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1、PubMed,南方医科大学医学情报学教研室 张政宝,PubMed简介认识PubMed文献PubMed检索特点PubMed检索功能（重点）PubMed特征栏功能介绍（重点）PubMed检索结果的处理PubMed主题词检索（重点）MyNCBI个性化服务,一、PubMed简介,概况,网址：http:/或 http:/或(com;org;net)由美国国立医学图书馆（National Library of Medicine-NLM）国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information-NCBI）向因特网用户提供免费MEDLINE检索服务(19
2、97-6-26),收录70余个国家4900多种生物医学期刊的题录与文摘，是世界上最权威的医学数据库现有1950年以来的1650多万篇文献的记录(其中MEDLINE记录1400多万条)目前每年增加60余万条文献记录在全部记录中有76%的文献为英文；在2000年以来的记录中90%的文献为英文；收录中文刊60余种,概况,的外部链接功能,提供NCBI开发的分子生物学数据库的链接，如Nucleotide、Protein、Genome、OMIN、Structure、Taxonomy等。提供美国国立医学图书馆多种资源的链接提供相关文献（RELATED ARTICLES）的链接提供其它外部资源的链接，如生物医
3、学期刊网站全文链接、NCBI资源。,外部链接,二、认识PubMed文献,作者AU,题名TI,来源SO,PubMed中文献的类型（状态）,数据类型（状态）,PubMed除了1966年以前的OldMedline，其余文献按处理过程分4种类型（或状态）,摘要和免费全文链接图标,在题录（Summary）显示格式下，分别以如下图标表示该记录是否有摘要或是否可免费获得全文，并提供相应的链接,三、PubMed检索特点,检索特点,检索运算符AND、NOT、OR必须大写。(vitamin c OR zinc)AND common cold支持截词检索（*），但对词组无效。如bacter*,可以检出以bacter
4、为词干的单词bacteria、bacterium等最多600个单词。截词检索时，系统的自动词语匹配功能和MeSH自动扩展功能将不再被执行，如：heart attack 将不映射到 MeSH 词 Myocardial Infarction。,检索特点,强制检索：双引号“”或限定字段 endocrine disruption“endocrine disruption注意：所有的“”、*、()、-都必须是英文状态下输入。,常用字段,Affiliation AD Author AU：姚开泰（yao kai tai-yao kt,yao kaitai-yao k）；tan jau 与 tan jau 不
5、同 Language LA：chinese la 或 chi la（前3个字母）MeSH Subheadings SH：自动扩展下位副主题词；如需关闭该功能，使用 sh:noexp MeSH Terms MH：自动扩展下位主题词；如需关闭该功能，使用mh:noexp,常用字段,Publication Date DP：1998/03dp;1998dp;1996:1998dp;1998/01:1998/04 dpPublication Type PT：reviewptTitle TI Text Words TW：包括Title,Abstract,MeSH Terms,MeSH Subheading
6、s,Chemical Substance Names,Personal Name as Subject 等 字段Title/Abstract TIAB,四、PubMed检索功能,检索,1、自由词智能检索 在检索框中键入一到多个单词，如键入：vitamin c AND common cold hepatitis b AND(diagnosis OR therapy)检索词可出现于PubMed各记录中的标题、摘要等全部字段。,检索,2、作者姓名书写格式西方人姓名书写格式：First name、Middle Name、Last name。美国肯尼迪总统名为：John Frank Kenedy，Ken
7、edy为Last name（姓）。Frank为Middle name，比较少看到，多看到 John F.Kenedy，中间名缩写了。如果看到姓名中间有逗号，则逗号前一定是姓。如：Kenedy,John F.,检索,2、作者姓名书写格式中国人姓名格式：Last name、First name。如：钟世镇，就有如下拼写形式可供检索：Shi-zhen Zhong；Shi zhen ZhongZhong shi-zhen；Zhong，shi zhenZhong，shi-zhen zhong szShizhen Zhong，zhong shizhenzhong s,检索,3、期刊检索检索时可输入期刊全名
8、，如：molecular biology of the cell，系统自动转换为”mol biol cell”Journal Name；也可输入期刊标准缩写形式（如：mol biol cell）或期刊的ISSN（国际标准出版物编号，如：1059-1524）。如果期刊名是一个单词或恰好是MeSH词表中的词，如Gene Therapy、Science、Cell等，则必须在刊名后加ta（期刊名称字段标识符）。,检索,3、期刊检索如果杂志全名中包括括弧或方括号，键入时应该予以取消，例如杂志名为：J Hand Surg Am，检索时应转成：J Hand Surg Am.中文期刊，用汉语拼音：Nan fa
9、ng yi ke da xue xue baoBeijing da xue xue baoZhonghua nei ke xue za zhi,五、PubMed特征栏功能介绍,（一）Limits限定检索,作者（Author）：系统有提示期刊（Journal）全文（Full Text 或 Free Full Text）日期（Dates）人类或动物研究（Humans or Animals）文献类型（Type of Article）性别（Gender）、语种（Languages）、年龄（Ages）、文献子集限定（Subsets）自由词可以结合以上各种限定进行。,限定检索窗口全貌,添加作者检索,添加期
10、刊检索,限定记录有全文、免费全文或摘要,限定记录有全文、免费全文或摘要,文献发表时间限定,记录添加到PubMed时间限定,人类与动物限定,性别限定,文献语种限定,文献子集限定,文献类型限定,研究对象年龄组限定,检索字段限定,检索举例,姚开泰院士2001年以前发表的有关鼻咽癌（nasopharyngeal cancer）方面的文献姚开泰，2001年以前，nasopharyngeal cancer,yao kai taiYao kaitaiYao ktYao k,如果仅检索某个人的文献，最好是这几种形式都用上。如果还有其他检索条件，最好“Yao k”的形式也用上。,注意：一次Limits检索结束后
