六框翻译，利用GENESCAN 综合分析哪个ORF是正确的，输出正确的ORF六框翻译（抓图）和GENESCAN结果(包括predicted genes/exons 和 predicted peptide sequence(s) 两个部分)。并针对正确的ORF设计一对引物
40、，输出引物即可。另对序列进行酶切，且在正确的ORF区域的两侧选择有两个酶切位点的限制性内切酶进行分析，输出默认的胶图（view gel）要求1.4% agarose和Marker为100bp DNA Ladder。gi|48762945|ref|NM_000454.4| Homo sapiens superoxide dismutase 1, soluble (amyotrophic lateral sclerosis 1 (adult) (SOD1), mRNAGTTTGGGGCCAGAGTGGGCGAGGCGCGGAGGTCTGGCCTATAAAGTAGTCGCGGAGACGGGGTGCT
41、GGTTTGCGTCGTAGTCTCCTGCAGCGTCTGGGGTTTCCGTTGCAGTCCTCGGAACCAGGACCTCGGCGTGGCCTAGCGAGTTATGGCGACGAAGGCCGTGTGCGTGCTGAAGGGCGACGGCCCAGTGCAGGGCATCATCAATTTCGAGCAGAAGGAAAGTAATGGACCAGTGAAGGTGTGGGGAAGCATTAAAGGACTGACTGAAGGCCTGCATGGATTCCATGTTCATGAGTTTGGAGATAATACAGCAGGCTGTACCAGTGCAGGTCCTCACTTTAATCCTCTATCCAGAAAACACGG
42、TGGGCCAAAGGATGAAGAGAGGCATGTTGGAGACTTGGGCAATGTGACTGCTGACAAAGATGGTGTGGCCGATGTGTCTATTGAAGATTCTGTGATCTCACTCTCAGGAGACCATTGCATCATTGGCCGCACACTGGTGGTCCATGAAAAAGCAGATGACTTGGGCAAAGGTGGAAATGAAGAAAGTACAAAGACAGGAAACGCTGGAAGTCGTTTGGCTTGTGGTGTAATTGGGATCGCCCAATAAACATTCCCTTGGATGTAGTCTGAGGCCCCTTAACTCATCTGTTATCCTGCTAG
43、CTGTAGAAATGTATCCTGATAAACATTAAACACTGTAATCTTAAAAGTGTAATTGTGTGACTTTTTCAGAGTTGCTTTAAAGTACCTGTAGTGAGAAACTGATTTATGATCACTTGGAAGATTTGTATAGTTTTATAAAACTCAGTTAAAATGTCTGTTTCAATGACCTGTATTTTGCCAGACTTAAATCACAGATGGGTATTAAACTTGTCAGAATTTCTTTGTCATTCAAGCCTGTGAATAAAAACCCTGTATGGCACTTATTATGAGGCTATTAAAAGAATCCAAATTCAAACTAAA
44、AAAAAAAAAAAAAAA步骤：（1）在GENESCAN中输入上述序列，点击进入（2）在ncbi中找到ORFfinder输入序列，在选2项，点击进入输入http:/bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/genefisher2/submission.html进入主页，输入上述查找的faste格式，点击进入，再点击进入，点击进入，点击进入，根据上述给予的参数设定后，点击得到（3）输入http:/bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/genefisher2/submission.html进入主页，输入上述查找的faste格式，点击进入，再点击进入，点击进入，点击进入，根据正确的ORF给予的参数设定后，因为正确的ORF的序列大，点击得到选择Tm值小的(4)输入 2.0主页。在序列框内输入序列。点击。点击，选择平末端及有两个酶切位点的酶进行酶切 点击点击，调整各参数，进行分析。结果：正确的ORF六框翻译（抓图）GENESCAN结果(包括predicted genes/exonsGENESCAN结果predicted peptide sequence(s)引物酶切位点教师打分及评语：
