《CANOCO之CCA排序.docx》由会员分享，可在线阅读，更多相关《CANOCO之CCA排序.docx（7页珍藏版）》请在三一办公上搜索。
1、CANOCO之CCA排序Canoco for Windows 4.5之CCA排序 以下为软件使用的详细步骤，具体探讨如何使用Canoco for Windows 4.5软件包完成Canonical Correspondence Analysis (CCA) 分析，软件包的大部分程序都将在步骤中涉及，鉴于分析中所采用的公用数据集，大家可以基于Canoco测试版重做这些分析。 (提醒： Canoco测试版默认安装路径为C:Canoco，如果您在别的地方重新安装，请恰当的调整文件夹路径。) 步骤共划分为四个过程: 借助WCanolmp导入电子表数据 借助Canoco for Windows进行CCA
2、排序 借助CanoDraw画出排序图 修正CanoDraw 排序图 一、借助WCanoImp导入电子表数据 1.打开路径C:CanocoSamplesdune_env.xls中的Excel文件，当然也可以使用其他可读形式。在Excel表中，要选择整个矩形区域的数据，包括第一行和第一列，然后复制数据到剪贴板，之后，从快捷菜单中打开Canoco for Windows的子菜单WCanoImp。 图1 从快捷菜单中打开WCanoImp 2.此时，WCanoImp程序已经开始运行，这里我们选择保存数据为Condensed格式。核对以下选项后，就可以点击保存按钮了。 图2 WcanoImp的文件保存 3
3、.此时出现一个文件选择框，选择文件路径为C:CanocoSamples，同时输入文件名 duneenv2.dta，此时不要输入duneenv.dta，因为这个文件已经存在，如果你保存的话将会覆盖，之后，点击“Save”按钮。 4.之后弹出一个小型窗口，可以输入一段描述性的文字，此时由WCanoImp生成的一段文字被突出显示，可以默认，也可以通过输入文字直接替换。然后点击“OK”按钮，有提示框提醒“你的文件成功创建”，最后再次点击“OK”按钮后，又回到WCanoImp窗口，可以关闭。 二、借助Canoco for Windows进行CCA排序 1.从快捷菜单中打开Canoco for Windo
4、ws的子菜单，此时选择Canoco for Windows项，打开的时候会有日期提醒，关闭后继续。此时，Canoco for Windows的工作区还是空的，在开始分析之前，我们必须创建一个新的项目，如可以通过工具栏上的“New project”快捷键创建。 图3 Canoco for Windows新项目的创建 2.点击“New project”按钮之后，会出现新的项目窗口和登录窗口，同时项目建立向导也会自动启动。CCA试图通过环境数据解释物种关系，如果我们想同时分析物种数据、环境数据以及相应的梯度关系，则必须首先选择第一个向导页的复选框，确认后点击向导页下方的“Next”按钮。 图4 数据
5、关系的选择 3.下一页，主要是选择2个文件作为排序结果的储存部分。但由于前一页的选择，所以两个选项是非激活的。此时，你可以直接在默认路径中输入文件名，也可以使用“Browse”按钮去查询数据文件所在，原则上应该按照下图填写路径，除非你的Canoco安装目录不在C:Canoco。 图5 数据文件的选择 4.点击“Next”按钮后，向导页出现了分析方法的选择，这里选择CCA，当然你也可以尝试单击向导页右上方的“？”按钮，点击后你的鼠标变成一个问号标志，放到任何一个标签上面都可以得到具体信息，如想获得整个向导页的说明，则可以点击向导页底部的“Help”按钮。 5.下一页，需要选择分类排序的比例，此时
6、保持默认值，如想更清楚了解这一选择，你也可以尝试阅读“Help”文本。 6.继续下一页，给我们提供物种数据转换的几种方法，对于我们的数据，物种数值大体处于对数比例，因此我们保持默认的“不转换”，继续点击“Next”。 7.这一页 “数据编辑选择” 是数据分析的核心部分，通过选择特定的复选框，你可以通过分析移除某些样本、物种或是环境变量，改变它们的比重或是让它们作为补充成分。此外，你也可以通过Define Interactions扩展解释变量。但在步骤中，为尽量保证我们的展示简单，我们没有选择任何一个复选框且忽略了大部分的向导页说明。 图6 数据编辑选择 8.下一页允许进行环境变量的预选，除了手
7、动预选之外，也可以借助CANOCO 3.x的自动预选，它可以为个体解释变量的微量和受制约的影响提供快速的概括。在此时说明中，我们依然保持默认状态，继续点击“下一步”。 9.下一页“Global Permutation Test”主要涉及蒙特卡洛置换检验，我们将为之展示Canoco for Windows最简单的置换检验。首先选择左边页的最后一个选项“Both above tests”，同时让排列数和排列类型选择保持默认状态。 图7 Global Permutation Test 10.下一页，继续保持默认设置。当然也可以采取违背最简排序方法，如通过协变量分析，确定已有样本/实验设计的程序结构，
8、因此那些来自不同结构的样本并没有在排列中转换，可见The Package: The Canoco for Windows module以获取更多信息。 11.最终页终于出现了，这里友情提醒，此时你或许需要回头检查下当初的选择并按照要求进行修正，当然也可以在排序分析完成后检查，最后能重复和提高已有分析结果，如果确定的话，点击“Finish”按钮。 12.这样，一个标题为“Canoco Project”的文件保存对话框出现了，需要你输入一个名字并保存，比如我们把文件tutorial.con保存路径为C:CanocoSamples。 图8 con文件的保存 13.点击“OK”按钮之后，已有项目得以保
