化学信息学教学计划与周历.doc

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1、化学信息学教学计划与周历周 次授课内容实验内容科学与化学信息资源第一周课程介绍化学信息学简介IP掩码等设置、代理服务器设置TCP/IP、http、ftp协议上网环境:IP、掩码、代理服务器设置、二级设置与使用、ftp使用南京大学图书馆资源美国化学会春季年会第二周ftp演示remote machine和local machine间的文件传输通用信息检索通用信息检索:重大公共卫生和食品安全、行业研究第三周科学信息资源导游科技信息源:NSF, NIST, FDA, NIH, NASA, NANO, AAAS, Nature, NCBI, , flu, HIVnet, 科学美国人,新科学家, 图书馆电

2、子资源.第四周化学信息资源导游化学信息源:ACS, RSC, CHIn, Chemdex, chemo-infomatics (Indiana Univ.), 化学数据库, 图谱库,. 期中报告定题第五周化学文献:化学学科分类;CA、web of science;手册、专利、化学分类信息中国专利和美国专利各一份数据信息处理第六周实验数据处理:化学平衡与最小二乘法准备期中报告第七周化学谱图分析:ORIGIN绘图准备期中报告第八周ORIGIN谱峰分辨ORIGIN应用:实验数据处理,谱峰分辨第九周点评期中报告化学中的多因数问题XPS谱图分峰处理第十周化学中的多元分析方法红外谱图分峰处理红外谱图分峰处

3、理生物信息学第十一周生物信息学简介:人类基因组、基因组学、蛋白组学、代谢组学、系统生物学生物信息源:NCBI中国镜像,EMBL, PDB, 生物谷ras软件第十二周五一休假五一休假化学结构信息第十三周分子拓扑结构矩阵表示、ChemWindowChemWindow应用第十四周分子拓扑结构线性标记法、ChemOfficeChemOffice应用第十五周分子与材料的建模WebLab ViewerWebLab Viewer应用第十六周分子建模、计算与模拟HyperChem简介HyperChem应用第十七周Gaussian 98简介Gaussian 98应用实验安排第一组 星期一 14:0016:00

4、第二组 星期一 16:0018:00 第三组 星期三 14:0016:00 第四组 星期三 16:0018:00 地点:化学楼 315、317进机房要穿鞋套(自备)课程要求中期报告:文献综述,自选课题。成绩评定:中期报告20%,实验40%,期末考试40%。通用信息资源 www.eBLAST.com www.FindW ChinaBiG Yaho新浪Open TextWeb CrawlergoogleAbouteBLASTReference DeskAll The WebFind WhatFree PhotoSearch Engine ColossusSearch Engine Guide(th

5、e Small Business Guide)Easy SearcherBusiness Web SourceExciteTrust.eYour DictionaryAmazon网大中华大黄页搜狐网易阿里巴巴商务网阿里巴巴中国商务网科技信息资源www.loc.govhul.harvard.edu,lib.harvard.edu www-sul.stanford.edu www.nlm.nih.gov www.lib.washington.edu www.journals.cup.org www.sunsite.berkeley.edu www.sciencemag.org www.firstg

6、ov.gov www.science.gov www.nist.gov www.sti.nasa.gov www.esrin.esa.it www.ei.org www.nsf.gov www.aaas.org www.nano.gov www.nih.gov www.fda.gov www.ncbi.nlm.nih.gov www.uspto.gov www.codata.org www.codata.org/databases/key1.html www.crystalstar.org www.physicsweb.org hivnet.org www.nist.gov/dads 美国国会

7、图书馆哈佛大学图书馆, 哈佛大学图书馆资源斯坦福大学图书馆美国国立医学图书馆华盛顿大学图书馆出版商检索中国知识资源总库中国国家图书馆Elsevier剑桥大学出版社Cambridge University PressBerkeley Digital Library SunSITE科学美国人NatureSicence大英百科全书Encyclopedia Britannica新科学家美国政府web美国政府科技web美国国家标准与技术研究所NIST美国国家宇航局欧洲航天信息系统ESA美国工程信息公司美国科学基金会National Science Fundation美国科学促进会美国国家纳米技术创新计划

8、美国国家卫生研究所NIH美国国家食品与药物管理局美国国家生物信息中心美国专利和商标局国际科技数据委员会中国科学网中国生物谷-生物医学网中国生物细胞学学会晶体结构易信(北京经济信息中心)中国行业研究报告中国研究报告知识创新网化学化工难题挑战中国教育科研网中国教育部考试中心中国留学信息网国家留学基金委员会中国科学院中国工程院中国科技网中国科技信息中国科学院科学数据中心清华大学北京大学物理网爱滋病HIV中国药网百拇医药大众版百拇医药专业版中国流感检测Dictionary of Algorithms and Data Structures化学信息资源 www.chemdex.org www.india