11、，将前面的取消。,（二）Preview/Index功能介绍,Preview/Index 只显示最近的三次检索史，而用 History 按钮可以查看最近100次的检索史。,（三）History功能介绍,各检索式之间可以进行逻辑组配。,特征栏功能介绍-Clipboard,（四）Clipboard功能介绍,将每次满意的检索结果暂时保存至此最后集中处理（下载存盘或发E-mail）最多500条记录，断开连接后保存8小时,Details：显示计算机响应的本次检索式。,点击“URL”,（五）Details功能介绍,http:/=PureSearch&db=pubmed&details_term=effect
12、%5BAll%20Fields%5D%20AND%20%28%28%22magnetic%20resonance%20imaging%22%5BTIAB%5D%20NOT%20Medline%5BSB%5D%29%20OR%20%22magnetic%20resonance%20imaging%22%5BMeSH%20Terms%5D%20OR%20MRI%5BText%20Word%5D%29%20AND%20Review%5Bptyp%5D%20AND%20%222005/02/13%2000.01%22%5BEDAT%5D%20%3A%20%222005/03/15%2000.01%22
13、%5BEDAT%5D,保存该检索式至收藏夹,六、PubMed检索结果的处理,检索结果的处理,显示格式结果排序文本显示保存（最多10000篇）打印发送至Email订购原文,题录格式：作者、题名、出处。,Send to-text,Send to-Files,Send to-Email,检索练习,1.1985年以来第一军医大学钟世镇院士发表的论文。(First Military Medical University;Zhong Shi Zhen,Zhong Shizhen)2.最近半年有关儿童白血病治疗方面的英文文献。(child,children;leukemia;therapy)3.1998年以
14、来有关80岁以上老人胆石症诊断方面的文献。(cholelithiasis;diagnosis),七、PubMed主题词检索,MeSH(Medical Subject Headings),见教材P18-23记录中的医学主题词(MeSH)是由标引员为PubMed中的Medline文献所人工指定的词 ascorbic acid是MeSH Terms，而vitamin c则不是标引员使用能恰当描述文章内容的最相关MeSH词。通常一篇文章可有多个MeSH词。,PubMed能自动地为输入的检索词寻找相应的MeSH词用户利用一个MeSH词能找出所有有关该主题的文献,MeSH词独有特征,主要MeSH词(MAJ
15、OR TOPIC):MeSH term as main subject of the article(*)次要MeSH词扩展(EXPLODE)：chosen MeSH term and all more specific underlying MeSH terms副主题词(SUBHEADINGS),主题词等级排列，检索时可以将其下位词的文献都检索出来。,一个主题词可以处在不同的类目下。,SubHeadings 副主题词,对一个主题词的多个方面进行修饰限定的词，又称限定词。例如，hepatitis b这个主题词涉及到的病因、病理、诊断、治疗、放射照相术、微生物学等多个方面。目前有83个副主题词并
16、非每个主题词都能和83个副主题词组配。,SubHeadings 副主题词,MeSH词优点,不同拼写:paediatric/pediatric同义词:tumor,tumour,cancer,neoplasm,进入主题词检索界面，两个途径。,糖尿病（Diabetes）的治疗（therapy）方面的文献。,自由词检索的结果,第一步：输入检索词。,糖尿病（Diabetes）的治疗（therapy）方面的文献。,主题词检索开始,第二步：确定主题词,第三步：确定副主题词,第四步：检索,检索结束,如果想更准确？,如果第二个概念无法作为第一个概念的副主题词？,糖尿病的心理治疗（mental healing）方
17、面的文献。,尽量寻找与第二个概念相关的第一个概念的副主题词,如果找不到，就将此处选择上,此时，此处输入第二个概念,如果匹配的主题词只有一个，就自动转到副主题词界面,没有合适的副主题词，选择此处,检索“阿司匹林（aspirin）引起胃溃疡（stomach ulcer）的文献”,检索“阿司匹林引起胃溃疡的文献”,点击“Mesh Browser”，进入MeSH浏览器的首页在提问框中输入aspirin，点击Go按钮，显示该主题词的定义及其在词表中的位置。点击正确的相应主题词可做如下3种选择：选择副主题词adverse effects；Restrict Search to Major Topic hea
18、dings only；Do Not Explode this term,选择send to-search box with AND输入第二个检索词stomach ulcer,点击Go点击主题词stomach ulcer，选/SH为chemical induced选择send to-search box with AND点击PubMed Search按钮备注：如果键入的词不规范，MeSH浏览器将提示该词不是主题词，并显示与之相对应的MeSH词。,Clinical Queries,该功能项具备特殊的过滤器装置，可将检索结果只限定在有关疾病的病因、诊断、预后、治疗、临床预处理等方面。有助于临床医生更
19、有效地利用Medline数据库。,Clinical Queries,八、MyNCBI个性化服务,MyNCBI,存储检索式，定期发送最新相关文献。设定检索过滤器，使检索结果更加个性化。存储检索结果文献。,1.存储检索式,注意大小写,1.存储检索式,2.设定检索过滤器,以搜索方式寻找可设定的过滤条件项目,汇总设定好的过滤条件,3.存储检索结果文献,其他功能：Citation Matcher,点击左侧目条上的citation matcher超链，可以让用户用参考文献信息来查找Medline数据库中的文献。可进行单条文献的查找，也可以同时查找多条文献。,PubMed检索步骤,分析题目中要求检索的信息；将信息分成两类：文献主体讨论的信息；附加信息；首先检索文献主题讨论的信息，没有要求限定的一般不做限定；附加信息一定要做限定；最好一个一个信息的来检索；最后在History中组合各个检索式。,