9、存，界面又回归到Canoco for Windows 工作区，同时项目窗口被突出显示，而登录窗口成为背景。 14.点击项目窗口中的“Analyze”按钮，计算过程呈现在弹出窗口，在这个窗口消失之后，你又将回到Canoco for Windows工作区，此时登录窗口填满了分析的主要结果。若想检查排序结果，可通过点击窗口查看，当然也可以点击F3或点击转换工具栏按钮。 图14 Canoco for Windows主界面 15.在登录窗口，你可以看到蒙特卡洛排序检验、排序总体情况以及一些附加信息，这些信息在Canoco for Windows中有细致展示，也可借助右手边的“scrollbar”收起登录
10、窗口。 图15 登录窗口的详细信息 三、借助CanoDraw画出排序图 1.有两种方法打开CanoDraw，一是从快捷菜单中打开Canoco for Windows的子菜单，此时选择CanoDraw项；二是在项目窗口执行“ProjectCanoDraw”命令。刚开始的时候，CanoDraw for Windows基于现有的活动项目、排序结果和输入数据文件创建了一个新的项目，此时需确认项目名称，点击“保存”按钮，然后从ProjectNominal variables子菜单中选择环境变量，同时选择SF, BF, HF, NM 变量 2.为创建图表，从CreateBiplots and Joint
11、Plots子菜单中选择“Species and env.variables”项，最终生成排序图。用“File”子菜单中的“Save”命令保存，并给与命名，当然，在本文的后一部分，将主要介绍如何修正排序图。 图16 CanoDraw中的变量选择 图17 排序图的生成 四、修正CanoDraw 排序图 1.原则上，对排序图的修正，可以通过选择图表的不同部分来完成。但是在很多分析中，因为排序图初次建立时的选择是比较恰当的，所以对图表的修正往往事倍功半。 2.如果想修正的话，可通过使用“View”菜单中的“Visual Attributes”命令。选择后，会弹出如下会话框，首先应选择菜单左边的图表类型
12、，然后尝试改变初始图表分布。 图18 CanoDraw图形修正菜单 3.以上的修订命令适用很广泛，基本可适用于所有基于Canoco分析所创建的CanoDraw项目，但还有一些特别的设置方法，如“ProjectSettings”命令，通过此方法，你可以选择个体是否贴上标签，一个图表究竟建立怎样的属性等等。 图19 Project Settings 具体分布 4.为表明图表中物种间差异，我们不妨来改变物种标签的颜色，既然物种的特征符号为蓝色，那么我们不妨让它们的标签亦为蓝色，而原始标签默认为黑色。通过左键点击其中一个物种的标签，一个红色框就出现在标签的周围，把鼠标放在这个框内并点击右键，一个系列菜
13、单就出现了。 图20 图形修正的右键菜单 5.从这些菜单中，选择第一个“Select Suchlike”命令，这样CanoDraw就选择了该物种所有剩下部分的标签，因为它们采用的是同样大小和型号的字体，如果你想选择图中的所有物种而无视它们的差异，那么可以选择菜单中第二个“Select Similar”命令。 6.现在点击F5，然后会出现下图所示对话框。 图21 标签色彩修改对话框 7.这是CanoDraw图表修正的核心，允许你改变一个或多个选择对象的属性，之前所有关于图表的属性选项此时都处于激活状态，举例来说，在我们的分析中，Color、line、Fill和Font页就是激活的，但Symbol
14、页因为对标签没有意义而没有被激活。此时我们选择颜色页的蓝色按钮，然后点击“Apply”。 8.请注意，在改变图表的选择或转换到另外CanoDraw 项目时，你没有必要关掉这个属性表，你可以简单的转换边上的窗口，还可在CanoDraw窗口内点击某些部位，比如你可以点击物种Symbol并通过“Select Suchlike”命令再一次选择它们，点回属性表并选择Symbol页，此时Symbol页就是激活的。再比如，此时你可以改变symbol type从“Up-triangle”到“Star”，同时增加特征值到0.015等等。 图22标签色彩修改对话框 9.在我们的图表中，很多物种的标签在某些地方存在
15、重叠，我们可以重新调整它们的位置从而让它们可读，但同时要保证它们symbols的正确性。为达到这个效果，我们首先用“ViewZoom”的命令放大图形的比例，一般放大100%是最合适的，但具体多少取决于你屏幕分辨率，此时你应该可以看到图标左上角部分，如图23所示。 图23 图表放大后示意图 10.通过点击非叠加部分，选择如图的“Ant odo”标签，把鼠标定位在红色框内，左键点击不放并拖拽，此时你会看到一个“幽灵”似的的灰色框跟随着，鼠标放开的时候就可以把“Ant odo”定位到一个新的位置，当标签区域不再重叠的时候释放鼠标。 11.某些时候或许这些很难看见某特定重叠的标签，为解决这一问题，你可以在选择标签处点击右键，使用最后一个选项“Select labelled object”，若想改变标签内容，则同样使用右键的“Change text”的弹出菜单。 12.当然，你也可以对你的图表进行其他的修正，或是打印，把它们输出成集中图表格式等等，请参考Canoco for Windows的操作手册，我们的展示就到此为止。
