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1、转录组测序及EST-SSR引物开发,转录组测序基本原理,种子无菌苗的制备,1.种子灭菌,2.培养基配置（MS或1/2MS，控制好PH值）3.无菌苗培育（丛生芽诱导、丛生芽增殖）先暗培养，种子发芽后进行光照培养样品需求量（单次）：20ug；样品浓度 250ng/uL,EST-SSR引物开发,原始序列数据 Clean reads Unigenes组装 Unigenes SSR分析,质控、数据过滤,EST：Expressed Sequence Tags，即表达序列标签，指从 cDNA 文库中随机挑取单克隆测序所获得的序列片段，序列长度一般约为 60-500bp，由于 cDNA 的 5端或 3端的有限
2、序列可特异性地代表一个基因，故称为“表达序列标签”。特点：EST作为表达基因所在区域的分子标签，因编码 DNA 序列高度保守而具有自身的特殊性质，与来自非表达序列的标记（如RAPD、SSR、AFLP 等）相比，更有可能突破家系与种的限制。因此，EST 标记在亲缘关系较远的物种间具有更重要的意义。,(1)转录组序列SSR位点的查找与引物设计；(2)SSR标记引物的设计和评价；(3)SSR-PCR反应体系的优化和引物筛选；(4)进行遗传多样性和群体遗传学分析;,杜仲EST-SSR引物开发及遗传多样性研究,1.自主开发了杜仲 SSR 引物 设计合成 了114 对引物，其中13 对引物多态性高、稳定性好2.检测了杜仲 SSR 位点的遗传多样性通过等位基因、有效等位基因数、期望杂合度和观测杂合度等参数来表明杜仲受到遗传漂变、突变、迁移和选择等进化因子的干扰从而说明杜仲受到了自然选择、近交、人工选择等诸多因素的影响。3.对种群的遗传结构和聚类结果进行分析，获得群落间的亲缘关系,EST-SSR 标记技术在植物学研究中的应用,1.EST-SSR 在种间属内的通用性很好2.EST-SSR可用于种子资源遗传多样性研究 3.EST-SSR可用于遗传连锁图谱的构建,谢谢大家,