9、na.edu/cheminfo www.informatics.indiana.edu www.chemcenter.org ,www.chemistry.org , www.acs.org www.chemsoc.org , www.rsc.org www.iupac.org info.cas.org webbook.nist.gov www.liv.ac.uk/Chemistry/Links www.nist.gov/srd/index.htmwww.ncbi.nlm.nih.govwww.ncbi.nlm.nih.govwww.rcsb.orgwww.rcsb.org/databases

10、.htmlwww.vlib.orgwww.vlib.org/Medicinelondonbridge.ohsu.edu/wwwvl中国化学信息门户ChinWeb(中国国家科学数字图书馆)中国化工信息中心中国石油和化工文献资源网Chemistry in YahooChemDexChemical IndustryIndiana大学化学信息资源Indiana大学化学信息专业美国化学会Royal Society of ChemistryIUPACCASChemistry WebBookLiverpool Virtual Library for Chemistry 化学虚拟图书馆Scientific a

11、nd Technical Databasesmaterials Quantum Dots美国生物信息中心NCBI剑桥软件NCBIPDBProtein and Nucleic Acid DatabasesVirtual LibraryVirtual Library-MedicineVirtual Library Biosciences Medicine中国科学院科学数据库中心清洁能源技术报告Clean Tech废弃物管理与循环使用化学信息资源应用基因组学genome基因芯片bio chip, gene chip蛋白组学proteomics蛋白芯片代谢组学人类X染色体chromosome与疾病基因

12、流感病毒肝炎A, B, D 病毒HIV-1病毒乳腺癌与激素血红素hemoglobin及oxygen transport白细胞表面蛋白CCR5的作用胰腺酶乙腺胆碱酯酶RNA干扰乙醇汽油生物柴油镁稀土合金 有色金属与Al合金Al13的类卤素特性分子筛碳纳米管的吸附与催化特性含S催化剂杀虫剂与抗药性分子电路与分子器件Si-N功能材料PE市场与前景钢铁工业市场与前景醋酸工业市场与前景烟草香水十溴二苯醚(高效阻燃剂)扑热息痛(原药)哌嗪(中间体)牛磺酸(食品添加剂)乙二醛(中间体)香兰素(香料)促进剂DZ(橡胶助剂)硬脂酸锌(塑料稳定剂)2,4二硝基氟苯(中间体)白炭黑(橡胶助剂)废聚苯乙烯泡沫塑料的回

13、收利用(制油、胶、保温材料)竹枝、麻竿制木质素磺酸钠(油田采油助剂)氟苯(中间体)过氧化钙(氧气缓释剂)聚合铁(净水剂)甜蜜素(食品添加剂)柠檬酸三丁酯(无毒增塑剂)尼卡吧嗪(兽药)氧化铁红(颜料)氧化铁黄(颜料)邻氯苯胺(中间体)草枯醚(除草剂)除草醚(除草剂)自洁外墙涂料玉米制聚乳酸(可降解材料)a-萘乙酸甲酯(植物生长素)乙烯利(植物生长素)从柑橘皮中提取黄色素甜菜碱(表面活性剂)食品添加剂与安全化学品与安全Botulinum toxin A (Clostridium botulinum; bacterium)Saxitoxin(Alexandrium, Gymnodinium, and

14、 Pyrodinium algae)Tetrodotoxin(present in pufferfish, genus Fugu)Coral snake venom(Micrurus fulvius fulvius)Gila monster venom(Heloderma suspectum)VX (nerve gas)O-Ethyl-(S)-2-diisopropylaminoethyl-methylphosphonothiolateBlack mamba venom(Dendroaspis polylepis) White phosphorusTrichothecene mycotoxin

15、sHydrogen cyanideNicotine(S)-3-(1-Methyl-2-pyrrolidinyl)pyridineArsenicWater moccasin venom(Agkistrodon piscivorus)Soman (nerve gas)Pinacolyl methyl phosphonofluoridateStrychnineChaconine and Solanine Potato (Solanum tuberosum) glycoalkaloidsDimethylmercuryWestern diamondback rattlesnake venom(Crota

16、lus atrox)Mercuric chlorideThallium sulfate (rodenticide)Paraquat(herbicide)1,1-Dimethyl-4,4-bipyridiniumSarin (nerve gas)Isopropyl methylphosphanofluoridateChlordane (pesticide)1,2,4,5,6,7,8,8-Octachloro-3a,4,7,7a-tetrahydro-4,7-methanoindaneSodium chlorate (herbicide)Dieldrin (pesticide)endo, exo-

17、1,4:5,8-DimethanonaphthaleneTabun (nerve gas)Ethyl N,N-dimethylphosphoramidocyanidateBenzeneCadmiumMustard gas (vesicant)Bis-(2-chloroethyl)sulfideToxaphene (pesticide)Polychlorinated camphenesCaffeine 1,3,7-TrimethylxanthineChloroformPyrethrins (pesticide)MCPA (herbicide)4-Chloro-2-methylphenoxyacetic acidEthylene glycolIsopropyl alcoholEthyl alcoholMethoxychlor (pesticide) 2,2-Bis(p-methoxyphenyl)-1,1,1-trichloroethane

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